亲政后的康熙发现自己接手的皇位其实就是一个烂摊子，首先就是明朝的残存势力依然垂死挣扎，虽然南明皇室胆小怕事，不敢招惹大清，但是他们并没有真正意义上的屈服，而是拒绝同清政府合作。并且时不时的冒出来个在社会上相当有影响力的激进分子发表一些反动言论，搞的大清来回的为之擦屁股。最著名的莫过于台湾郑成功的爱将陈永华创立的天地会，天天在大清地盘上煽风点火（也就是《鹿鼎记》中的陈近南），让清政府头疼不已。
其次就是腐败现象严重。由于清军入关后，大量的明朝大臣投降，当时的多尔衮为了能够全面夺取汉人江山，稳定长期战乱，对这些汉臣全盘接收，官复原职，而这些汉臣把明朝官场上的一些官场腐败陋习也全部传染给了从关外来的大清官员，因此不管是汉臣还是满臣不但不尽心任职，反而更加贪污受贿，中饱私囊。由于清政府刚成立不久，多尔衮以及顺治帝这些统治者明知道这些弊端，也只能任由属下胡作非为，毕竟这些问题一旦处置不当，势必造成新成立的大清朝统治不稳甚至被颠覆。
再次就是财政情况极不乐观，从明末清初到康熙亲政年间，由于长期战乱，社会经济严重凋零，人民生活困苦不堪，国库里的银子更是少之又少。而清初最早归顺大清的靖南王耿仲明（死后其子耿继茂继承爵位）、平南王尚可喜、平西王吴三桂这个三藩王在分别镇守福建、广东、云南的情况下，不但不上交国税，每年还理直气壮的以保卫边疆为由给康熙要大把的银子来确保军费开支。尤其是吴三桂，居然还自己铸钱流通各省。国家财政收入绝大部分都给了三藩，仅吴三桂每年就不下数百万两饷银。
不仅如此，这三藩连自己治内的人事权也都控制了，经他们提名的官员，地方总督、巡抚都不能干预。特别是那吴三桂任命的官员被称之为“西选”官员，比皇帝任命的都牛逼。而此时的康熙面对他们的实力，自然是不敢得罪了，面对他们一次次无理的要求，只能忍气吞声逐条答应。
