大明崇祯皇帝在煤山自缢殉国不久，京城被李自成攻破，他找到太子朱慈烺，认为他无罪，于是封为“宋王”。李自成兵败，朱慈烺及另外两个皇子相继失踪。
出逃的明朝士大夫找不到皇子，于是在南京拥立万历帝之孙、福王朱常洵庶长子——朱由崧为皇帝，改元弘光，史称弘光帝，占据南方部分地区，抗击农民军及清军。
弘光元年（清顺治二年，公元1645年），弘光帝在位八个月的时候，清军攻破南京城，弘光帝外逃芜湖，不久被抓获，次年遇害。
不久，福建土豪郑芝龙拥立唐王朱聿键称帝，是为隆武帝。
隆武二年（1646年），郑芝龙降清，隆武帝绝食而死，东南一带被清军占领。
大明士人不甘受辱，于是在广州拥立隆武帝的弟弟朱聿粤称帝，史称绍武帝。
与此同时，部分明朝遗老拥立明神宗之孙，桂端王朱常瀛之子——朱由榔在肇庆监国，不久称帝，即永历帝。
双方互不承认，曾为此同室操戈，清军趁机攻打绍武帝部众，这个短命的政权仅维持了四十天，绍武帝被俘后自缢而死（一说遇害身亡）。
清军占据广东全境，永历帝逃亡广西，大顺军残部联合南明政权，很快收复了湖南，占据西南七省及东南诸岛屿，大有重振大明之势。
然而，永历帝只是个傀儡，诸多反清复明势力只是以其为旗号而已。
皇帝说了不算，内部各种势力纷争不已，不久，孙可望投降了清军，吴三桂率清军攻占云南等地，永历帝率残部逃亡缅甸。
永历帝等人在缅甸被解除了武装，最初当地人还能以礼相待，随着吴三桂频频示威要挟，缅王最终答应将永历帝交给清军。
永历十六年（清康熙元年，公元1662年）初秋，缅王下令包围永历帝的住所，骗其随从出来喝咒水，趁机逐一杀害，永历帝随即被抓捕，押送清军大营。
《阳秋杂录》记载：永历十六年十二月初三，吴三桂抵达阿瓦城旧晚坡，催促缅方交出永历帝，同时索要随行大臣、侍从的人头。
缅方“送人首三十七至三桂营”，并通知永历帝随后送到。
吴三桂率部众出迎，发现两艘船渡江而来。
一艘船是永历帝及太妃、王妃、世子、郡主等，另一艘船为遇害大臣的家眷，缅相率二百余士兵一起赶到。
吴三桂把永历帝送到某公所，永历帝面南而坐。
天亮的时候，吴三桂麾下将领纷纷前来拜见永历帝，或揖拜或叩首，而后纷纷离去。
过了一会儿，吴三桂前来拜见，其表现极为傲慢，只是长揖而已。
永历帝问：“你是谁啊？”吴三桂“噤不敢对”。永历帝又问了一句：“你谁呀？”
吴三桂感受到了皇帝的威严，傲气顿丧，“遂伏地不能起”。
永历帝问了好几遍，吴三桂才哆哆嗦嗦自报家门。
永历帝连发三问：“汝非汉人乎？汝非大明臣子乎？何甘为汉奸叛国负君若此？汝自问汝之良心安在？”
——你是不是汉人？你难道不是大明臣子吗？为何甘心做叛国负君的汉奸？你扪心自问良心何在？
吴三桂趴在地上，无言以对，如同一个死人一般。
永历帝随后提出返回北京，归葬帝陵中，命吴三桂亲自去送。
吴三桂
吴三桂“伏不能起”，在左右侍从的帮助下，才站起来走出门，面如死灰，汗流浃背，此后再也不敢面见永历帝。
永历帝后拘押于昆明，本该送往北京接受清廷的处置，吴三桂担心路途遥远，节外生枝，于是请求其满清主子就地处置，清廷同意了其请求。
永历十六年（1662年）六月，吴三桂命人将永历帝及其亲眷押往篦子坡，全部绞杀，此后，这里被后世称作“迫死坡”。
永历帝时年仅四十岁，葬于贵州都匀高塘山中，其墓冢被称作“永历陵”。
