（一）
1865年4月，捻军在山东曹州高楼寨设伏，一举歼灭了僧格林沁指挥的蒙古骑兵部队，获得了空前的大捷。
此战胜利后，对于捻军来说，最佳选择当然是应该乘胜开展根据地建设，为自己打下一块地盘，这样才会有利于今后的斗争与发展。
捻军的首脑们其实也想这么做，但是在朝着哪个方向进军的问题上，他们却产生了严重的分歧。
捻军大多为安徽皖北人。在这个关键时刻，捻军上下都表现出了强烈的小农意识，大家普遍怀土思乡，都想打回老家安徽，在那里开辟根据地。
当时的安徽省无论皖南皖北，都由于长期的战争而出现了严重的人口流失、土地荒芜的现象，捻军此时的总兵力十几万人，在这样荒凉的地方其实是无法生存的。捻军应该进入陕西关中平原建立根据地，或者到四川，哪怕到山东也比去安徽强。遵王赖文光、首王范汝增等原太平军将领都反对去皖北，但是无奈大多数捻军将领都想回家，所以赖文光也只能顺从大家的心愿，带领捻军回到了皖北。
结果，实践证明，捻军的这个选择是完全错误的。
另一边，由于僧格林沁的败亡，八旗绿营系统的部队基本上覆灭，满清朝廷的手中已经没有别的王牌了。因此，慈禧太后没有办法，只能是请曾国藩出山，让他再次担负起剿灭农民起义军的任务。
曾国藩此时正在南京担任两江总督的职务。他身体多病，精力衰竭，根本就不愿意再次带兵打仗。可是朝廷认准了剿捻的重任非他莫属，曾国藩没有办法，只好勉强接下了这副担子。
朝廷在五月初就下旨要曾国藩出山领兵，但是曾国藩磨蹭到了六月中旬才从南京启程，接下来又要做一系列的准备工作，实际上到了九月份，曾国藩才正式到达徐州，开始主持军事行动。这期间有将近五个月的时间可供捻军利用，可惜的是，捻军把这个时间给浪费掉了。
对于曾国藩来说，出山剿捻实际上是困难重重，麻烦一大堆，而且都很难克服。
曾国藩所面临的最大问题就是手中无兵。在攻克天京之后，曾国藩为了避嫌，所以主动裁撤湘军。原本兵力十多万的庞大湘军只剩下了两三万人。
其实，就算曾国藩不裁撤湘军，这湘军也指望不上了。因为在攻克了南京之后，湘军士兵通过抢掠都发了横财。大家普遍都是人心思归，厌战情绪十分强烈，再也没有以前那种强悍的战斗力了。
所以，曾国藩只能是靠着少数湘军以及淮军和绿营部队来对付捻军。这样一来，在指挥上就不能像以前那样得心应手。这也是曾国藩后来剿捻失败的主要原因。
除此之外，湘军和淮军向来不以骑兵见长，而捻军恰恰是以骑兵为主，来去如风。曾国藩那套“结硬寨、打呆仗”的做法在捻军面前无从施展，这同样是让曾国藩头疼的问题之一。
再就是曾国藩自己身体多病。他患有高血压、牛皮癣、青光眼、神经衰弱等多种病症，一旦发作，苦不堪言。这让他难以集中精力指挥作战，两军交锋时屡屡出现漏着，结果最终导致了失败的下场。
（二）
1865年5月，捻军开始进入安徽。6月初，捻军向着雉河集（今安徽省涡阳县）发起了进攻。雉河集是捻军创始人张洛行的老家，是捻军的起家之地。捻军回到这里，显然是想在老家干出一番名堂来。
雉河集一带，由安徽布政使英翰率军防守。6月初，赖文光、张宗禹指挥捻军主力部队对雉河集以北的龙山发起进攻，消灭了英翰指挥的绿营部队数千人，英翰仅率数十骑逃脱了性命。随后，捻军包围了雉河集，开始攻城。
在进攻雉河集的战斗中，捻军暴露出了他们严重缺乏攻坚能力的弱点。捻军由于一直都是流动作战，所以基本没有火炮。没有火炮，在攻城战时就很难得手。捻军从六月中旬到七月中旬一直在围攻雉河集，始终都无法将其攻克。
到了七月，清廷的援军慢慢地到达了雉河集。淮军的刘铭传、周盛波等部队，以及河南、山东的绿营部队都围拢了过来。
这时，捻军的军粮已经不足，只好放弃了雉河集，改为继续流动作战。
此时，对于捻军来说，放弃进攻雉河集当然是正确的，不过，这个时候曾国藩还没有到位，清军还缺乏强有力的集中统一指挥，捻军应该抓住这个有利时机，争取集中兵力歼灭一部清军，这样对于今后的作战将会十分有利。
可是捻军没有这样做，他们采取了分兵的措施。七月下旬，捻军兵分两路。一路由张宗禹、张禹爵、邱远才指挥，进入到河南境内作战；另一路由赖文光、任化邦、范汝增等指挥经河南信阳再次进入鲁西南作战。两军的主要目的是为了征集粮草，补充供应。到了十一月底，两军重新在河南境内会师。
捻军的这次分兵作战虽然取得了不小的成绩，但是他们实际上是白白浪费了时间，没有抓住有利时机集中兵力歼灭清军的有生力量。同时，他们也给了曾国藩从容布置剿捻计划的机会。
曾国藩在六月决定出山之后，就开始研究捻军的战法，到了九月上任之际，他已经拿出了一整套的作战方案。整套方案的核心就是“以静制动”、“以有定之兵，制无定之寇”。
曾国藩当然不会像僧格林沁一样，采取尾追的办法来捕捉捻军。他的作战部署是以点制面，重点设防。
曾国藩将江苏徐州、山东济宁、安徽临淮（今安徽凤阳临淮关镇）、河南周家口（今河南周口市）定为四大要点。在这四个地方驻扎重兵，相互呼应，免去疲于奔命之苦。
与此同时，曾国藩还在四大要点之外，设置了十三个重点防御区。每个防御区也有一定的兵力。一旦捻军进入了某个防区，该防区的兵力就可以在四大重镇的支援下实施防御作战，迟滞杀伤捻军。
在重点防御区的民间，曾国藩则实施坚壁清野，组建民团，依靠地方力量来对抗捻军。
曾国藩也想到了利用天然河流来设置防线，给捻军来个画地为牢，让他们再也无法大范围机动的方法，并且开始着手实行了。
（三）
曾国藩以山东、河南、安徽、江苏四省为重点防御区，以所谓的“四镇十三区”来对付捻军的机动作战。捻军对此则采取了针锋相对的措施，他们抛开了曾国藩重点设防的四省，大范围机动，朝着清军防御空虚的湖北北部发起了进攻。
捻军在11月底于河南境内会师后，很快就掉头向着湖北进军，这一招打中了曾国藩的要害，让曾国藩不禁手忙脚乱，应接不暇。
捻军的这次进攻还是兵分两路，分别由赖文光与张宗禹指挥。赖文光指挥他这一路捻军于1866年1月从河南进入到湖北麻城一带，与湘军悍将成大吉指挥的部队相遇。
成大吉在湘军中是有名的虎将，当年连英王陈玉成都败在了他的手下。可是，现在的成大吉已经是今非昔比。他手下的湘军士兵无人愿意打仗，正好又赶上饷银没有及时发放，结果一群兵大爷们竟然哗变，在各处的州县大肆抢劫，随后一部分湘军逃散回家，还有一部分人竟然加入到了捻军的队伍中。成大吉变成了光杆司令，只能落荒而逃。
赖文光指挥着捻军乘势前进，接连攻下了黄陂、黄冈等地，兵锋直指武汉三镇。
张宗禹率领另一路捻军，从河南向着襄阳进攻，很快就打到了樊城，开始了攻城之战。
曾国藩得知捻军进攻湖北，只好命令刘铭传率淮军支援黄州，鲍超率湘军解救襄阳，同时他自己也从徐州来到了周家口，想要指挥湖北战场的作战。
但是，捻军并不打算在湖北与曾国藩决战。
三月，张宗禹和赖文光相继率军离开湖北，掉头向东，通过河南，进入山东境内。
四月十一日，张宗禹率军在山东巨野安兴寨包围消灭了清军总兵杨飞熊的部队，击毙杨飞熊和参将刘兴旺。
四月二十日，张宗禹又在山东聊城消灭了淮军潘鼎新一部，缴获了不少洋枪和弹药。
与此同时，赖文光也率军东进。他在河南颍州消灭了淮军刘铭传手下的黄桂兰所部，随后也进入到了山东，于四月下旬，在郓城与张宗禹会师。
捻军的这次大范围机动作战可谓是给了曾国藩一记当头棒喝。让曾国藩尝到了运动战的滋味。
曾国藩经过反复斟酌，觉得还是得依靠天然的河流构成防线来防止捻军的高速机动。他决心以运河、黄河、沙河和贾鲁河为天堑，把捻军困死在一个狭小的区域之内。
曾国藩当时也想到了把捻军驱赶到运河以东，然后利用运河以东地域狭窄的有利条件，将捻军聚而歼之。然而，他的这个计划遭到了当时的山东巡抚阎敬铭的竭力反对。阎敬铭死活也不肯让捻军进入到山东中东部未遭战火破坏的地区，特别重视运河的防御。曾国藩没有办法，只好改为实施把捻军围困在皖北、豫东和鲁西南一带的作战计划。
（四）
曾国藩想要在运河、黄河、沙河和贾鲁河设置防线，实际上也面临着重重的困难。这些防线要由湘军、淮军和各省的绿营部队分别把守。各路人马并不真心服从曾国藩的领导，特别是各省的绿营部队，他们都受到本省巡抚的暗中操控，对曾国藩的命令经常阳奉阴违。因此，曾国藩的作战计划执行起来就免不了大打折扣。
其次，当时的贾鲁河淤塞多年，很多河段都没有水；沙河也正值水枯，实际上起不到天堑的作用。这也让曾国藩的河防计划难以实现。
1866年9月，捻军察觉到了曾国藩布置河防的行动，于是，他们立即采取对策，各路捻军迅速北上，集中到了河南中牟。捻军决心突破贾鲁河防线，于是，他们首先声东击西，派出少量部队装出要北渡黄河的姿态，主力部队在9月24日夜间突然在开封以南的芦花冈向着清军发起了进攻。
捻军击溃了河南绿营的三营部队，一举冲过了贾鲁河岸边设置的长墙，越过贾鲁河，直奔山东而去。
捻军突破了贾鲁河防线，于10月来到了运河。他们试图强渡运河，但是没有成功，于是捻军又转而向西，再次进入豫北，又一次集中在了河南中牟。
在贾鲁河防线被突破后，清廷颁下了圣旨，申饬了曾国藩，与此同时，朝中也有御史开始弹劾他。这样一来，曾国藩那张老脸可就有些挂不住了。于是，他愤而上表辞职，同时还推荐让李鸿章接替自己的职务。
慈禧太后也觉得这曾国藩真的是不中用了，所以便顺水推舟地接受了他的辞呈，改为任命李鸿章为钦差大臣，专门负责剿灭捻军。这样一来，曾国藩军事生涯的最后一战就只能是以失败而告终，垂头丧气返回南京继续做他的两江总督。
在曾国藩黯然离去的同时，捻军也在河南中牟再次分兵，变为东西两支。西捻军由张宗禹指挥，进入陕西作战；东捻军由赖文光指挥，继续转战中原。
捻军的这种分兵已经实施过很多次了，效果颇佳。不过，这种分兵只应该在战术层面实行，在战略上，两军还是要积极配合，集中兵力，争取多打几个歼灭战。这才是捻军今后立足的根本之所在。
捻军此次分兵，实际上造成了东、西捻军失去配合，各自为战的局面，所以是绝对错误的。
由于捻军的这次分兵，继任的李鸿章得以全力对付东捻军，同时，淮军的主力仍在。李鸿章可以充分地利用淮军来攻击捻军，指挥上较为便利。这也是李鸿章剿灭捻军获得成功的关键之所在。
