准噶尔汗国是在康熙皇帝时期噶尔丹建立的卫喇特蒙古汗国，更早可以追溯到明朝时期的瓦剌帝国。康熙皇帝在位之时曾经三次出兵消灭了噶尔丹，但是准噶尔汗国并没有灭亡。噶尔丹的侄子策妄阿拉布坦于康熙三十七年（1698年）即位成为大汗，在位时于康熙五十六年（1717年）派军进攻拉萨，杀死了拉萨汗，并建立政权。康熙五十九年（1720年），清军驱逐了准噶尔汗国在西藏的军事势力，恢复了西藏的统治。
雍正十二年（1734年），雍正皇帝和准噶尔汗国签订了和平条约，以杭爱山为汗国和大清的边界。策妄阿拉布坦的儿子噶尔丹策零汗于乾隆十年（1745年）去世，他死后准噶尔汗国陷入长期的混战之中，各部互相攻伐。乾隆十八年（1753年），达瓦齐在准噶尔汗国的附属国哈萨克斯坦汗国和辉特部酋长阿睦尔萨纳的支持下登上了准噶尔汗国的汗位。曾经无限风光的准噶尔汗国到了这个时候还要依赖自己附属国的帮助才能登上汗位，可见长期的内乱，准噶尔汗国的军事实力已经大不如前了。
达瓦齐在登上汗位之后，骄奢淫逸，非常暴虐，原来曾经支持他登上汗位的辉特部酋长阿睦尔萨纳和他反目成仇。主要原因是阿睦尔萨纳支持达瓦齐是有条件的，达瓦齐没有满足辉特部的条件。于是两个部落大打出手，辉特部的阿布尔萨纳被击败，投降了清朝。
阿布尔萨纳投奔清朝，让清政府掌握了准噶尔汗国的虚实。乾隆皇帝大喜，曾经与大清对峙作战了将近七十年的准噶尔汗国极有可能灭亡在自己手中，天赐良机，果断出兵准噶尔汗国。
清军约定和哈萨克汗国阿布赉汗的军队同时进击准噶尔汗国的达瓦齐汗，已经虚弱不堪的达瓦齐在两路军队的夹击下很快溃散，达瓦齐汗也被反对者擒获后移交给清军。
清军在获胜之后，大军撤往内地，只留下少量部队在新疆各地。曾经投降清朝的辉特部酋长阿睦尔萨纳希望自己成为卫喇特蒙古四部（准噶尔部、辉特部、土尔扈特部、杜尔伯特部）的总汗，觊觎已经灭亡的准噶尔汗国的汗位。乾隆皇帝自然不会再将准噶尔汗国再次恢复起来，这等同于培养自己的对手了。
乾隆二十年（1755年）8月，阿睦尔萨纳在前往热河途中找借口回到新疆塔城，然后发动叛乱，占领了伊犁，刚刚平息的新疆变乱再次反复了。清军再次进剿，阿睦尔撒纳于乾隆二十一年（1756年）3月经哈萨克斯坦逃亡到了俄国，于乾隆二十二年（1757年）得天花病死，至此，准噶尔汗国彻底灭亡。
大、小和卓再次叛乱
大、小和卓中的“和卓”是波斯语，翻译成汉语就是“圣裔”，也就是圣人的后代。大、小和卓的祖先是马赫杜米·阿扎木，据传是伊斯兰教创教始祖穆罕穆德女儿的后裔，这里所说的“圣人”是指穆罕穆德。大和卓是波罗尼都，小和卓是霍集占，同为和卓玛罕木特的儿子，维吾尔人。
乾隆二十年（1755年）清军进入新疆后，大和卓波罗尼都率领30多人投诚了清朝。战乱平息后大和卓被清政府委派到叶尔羌（新疆莎车）统率回部，遵从清政府；小和卓霍集占则被留在伊犁负责伊斯兰教的教务。准噶尔汗国统治新疆各地时，采取的首领做人质的制度，控制新疆各地的部落和国家，清政府也基本沿用了这一措施。
辉特部阿睦尔撒纳叛乱时，小和卓参与了反叛清朝的叛乱，失败后，小和卓逃亡到叶尔羌大和卓的管辖地。
清朝也不愿意随便开战，于是于乾隆二十二年（1757年）派遣副都统阿敏道去叶尔羌劝降大小和卓，阿敏道反被大小和卓所杀，并鼓舞天山南路的民众反对清朝的统治，大和卓自立为巴图汗。叛军很快控制了天山南麓的大部分地区。
乾隆二十三年（1758年）2月，乾隆皇帝再次在吐鲁番派满汉军队一万多人进入南疆平叛。经过一年的平叛，大小和卓率领亲眷侍卫逃亡到阿富汗东部，清军同阿富汗当地的部族进行交涉，当地的部族将大小和卓杀死，并将尸体移交给清军，大小和卓叛乱平息。
为何平定准噶尔汗国后连续两次出现反叛？
其实在清朝初期和中期，天山南北的主要势力有两个，一个是以卫喇特蒙古准噶尔部建立的汗国，另外一个则是以信仰伊斯兰教的回部，准噶尔汗国始终实行的是高压政策。
清军趁着准噶尔汗国内乱虚弱之际控制了新疆及其周边地区，在当地已经控制多年的准噶尔等蒙古部不愿意接受清朝的统治，因此才有了辉发部阿睦尔撒纳的马上叛乱，这些人在心理上认为，清军并没有真正打败他们，他们希望再次建立准噶尔汗国。不过反叛的结果显示，企图恢复准噶尔汗国的那些人低估了清军的作战能力和清政府控制新疆的决心，因此很快战败。
准噶尔汗国的败亡，使得新疆的局势为之一变，原来控制压迫回部的卫喇特蒙古失去统治地位，新疆回部人的压制力量暂时没有了，他们也希望建立属于自己的汗国，在控制了一部分天山南簏的区域之后，自认为时机成熟，于是杀了清朝的招降使者，悍然反动叛乱，建立汗国。
大小和卓的叛乱主要是长期受压迫后的反弹，根本没有看清当时的大局势，他们的军事实力根本赶不上当时已经衰落的准噶尔汗国，也没有培养出属于自己的常规军，在清朝一万军队的进攻下土崩瓦解，很快败亡。
乾隆中期，清军消灭准噶尔汗国，平定阿睦尔撒纳、大小和卓的叛乱，基本清除了新疆及其周边的反对势力，彻底巩固了清朝对新疆及其周边地区的控制，西北边疆日趋稳固！
