尽管天主教期望圣洁和独身，但它也一直是修道院丑闻的主题。然而当几乎所有这些丑闻，与玛利亚·阿格尼斯·菲拉奥修道院在历史上的行为相比时，都显得那么的微不足道。
罗马这所修道院的修女们在加入这里之前，都要接受一个一般会有三个以上的人参加的入会仪式。在这家修道院的创始人玛丽亚·阿格尼斯·菲拉奥（Maria Agnese Firrao）被免职后，其他修女很快接替了她的位置。到了19世纪50年代，修女玛丽亚·路易莎开始强迫修女们和自己进行淫乱的幽会，并伪造圣母玛利亚的信件，甚至威胁任何质疑她方式的人。后来这些不堪入目的真相，在梵蒂冈档案馆里埋藏了几十年，直到学者休伯特·沃尔夫在《圣安布罗乔的修女》一书中，揭开了这个案件的真相，这件丑闻才得以重新浮现在人们的面前。然而，更令人震惊的是，这些修女为隐藏她们的秘密所付出的代价。
在19世纪50年代，因为鼓励其他修女把她当作虚假的偶像崇拜，圣安布罗乔修道院的创始人菲拉奥被剥夺了修道院院长的职务。很快，修女玛丽亚·路易莎取代了菲拉奥的位置，但就像她的前任一样，她依然安排了她与修女们每晚的约会。
一位修女承认：“玛丽亚·路易莎让我以某种姿势躺着，抬高双腿，而她则与我‘缠绕’在一起……然后她做了一些我无法用语言表达的动作和声音。她还让我摆好姿势，这样我就可以吸收她的体液了。”
玛丽亚·路易莎甚至声称，这些液体可以治疗疾病。而作为入会仪式的一部分，她还要求新加入的修女与她“面对面、胸对胸地躺着”。
修道院的创始人玛利亚·阿格尼斯·菲拉奥，在19世纪早期卷入了几起丑闻。尽管她曾是教皇利奥十二世的精神顾问，但当她的不当行为被公之于众时，菲拉奥发现自己陷入了困境。
菲拉奥不仅与她的忏悔者有染，还与忏悔者和另一个修女进行了三角关系的幽会。她还创造了一个虚假的奇迹，并在被神职人员怀孕时两次堕胎。
1816年，玛利亚·阿格尼斯·菲拉奥被剥夺了修道院院长的职务，但神奇的是，她的修道院并没有被宗教裁判所关闭。相反，非法活动在幕后仍在继续进行。
修女玛丽亚·路易莎不仅和其他修女上床，她还和修道院的一位耶稣会告解神父搞在了一起。而且两人晚上见面时，会以宗教聚会为由，摆脱怀疑。
事实上，玛丽亚·路易莎甚至还用圣母玛利亚伪造的信骗忏悔者上床。因为一位名叫玛丽亚·弗朗西斯卡的新修女，字写得很漂亮，于是玛丽亚·路易莎请她写了封圣信。很快，修道院的每个人都遵从了“圣令”——包括那位和玛丽亚·路易莎上床的忏悔者。
圣安布罗乔的一位忏悔者隐藏着一个秘密：他用假名生活在这个社会上。而他实际上是约瑟夫·克鲁根，教皇的顾问和著名的神学家。1848年，克鲁根开始与一名修女发生婚外情，后来在宗教法庭审判期间，这位忏悔者承认他与玛丽亚·路易莎有过多次肉体接触。
克鲁根试图为自己辩护。他坚持认为，他们的关系纯粹是精神上的；克鲁根还声称，这与欲望无关，而是与宗教有关。不过后来即使他认罪了，克鲁根也只是受到了轻微的惩罚：宗教裁判所命令他在耶稣会的房子里关上两年，并且剥夺了他在修道院的任何权利。
玛丽亚·路易莎向新修女介绍了一些非正统的习俗，包括性启蒙入会仪式。玛丽亚·路易莎告诉修女们，她的体液中含有神圣的祝福，可以在高潮时与大家分享。在后来的审判中，玛丽亚·路易莎承认，修道会的“圣人”创始人菲拉奥用类似的方法，将她的“神奇酒”传递给玛丽亚·路易莎，和以前的新修女。
新修女们会被邀请在玛丽亚·路易莎的牢房里过夜。如果有修女抱怨这些仪式，她们就会神秘地病倒并死去。
卡塔琳娜·冯·霍亨索伦·西马林根公主在36岁时两次丧偶。不过公主没有留在她的祖国德国，而是迷上了罗马的圣安布罗乔修道院，并决定成为一名修女。
然而不久之后，公主发现了一些非常可疑的行为，然后很快就开始担心自己的生命安全了。于是公主偷偷拿出一封神秘的信，上面只写了“救救我”。最后在她发现修道院女院长的不正常行为和恶意的控制行为后，她认为玛丽亚·路易莎正在慢慢地试图杀死她。
在宗教裁判所的审判中，玛丽亚·路易莎被指控参与女同性恋聚会，崇拜假圣徒，以及谋杀。但在她的审判中，有一项罪行尤其引人注目。据目击者称，玛丽亚·路易莎参加了所谓的“耶稣会祝福”，但实际上是一场情欲仪式。而这个秘密的祝福由修道院的创始人玛丽亚·阿格尼斯·菲拉奥传下来，包括法式接吻等。
一名目击者说，男忏悔者“用舌头在她的喉咙上画了个十字。有时他还把舌头伸进其他忏悔者的嘴里，亲吻她的心脏。”在接受“祝福”时，修女们有时还会陷入一种狂喜的状态，跪在忏悔者面前。
玛丽亚·路易莎与修道院的新成员，两次丧偶的德国公主卡塔琳娜分享了一封情色信。但当公主反应震惊时，玛丽亚·路易莎决定用最永久的方式消灭这位公主。后来，玛丽亚·路易莎则用圣母玛利亚的伪造信件，为自己的行为辩护。
玛丽亚·路易莎声称，上天的指示让她结束卡塔琳娜的生命。不过他们做了许多的尝试，但都没有成功。最终卡塔琳娜公主在表妹的帮助下成功逃离了修道院。不过卡塔琳娜已经病重，拒绝一切食物和药物，被带到她家在法国的庄园里养病。
玛丽亚·路易莎后来承认，她强迫公主吞下鸦片、水银和玻璃粉。
圣安布罗乔修道院在开始隐藏其罪行时，还是一个相对较新的修道院，因为该组织于1806年由一位30岁出头的年轻修女创立。玛丽亚·阿格尼斯修女为这所修道院建立了强大的声誉：她以戴着一个铁面具而闻名，面具上还有50多颗钉子指向她的脸。
这位创始人可能声称她是一个活着的圣人，但她的圣痕则是自己造成的。最重要的是，宗教裁判所在1816年对菲拉奥进行了审判，并被判有罪。指控包括“假装圣洁”和与忏悔者的“淫乱行为”，最终，菲拉奥在流放中度过了余生。尽管菲拉奥的修道院设法保持开放的态度，但宗教裁判所可能一直在寻找关闭它的借口。
即使经过宗教裁判所的审判，圣安布罗乔的秘密也从未被公开过。因为教皇庇护九世可能担心，如果教会承认与修女私通和谋杀的阴谋，那么将会引发反弹的效果。
这所修道院于是被悄悄地永远关闭了，玛丽亚·路易莎则被判处20年的修道院监禁。卡塔琳娜公主自此从未在罗马找到她所寻求的精神家园，最终回到了德国，并将自己的财富投入了当地一家名为Beuron的修道院。
教皇庇护九世在听到卡塔琳娜公主的谴责后，便介入这起案件，尽管他也帮助掩盖了整个丑闻。庇护九世担心，这起发生在离梵蒂冈不远的罗马一所修道院的事件，可能会损害他盟友的声誉。因此，这个案子没有被公开审判，而是被送到了罗马宗教裁判所的神圣办公室。
当审判揭露女同性恋的遭遇和谋杀未遂时，宗教法庭迅速试图掩盖整个丑闻。修道院被关闭，女修道院院长被判处20年监禁，而涉案男子每人被判两年监禁。
几十年来，天主教会一直在圣安布罗乔隐瞒丑闻。宗教裁判所的记录，也被埋在了一个秘密档案馆里，不向公众开放。然而，当学者们接触到这些材料时，这一切都发生了改变，尤其是其中的一份材料，揭露了玛丽亚·路易莎的丑闻。
Münster大学（University of Münster）的历史学教授休伯特·沃尔夫（Hubert Wolf），是最早接触到曾经是秘密的宗教裁判所档案的学者之一，他发现了隐藏在梵蒂冈记录深处的圣安布罗乔丑闻。
在2015年出版的《圣安布罗乔修女：丑闻修道院的真实故事》中，沃尔夫讲述了玛丽亚·路易莎、菲拉奥以及她们的非法行为。
尽管这与性行为不端和谋杀未遂的忏悔相比，相形见绌，但圣安布罗乔的修女们也因为坚持认为假圣徒的圣洁而受到了惩罚。而被罗马宗教裁判所称为假圣人的圣安布罗乔（Sant"Ambrogio）的创始人玛丽亚·阿格尼斯·菲拉奥，则在修道院的墙后受到尊敬。
卡塔琳娜公主在得知了这种不正当的崇拜行为之后，十分惊恐。“他们给我看了她们的鞭刑和其他惩罚手段，还告诉我，在一次鞭笞之后，圣母身上就会掉下三磅生肉。他们也总是称赞她非凡的美德。”公主承认道。“在这个修道院内，当她们宣布玛丽亚·阿格尼斯修女的圣洁时，她们甚至不会脸红，她的修为超过了几乎所有的圣徒。”
由于桑特/安布罗乔的案件，是宗教裁判所的案件，所以修道院在宗教裁判所期间成为目标并不奇怪。圣安布罗乔的修女们大声抨击宗教裁判所。而天主教机构裁定修道院的创始人玛丽亚·阿格尼斯·菲拉奥犯有虚假圣洁罪，但在圣安布罗乔的围墙内，修女们则大声宣布宗教裁判所的判决是错误的。
对这些修女来说，阿格尼斯·菲拉奥是一个圣人，她们还会收集她的衣服、刺绣和图像等遗物。她们甚至会称她们的创始人为“她的快乐，她的财富，她最亮的星星”。
