根据《清史稿》记载，多尔衮死后不久，顺治帝就向朝内朝外宣布了多尔衮犯下的罪行，他不但撤销了多尔衮的封号，还撤去了多尔衮的庙享，挖了多尔衮的坟。对于顺治帝对多尔衮的挖坟掘尸之举，孝庄太后什么也没有说，什么也没有做。
睿亲王多尔衮，生前曾经为清朝建立了不少功勋。在军事上，他四处征讨；在行政方面，他力促顺治帝赶快入关。对于皇太极，他是屡建功勋的将领；对于顺治帝，他是将顺治推上皇位的摄政王。多尔衮建立的功勋，就连顺治都是无法否认的，在多尔衮刚去世的时候，顺治也曾称赞过多尔衮“至德丰功，千古无二。”为什么孝庄太后会如此痛恨多尔衮？他不是功臣么？
举动自专，僭越至尊
作为清朝有名的女政治家，孝庄太后十分痛恨。多尔衮一生，虽然屡建奇功，但是经常和顺治帝作对。即便是一力为多尔衮平反的乾隆帝，对多尔衮的评价里，也少不了自专二字。
起初，在刚刚做摄政王的时候，多尔衮也曾发挥过群臣表率的作用。阿达礼等人劝说多尔衮称帝，多尔衮为表示大公无私，立刻奏请皇帝除掉了他们。为了让顺治赶快掌握北京，稳定中原，多尔衮更是积极带领大臣们劝进。如果多尔衮能够一直保持低调的话，他的结局应该不至于太糟。
只可惜，清朝初期实在是太缺少人才了，为了继续加强对明朝残余势力以及农民起义军的军事攻击，顺治帝只好不断地将多尔衮等旗主派出去做将领，对付清朝的政敌。在顺治年间，多尔衮曾经以大将军的身份攻取过浑源，征讨过喀尔喀二楚呼尔，多次征讨大同。
一个又一个军功建立之后，多尔衮的野心也在一点点膨胀。对顺治这个侄子，多尔衮渐渐失去了分寸感。在顺治帝做皇帝的第三年，多尔衮就以取用钤印麻烦为由，把顺治帝的专用玉玺拿到了自己的王府。擅自挪用皇帝用印，放在哪个朝代都是大罪。
从皇叔父摄政王升级到皇父摄政王的过程中，多尔衮一而再再而三地做出越权之事。见到皇帝，多尔衮不再跪拜行礼。出行的仪仗队、王府的乐队以及护卫的数量规模，多尔衮也要安排地和顺治帝的差不多。孝庄太后是顺治帝的亲妈，见到多尔衮一再地僭越，无视亲生儿子的皇帝尊严，孝庄太后自然生气。
弊政频频，不利民心
除了跋扈自专以外，多尔衮做的许多事情都太过分了。
当时，为了争取汉族百姓的支持，顺治帝设置满洲司业、助教，力促满蒙贵族子弟学习汉族文化。对于尽量阻止投充汉人变成奴隶，顺治帝还曾经下令不许包衣私自收下投充汉人。为了让清朝的统治更稳固，顺治帝对汉族百姓表现的态度显然是有些亲和的。
在主动接近汉族百姓这一点上，孝庄太后和顺治帝的态度是一致的。在做太皇太后的时候，孝庄就曾经告诫康熙帝，不要让士兵劫掠百姓。可见，孝庄太后和顺治不约而同，都想用亲民的方式稳定政局。
在亲民方面，多尔衮的举措完全偏离了孝庄太后和顺治帝的想法。即便多尔衮也曾经推行过减免租税、亲近汉官的措施，但是都做得并不彻底。在摄政期间，多尔衮给汉族百姓带来的更多的还是高压与伤害。
他曾经颁布过剃发令，使得许多百姓因为头发被杀或者自尽。面对着汉族百姓，他的弟弟多铎曾经在扬州大肆屠杀，在这一问题上，身为两白旗旗主的多尔衮难辞其咎。面对汉族百姓，他的逃人法等措施都太过严苛，汉族奴隶如果被官兵抓到，就会挨上一百鞭子，然后继续做奴隶。这样的摄政王，只能导致民怨越来越沸腾。为了彻底摆脱多尔衮的弊政，对于孝庄太后和顺治帝来说，最好的办法只能是清算多尔衮。
残害宗室，内斗之源
清朝初期，由八旗旗主、皇家宗室为核心组成的议政王大臣会议，对清朝的民事、军事和行政等方面的指令进行推行，有着非常重要的作用。八旗之间如果动荡不安，会对整个清朝带来非常不好的影响。
多尔衮担任摄政王期间，虽然建立了诸多功勋，但是也为八旗之间制造了不少的矛盾。镶蓝旗的济尔哈朗，原本也是摄政王，但却不得不因为多尔衮的自专，将许多大事移交给多尔衮。在多尔衮去世之后，济尔哈朗立刻指出了多尔衮的种种自专之举。
肃亲王豪格，在征讨四川方面为清朝立下了大功，但是仅仅因为与多尔衮之间有矛盾，就被迫害而死，他的福晋也被多尔衮收入府中，此后两黄旗贵族的地位因多尔衮大大下降。除了镶蓝旗、两黄旗之外，两红旗也并不喜欢多尔衮。
多尔衮去世之后，被他压制的两黄旗的贵族地位逐渐恢复，曾经受他伤害的两红旗的贵族地位也逐渐被提升。见到如此情况，两白旗的苏克萨哈等人为了自保，向皇帝和太后诬陷多尔衮用龙袍下葬。济尔哈朗以及满达海等两蓝旗、两红旗的贵族也趁机对死去的多尔衮进行攻击，向皇帝上疏，直言多尔衮犯下的诸多罪过。
对顺治帝来说，多尔衮在世时经常私自批阅奏章，早就应该好好敲打一番了。对孝庄太后来说，多尔衮先是把他的母亲搬进太庙，之后又追封自己的大福晋为义皇后，对她这个太后也是没放在眼里。
在清算多尔衮这一问题上，孝庄与顺治的态度是一样的，就是捧杀。在追封多尔衮为义皇帝之后不久，顺治帝就慢慢开始了对多尔衮一家的打击，先幽禁了多尔衮的哥哥阿济格，之后又处理了许多曾经攀附多尔衮的官员。最终，还嫌不够的顺治帝又将多尔衮挖坟掘庙，这才逐渐消解了心中的不满。
另外，据说皇太极去世的突然，大儿子豪格与皇太极的弟弟多尔衮成为皇位的强力竞争对手。而经过多方博弈和孝庄太后的巨大“付出”，最终二人放弃争夺，由皇太极的第九子，孝庄的亲儿子福临继承大统。而从继承大统之前，到坐稳皇位，孝庄为了儿子，只能依靠多尔衮。从此角度看，多尔衮对母子落井下石，而等他死后，孝庄也没放过他，爱恨情仇间，也映射了帝王家的难言之隐。
总而言之，身为摄政王的多尔衮，做了太多僭越之事，他的种种举措对清朝的统治以及八旗内部，留下了太多隐患。再加上其他导火索，多尔衮引起孝庄太后的痛恨。当痛恨的炸弹被点燃时，多尔衮受到死后清算。
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