洪杨运动之所以会以惨败收场，原因便在于定都南京之后，陷入了争权夺利的混乱之中不可收拾。
洪、杨二人之间的矛盾也是到了南京，开始了争权夺利之后，才变得越来越深，以至于到了不可调和的地步。
他们之间的争斗则是从一开始称王、封王的时候便已经注定了的，洪秀全自己这个天王才是万岁，可他却给杨秀清封了个“九千岁”的东王，这个时候的洪杨运动才刚刚起步，那将来杨秀清立了功还怎么封？
九千岁和万岁，也就差了一千岁！
等到封无可封的地步了，那么杨秀清自然也就盯上了洪秀全那个位置，这是不可避免的事，除非洪杨运动或者杨秀清中途夭折。
杨秀清的另一个身份也注定了洪、杨二人之间的冲突不可避免，杨秀清拥有“天父下凡”附体的特权，洪秀全虽然贵为天王，但却只是天父之子。
在权力上，洪秀全是君，杨秀清是臣。
可是在宗教上，杨秀清是爹，洪秀全是仔。
所以，洪、杨二人一旦起了冲突的话该怎么办？洪秀全仗着自己是君，要治杨秀清这个臣的罪的话，杨秀清就摇摇头、抽抽筋唱一出“天父下凡”的戏码，成了洪秀全的爹的杨秀清便叽里咕噜地骂洪秀全，然后当众打洪秀全的屁股了。
打完了洪秀全的屁股，还要让洪秀全好好听杨秀清的话，这么一来，洪秀全这个天王还有什么威信可言？
洪秀全要重新树立自己的威信，那就不能再让“天父下凡”，也就是不能再让杨秀清借天父之名当自己的爹了。
所以，杨秀清必须死。
那么当时的杨秀清可谓是手握重权，为何却斗不过一个“不务正业”的洪秀全，反倒落了个血溅三尺的下场呢？
洪、杨等人到了南京之后，被金陵盛景所迷，所以停下了脚步，洪秀全这个苦了几十年的落第秀才也觉得自己到了该享享福的时候了，所以将事情甩给下面的人，尤以“九千岁”东王杨秀清为最。
这是发展自己的势力、扩充实力的好机会，杨秀清当然不会错过，他一边揽权以树立自己的威信，一边则时不时借助天父这个身份来打压和削弱洪秀全。
杨秀清不仅打压和削弱洪秀全，他还打压别的王，比如北王韦昌辉、翼王石达开等人，这也为后来洪秀全拉拢韦昌辉等人来反攻杨秀清埋下了伏笔。
所谓的天父、天兄、天王，这些说白了只能蛊惑和忽悠底下的人，洪、杨等高层当然知道自己是什么货色，所以也不会因为杨秀清有个“天父”的身份而不敢对他下手。
底层的人敬畏洪秀全，也敬畏杨秀清，若非要说他们究竟更敬谁，那便得看他们到底是不是拜上帝教的信徒。
是的话，那或许会更敬畏杨秀清。
不是的话，则会更敬畏洪秀全。
不过，不论他们是或者不是，他们都不能决定什么，他们只会听从自己所在部队的将领的命令。
所以，杨秀清真要到了和洪秀全一决生死的时候，他这个天父身份并不能起到太大的作用。
杨秀清当时虽然手握重权，可是当洪秀全决定抢先对他下手之后，只要洪秀全能够用利益来拉拢受到杨秀清打压的人，那么洪秀全便能够轻而易举地打垮杨秀清。
洪秀全毕竟是天王，他占据了大义，他所拥有的号召力是杨秀清所不能比拟的。
倘若杨秀清能够收敛一下自己的跋扈，先收买和拉拢北王韦昌辉、翼王石达开等人，然后再图谋取代洪秀全的话，未必不会成功。
只可惜杨秀清的嚣张跋扈把自己推到了几乎所有既得利益者的对立面，为了保证自己的利益不会受损，乃至于趁机扩大自己的利益，那么韦昌辉等人在洪秀全的一纸诏令之下迅速奔回田径诛杀杨秀清之事便理所当然了。
杨秀清当时之所以会被杀，或多或少和他太过自信有关，既然已经有了取洪而代之的心思，便应该时时刻刻提防和监视着洪秀全，也同样要提防着韦昌辉等人，不让他们有练手的机会，更不应该在韦昌辉等人率兵回天京而毫无察觉，这才让韦昌辉打了他一个措手不及，从而血溅三尺。
韦昌辉杀了杨秀清之后，也想趁机成为昔日的杨秀清，将洪秀全架空而自己把持大权，但是这时候的洪秀全却很清醒，没给他这个机会。
韦昌辉不仅杀了“天父”杨秀清，还滥杀无辜，这就给了洪秀全一个向他发难的借口，于是韦昌辉也只有一死。
洪秀全先借韦昌辉之刀杀杨秀清，再以为杀杨为罪名捕杀韦昌辉，可谓是一石二鸟，再一次巩固了自己的地位。
洪秀全在制造了“天京事变”之后，一时间没人能够威胁到他的地位了，所以他便又开始享受起来了。
只不过几年之后的1964年，眼看着要被清军给镇压了，洪秀全两腿一蹬去见杨秀清他们了，将一个烂摊子留给自己15岁的儿子洪天贵福，以至于洪天贵福替他挨了清政府准备用在他身上的凌迟之刑。
洪、杨之辈虽崛起于一时，然而他们的眼光和格局终究太过狭隘，内讧是注定的事，失败也是注定的事。
