根据非洲起源说，距今30万年时非洲直立人进化为智人（现代人），距今6万年时非洲智人走向世界，距今4.5万年时才定居欧洲，距今1.5万—1.6万年时西伯利亚的一些智人，出于某种特殊的原因，跨过末次冰期时的白令海峡（当时海平面下降，美洲亚洲陆路或冰路连通）来到美洲，成为美洲大陆上的第一批古人类。
然而现代考古显示，早在1.6万年之前，甚至在10万年之前，美洲应该已有人类痕迹。按照非洲起源说，1.6万年前美洲是一片无人居住的荒芜之地，但考古却发现了一系列更早的古人类痕迹，这到底是怎么一回事？
首先：13万年前美洲出现人类，对非洲起源说有何影响？
2017年，《自然》杂志一篇论文宣称，在美国加州南部的圣迭戈，考古专家发现一处古人类遗址，距今高达13.07万年。
上世纪90年代，考古专家在圣迭戈发现了数量众多的古生物化石，包括灭绝的恐狼、地獭、乳齿象、猛犸象等。起初，人们没有将之与人类联想，单纯的认为是一处古生物化石遗址，但后来一件特殊的骨骼，让人怀疑其中存在人类的痕迹。
在一具雄性乳齿象的腿部骨骼表面，断裂纹呈现出典型的螺旋型骨折形态（见上图），表明乳齿象在死前或刚死之后遭受过打击。更为重要的是，在有断裂纹的乳齿象骨骼遗址处，考古发现有明显使用痕迹的石锤和石砧。据此，密歇根州立大学的古生物学家Daniel Fisher认为，这些痕迹极有可能说明当时存在古人类。
为了验证猜测，研究者仿制了石锤和石砧，用其针对大象腿骨、牛股骨等做石器打击实验。最终结果显示，打击痕迹形态与乳齿象化石上所发现的极为相似。据此，学者进一步肯定，早在13万年以前，已有古人类来到美洲大陆。
根据科学家论证，距今13至20万年前正好是冰期，海平面下降，白令海峡变成了一条陆路或冰路，古人类应该是在这一段时间来到美洲大陆，并在加州圣迭戈狩猎。
更为重要的是，如果13万年前古人类来到美洲，那么非洲起源说可能要被部分改写，因为非洲智人走向欧亚的时间公认为距今6、7万年时，但13万年前古人类出现在美洲，无疑可能对传统的现代人非洲起源说造成冲击。
如果当时出现在美洲的是智人，那么非洲智人到底何时走向世界，或者现代人根本不全是“非洲起源”，而是“多地区起源”？
当然，毕竟没有发现古人类骨骸，仅仅依靠这些石头和骨头，不出意外的也遭到不少质疑。
其次：美国又发现一处古人类遗址，距今超过2.1万年
2009年，在美国新墨西哥州白沙国家公园，一个干涸的湖床上，考古发现成千上万个与动物足迹混合在一起的人类脚印（见上图），其中脚印有60个，清晰可见。
通过留在脚印里的种子，科学家研究确认：这些脚印产生于大约21130年至22800年前。其中，部分脚印尺寸较小，大概是由生活在最后一个冰河时代的儿童和青少年留下的。因此，研究者相信人类可能在3万年前就已到达美洲。
虽然还有质疑的声音，但如今证据表明，至少2.1万年前，美洲已有古人类。如此，非洲智人向各大洲迁移的时间，就必然要改写了。
第三，墨西哥也发现一处古人类遗址，距今超2.5万年
在墨西哥阿斯蒂耶罗山脉的奇基维特洞，考古专家发现了近2000件人工制品——石器（见上图，其中之一），其中239件被埋在砂石层中，没有发现尸骨。学者猜测：或许是在严冬季节，奇基维特洞被当作避难所来使用的。
碳十四测年显示：这些石器可以追溯到2.5万年至3.2万年前。换言之，这些石器出现时间，比此前认为的人类抵达美洲时间至少要早1.5万年左右。
那么，他们是如何来到美国、墨西哥的呢？现代研究表明，末次冰期大约始于7万年前，于1.15万年前完结，最盛期发生于约2.1万年前，因此许多研究人员怀疑，西伯利亚一批古人通过白令海峡抵达美洲之后，可能是绕过冰层，乘船沿太平洋海岸航行抵达美国加州、墨西哥等地。
除了上述之外，近几十年来诸多考古发现都表明，距今3万年前美洲已有古人类，最早甚至上溯到距今13万年前。
就目前考古发现而言，过去认为的人类抵达美洲的时间，必然要被改写，但牵一发而动全身，这可能也会影响到智人非洲起源说。原因很简单，非洲智人距今6万年前才向外扩散，距今4.5万年前才出现在相邻的欧洲，那么如何在距今3万年前就穿越冰原抵达美洲？另外，如果圣迭戈遗址被证实是智人所为，那么非洲起源说无疑就更要改写。
