太平天国是中国近代史上规模最大的一次农民运动，其势力一度席卷了半个中国，发展到18个省，坚持长达14年之久，先后攻克城池600余座，由于其喊出的口号是“有田同耕，有饭同食，有衣同穿，有钱同使，无处不均匀，无处不饱暖”，吸引了大量的贫苦老百姓参加，他们为之抛头颅，洒热血，天国鼎盛时期拥有兵力达百万之众。创建了使敌人闻风丧胆的军队和政权，沉重地打击了晚清王朝的统治。其规模之宏伟、纲领之完备、影响之深远，是历史上任何一次农民战争都无法比拟的。
这场声势浩大的革命，从起事到覆灭仅仅维持了十几年的时间，后人在感叹其命运短暂的同时，也为太平天国的“兴也勃焉，亡也忽焉”失败总结了许许多多的教训，比如说所谓的体制问题、农民阶级的局限性、没有明确的纲领，领导集团决策失误，高层腐败问题、内讧问题、没有长远眼光，领袖没有足够的凝聚力和决断力、封王太多、领导层尔虞我诈、贪腐、好色、好杀戮等等，其中的原因实在太多。
然而，真正导致太平天国政权的迅速瓦解的最根本的原因就是军事上的快速失败，也就是我们说的兵败如山倒，军事上的大失败就是太平军的战斗力下降，那就是由于一场大瘟疫席卷而来，百万之众土崩瓦解，最后整个太平天国大厦倾倒而灰飞烟灭。
据文献资料记载，同治元年（1862年），太平天国战区的霍乱大流行，就说当年太平天国忠王李秀成占领的苏州一带，流行一种当地人称为“吊脚痧”或“吐泻病”，居民“死者日以千计”。就连军队卫生做得相当好的“常胜军”，死于霍乱者，亦达５％。
这种“吊脚痧”或“吐泻病”，真正就是霍乱，时人记述，时疫流行，不论贫富贵贱，不分年老年幼，朝发夕死。记述有一家人得病死亡，两个小偷乘机去偷东西，一个小偷爬在屋檐上，一个潜入屋内，将衣物首饰包成一包一包的，递给屋檐上的同伙带出去。结果两贼在行窃过程中发病而死，被发现时他们各自手中还拿着包，作递接状。可见其病速度之快。
霍乱是一种起病急骤、传播迅速、病死率高的烈性传染病，起先在东、西孟加拉地区爆发之后，便藉由海轮等传播工具，迅速向世界各地传播。世界历史上曾经发生过七次霍乱大流行，已经纳入世界网络体系的中国，每次都不能幸免于难。
特别是咸丰、同治年间，世界范围内爆发了第三次和第四次霍乱大流行，此时的中国适值太平天国战争，霍乱也悄悄地进入战区，浙江和江苏一带流利非常严重，这个时间点，曾国藩率领的湘军攻陷了安庆，太平军失守这一要塞之后，湘军从此可畅通无阻地顺江东下，太平天国的主力正是汇集在这一带，战争的主战场便转移到了皖南和江浙一带的疫区。
特别是同治元年，湘军的军事行动进行得相当顺利，以至于“论者以为廓清有期”，然而，就在这时，意想不到的事情发生了，曾国藩在奏折中称“之后大疫遍作，士卒十丧四五。自是贼氛弥炽。”这次疫病来势汹汹，原来是第四次世界性霍乱大流行开始光顾中国。它的突然到来使战争的进程发生了一些令曾国藩始料不及的变化。
当时，最严重的是驻扎在皖南宁国的湘军，受疫情影响，“除已痊外，现病者六千六百七十人，其已死者数千，尚未查的确数”。疫情严重病人根本没有人给其用药，甚至一棚之内，无人烧火做饭。这时，围困南京太平天国曾国荃部“每营病故者八九十名，勇病日多，其无病者不过一二成队”，使之“无日不在惊涛骇浪之中”，后上奏朝廷速调多隆阿军队渡江驰援。
本来，湘军因为疫情实力大受影响，正是太平军反攻突围的好时机，不幸的是，太平军也感染了这种可怕的疾病，《见闻杂记》：疫气流行，城内贼匪，城外官兵，均多死者。疫情使得守卫南京的太平军大量减员，于是洪秀全下令从南京上游地区征调官兵拱卫南京。然而，这些官兵“在上游一带失落不少，病者亦多”，在这种情况下，南京“一时难以御敌”，只能“均填老馆守城”。
面对这种可怕的局面，洪秀全多次严诏镇守苏州的忠王李秀成，令其带兵速回南京，然而，守城太平军由于病故不少，染病者更多，可以出兵的士兵甚少，以至于到了无法坚守的地步，面对着咄咄逼人的洋枪队和李鸿章军队，李秀成不敢轻易调兵驰援南京，虽然后来只带少量兵回援南京，但仍然无济于事。
李秀成奏请洪秀全“让城别走”，放弃天京，取道皖南，入江西，绕湖北，与攻克陕西汉中的西北远征军会合，踞西北，以图中原。可惜洪秀全断然拒绝，硬要死守天京。结果这疫情不仅仅影响到军队，还折磨着战区甚至非战区的民众。一方面，军队的军事活动会在沿途传播疾病；另一方面，战争中难民的流动也会超出疾病藉由商业或交通传播的途径，而在战区甚至非战区广泛流行。越来越严重的疫情导致缺乏粮食，洪秀全在多日以野草充饥后病逝，幼天王洪天贵福继位，不久后，天京城破，太平天国随即灭亡。
