左宗棠率清军至甘肃，从外围包围金鸡堡。为什么先选择金鸡堡？从地图上可以看出，在甘肃四大反清要塞中，金鸡堡处于最外围。只有先把金鸡堡建成，清军才能不愁以后再攻击其他回族势力。第二，马化龙是新教领袖，也是第一个反清的宗教领袖，在当地有很大的影响力。消灭回军马化龙部，可以提高回军士气，影响回军士气，对以后作战有积极作用。
马化龙没有坐下。他派人向清廷和左宗棠告状，说自己并不反对清朝，只是在大局已破的时候才聚集四邻，乞求以命自保。
全国一片哗然，到处动用军队。清廷的气氛越来越紧张，压力越来越大。自然也就指望安抚，因为绥靖可以以最低的成本解决问题。更何况，马化龙招安之后，如果运用得当，还能成为尚存的回军部的榜样，对清军的帮助也很快。于是清廷命左宗棠安抚马化龙，就是给马化龙一大笔俸禄，接受马化龙自首。
左宗棠出于西北长治久安的考虑，认为马化龙任性、阴险、狡猾，根本不可信任，并举出马化龙造反的证据。
马化龙还积极备战，利用自己的宗教影响力，邀请所有回教徒来金鸡堡为他作战。同时，他命令回军以逃出陕西的回军为向导，大批涌入陕西，到处烧杀抢掠，欲围魏救赵。
我想在这里插入一段。当时，全陕西只有约2万至3万穆斯林居住在西安以西，其余的或逃或散，或隐姓埋名。平心而论，双方的杀戮和相互报复都是残酷的。到处都是无辜的人，但没有人是真正无辜的。
穆斯林起义后，他们开始围攻西安城。西安一位德高望重的道士得知消息后，立即组织城内回族人进行自卫，以防部分逃城的汉人报复。同时，他强烈要求穆斯林不要参与骚乱，并立即与政府联系表明立场，希望政府出手维护回族聚居地的治安。下一次，再好的情况再回到部队，这些人都默默的待在家里。有人说这样做是为了保护自己，这是大错特错！不管是什么原因，如果他回军围城，他就会聚集所有的青壮年，然后回军会合，死战到底。西安城可能会被攻破，城内的汉人很可能会被屠戮殆尽。历史是公平的，在此我们向这位好道士致敬！
马化龙派兵回陕西到处烧杀抢掠。清廷接到陕西告急后，立即下令左宗棠从金鸡堡撤军救援陕西。尽管清军攻打金鸡堡一开始并不顺利，清廷一再催促左宗棠撤军回陕，但左宗棠仍不为所动。
同治八年十二月起，中路和北路的清军由北向南进军，开始从两侧攻打金鸡堡。这里说的是清军分三路，南路上有一个清军，主要是为了阻止从河州回来的大军，好让他们来救援。清军稳扎稳打，步步为营，先后攻占了金鸡堡外的炮台。
回族军队依托秦汉第二运河挖沟筑墙。步兵依托城墙工事坚守，骑兵不时主动进攻，给清军打击很大。
同治九年2月12日，回军发起反攻，夺回了金鸡堡以西的障壁沟。
14日，清军大将刘嵩山战死马屋寨。
清军连战失利，大乱。
马化龙趁此机会继续向清军讨要绥靖。
左宗棠的意思很明确，投降可以，无条件投降。交出你所有的马匹和武器，我最多只能保住你的性命。形势如此严峻，离马化龙想要的高官厚禄相去甚远，双方只能不欢而散。所以，兴趣是差距，一切都是借口。
清军迅速稳住阵脚，在金鸡堡外挖了两条深四五米的壕沟，里面全是水。这时，清军也不再急于作战，只是稳扎稳打，被困了许久。
同治九年秋，清军开始将金鸡堡外的炮台一座座攻占。从和州归来的和州兵分两路前来救援金鸡堡，均被清军击退。金鸡要塞郊外的人死而逃，方圆数十里都没有人影。
12月31日，马化龙的得力助手马海燕率部投降。
六天后，外无援军，内无粮草，马化龙亲自投降清军大营。马化龙残部继续反击，于同治十年三月全军覆没。
投降前，马化龙将许多洋兵器藏在金鸡堡内的各个地方，希望有朝一日归还，却被清军发现。清军最初对马化龙恨之入骨。他看到挖出的弹药很多，当即勃然大怒，将马化龙父子等一百多人处死。
清军虽然杀了马化龙，却释放了另一个人马海燕。此人加入清军后，步步高升，在西北组建了一支新势力马家军。这个我们稍后再说。
清军攻下金鸡堡后，同治十年，大军分三路攻打河州。
