孝庄太后是否阻止了顺治帝对多尔衮毁墓掘尸，史料未载，即便有过这方面的做法，也会被顺治帝及后继之君们清洗干净。
我认为在这件事情上，孝庄会表示沉默。
一、孝庄下嫁多尔衮，本是南明抗清名臣张煌言在千里之外的江南编造出来的谤词，不足为信。即便下嫁，孝庄也是做小。多尔衮多次尊崇其发妻为元妃、正妻，同时强娶侄儿豪格侧福晋、从朝鲜征集美女入侍，并不尊重纾尊降贵的孝庄。因此，孝庄对多尔衮只能有怨恨。
二、多尔衮摄政七年，代行皇权，大权独揽，便宜行事，不但将原定的辅政王济尔哈朗等诸王贝勒排挤出权力中心，而且对孝庄、顺治这对孤儿寡母，也是变着法子折磨，将作为太后、皇帝的他们操控如傀儡。多尔衮生前散播太宗原系夺立，死前还密会有谋反举动的阿济格，都是直接威胁顺治皇位的表现。
三、顺治帝要对多尔衮进行清算，得到了重返权力中心的济尔哈朗、两黄旗大臣的支持。孝庄即便对多尔衮有眷恋，但在众人推墙倒的情势下，只能忍痛支持顺治帝的还击和泄愤，而不能站到清算派的对立面。她作为母亲，想得最多还是儿子顺治帝的皇位长治久安，而不是所谓情人多尔衮的死后哀荣。
四、孝庄在长期的宫廷争斗中，慢慢变为了一个成熟的政治家。尤其在多尔衮死后，少年老成的顺治帝迅速掌权亲政，对孝庄的教导和干预，采取了坚决抵制的态度。孝庄只能忍辱、只能默认、只能退让，毕竟江山真正掌握在她儿子的手中。这也是她能一直忍受多尔衮的客观原因。
