1520年3月31日，麦哲伦舰队来到了南美洲的圣胡利安港。
麦哲伦
天气越来越冷，这里荒无人烟，麦哲伦虽然急于寻找通往太平洋的海峡，但不得不停下来休整。
一个月前，船员们捕捉了大量的企鹅和海象，屠宰腌制好了。现在，圣胡利安港还有很多鱼可以捕捞，按道理说应该不至于缺少食物。但是，谨慎的麦哲伦怕出意外，还是减少了水手的食物配给。
这让所有人满腹怨言，水手们不知道要航向何处，也不知道还要花多少时间，他们甚至不知道自己还能活几天。所以，缩减口粮的事情，点燃了他们积攒起来的怒火。
一部分人开始抗议，他们认为麦哲伦苦苦寻找的“海峡”并不存在，一直朝西走根本无法达到东方，这一趟航行注定徒劳无功。所以，与其在这里冒险，还不如打道回府。尤其是躲在港口无所事事的生活，让船员开始愤怒，有些人甚至计划杀死麦哲伦。
麦哲伦舰队
其实，抱怨麦哲伦的不仅是普通水手，还有船长们。整个舰队一共有5艘船，麦哲伦指挥旗舰，另外4艘船都有一位船长指挥。
1520年4月1日复活节，麦哲伦计划上岸做弥撒，顺便和几位船长见见面，他意识到了现在“军心不稳”。可尴尬的是，除了维多利亚号船长路易斯·德·缅多萨，其它船长都没来。麦哲伦压住火气问怎么回事，缅多萨回答说：“他们可能生病了。”
这样的理由太假了，麦哲伦假装无所谓，但心里已经明白，船长们也已经计划反叛他了。
现在，除了麦哲伦和“圣安东尼奥号”的船长梅斯塔基（麦哲伦的表亲）之外，其他三位船长确实正在密谋，准备当晚就动手。
麦哲伦本来毫无希望，但他的运气太好了。
麦哲伦的航行
其他几位船长正在让心腹水手乘坐小艇，往来于几艘船之间，协调反叛的事情。结果，天色暗下来以后，几个传递消息的水手在湍急的水流中迷失了方向，上了麦哲伦的旗舰。麦哲伦心中暗喜，赶紧好酒好肉招待了他们，在一番语重心长的劝说之后，这几个水手表示要“弃暗投明”，把船长们的反叛计划都说了出来。
麦哲伦这才知道，其他三艘船的船长，可能随时强行登船，逮捕并处死麦哲伦。
当天深夜，忠于麦哲伦的“圣安东尼奥号”首先遭到了袭击。叛乱船长带领水手偷偷登上这艘船，囚禁了船长，将这艘船控制住了。但另一个特殊情况是，“圣地亚哥号”的船长胡安·赛拉诺决定保持中立。
第二天一大早，圣安东尼奥号就通知了麦哲伦，他们不再遵从麦哲伦的指令了。麦哲伦还在想办法，他不认为其他船长会杀死他，因为这种叛乱会遭到极其严厉的惩罚。
果然，叛乱首脑、“康塞普西翁号”船长凯赛达，就让人送来了一封信。信中表示，他们仅仅希望麦哲伦对待船员不要这么苛刻，并且能带领舰队返回西班牙——只要麦哲伦答应，他们依然会忠于麦哲伦。
提高船员的待遇没问题，但是打道回府就不行了。麦哲伦押上了自己后半生的一切，要么死在路上，要么带着香料回家，没有第三种打算。所以，他不可能答应叛乱者。
但是，为了平定叛乱，他还是回复了凯赛达，自己愿意前往“圣安东尼奥号”上谈判。
这是麦哲伦的缓兵之计，他真正的计划也已经展开了。
维多利亚号
麦哲伦派出忠于自己的5名船员，前往“维多利亚号”送信。“维多利亚号”船长缅多萨自以为大事已成，边看信边嘲笑麦哲伦——万万没想到，麦哲伦手下的纠察长瞬间冲了上去，一刀结果了缅多萨。
“维多利亚号”上的其他水手都看呆了，发现船长已经死了，于是纷纷投降，表示自己是被逼的。
另一方面，麦哲伦也联系了保持中立的“圣地亚哥号”船长赛拉诺，让他支持自己的“平叛行动”。
麦哲伦转危为安，他控制了3艘船，逆转了形势。现在，怎么用最低的代价控制剩下的两艘船，就成了问题。尤其是“康塞普西翁号”上的叛乱首脑凯赛达，是一定不会投降的，说不定会有一场恶战。
麦哲伦用了一个计谋，当天晚上他派了一名水手，趁夜色划小艇偷偷接近“康塞普西翁号”，割断了它固定船锚的缆绳。不知不觉中，“康塞普西翁号”顺着水流开始漂向麦哲伦的旗舰，越来越近……
等到船上的叛乱分子发现，已经太晚了。
麦哲伦平定叛乱
他们只能选择开战或者投降，船长凯赛达穿上盔甲，要战斗到底，但是水手们都很犹豫。麦哲伦趁机让旗舰开炮，把叛乱水手吓得都躲了起来。
然后，麦哲伦果断命令船员用抓钩把“康塞普西翁号”拉了过来，一大群武装水手登上了甲板，把凯赛达抓住了。
控制了4艘船之后，最后的“圣安东尼奥号”船长只能乖乖投降，麦哲伦成功平定了叛乱。
通过审判，有40名船员被判处死刑。但是，麦哲伦失去这些水手将对未来的航行造成重大影响，所以他慷慨的赦免了这些人，罚他们在船上做苦役。
凯赛达没有被赦免，麦哲伦命人砍下了他的脑袋，以此警示所有船员。整个平叛行动真是惊险刺激，如果凯赛达等叛乱水手真的成功了，麦哲伦舰队就会回到西班牙，不能完成首次环球航行了。
