蓟辽总督名义上是中央部院派遣到地方上的廷臣，实际上逐渐变成了地方上的最高军政长官。因此蓟辽总督既需要接受中央部门的领导，又要受到地方官员的制约，因此，只有同时处理好与中央、地方两方面的关系，蓟辽总督才能更得心应手的打击“虏寇”，建立功勋。那么蓟辽总督与中央是一个怎样的关系呢？
一、蓟辽总督与内阁
明初，朱元璋借胡惟庸“谋反”案废除了丞相制度，把全国的军政事务分别交给中央六部处理，皇权得到了空前的加强。但是自丞相制度废除后，皇帝需要处理的政务量大大增加，明太祖每天面对如此浩繁的奏章和政事，越来越感到力不从心，便设置了四辅官以辅助其处理公务，后来又添置了殿阁大学士，这就是后来内阁制度的萌芽。
随着内阁制度的逐渐完善，阁臣的品秩与地位也慢慢得到提升，后来可以通过“票拟”权进行中枢决策，到嘉靖和万历时期，阁臣特别是内阁首辅的权力变得非常大，甚至达到“权高震主”的地步，出现了如严嵩、张居正等一些权臣。内阁阁臣一般是通过票拟权来批答和裁决重大事务。
中央各部及地方上的奏章都要先经过阁臣审阅，提出处理意见，再供皇帝参考，当然蓟辽总督的奏章也要先让内阁进行批答，这样阁臣就通过票拟权对蓟辽总督的决策施加了影响。阁臣还和其他部院大臣通过廷推的形式影响到蓟辽总督的选任权，因此，内阁对蓟辽总督的仕途升迁以及蓟辽地区的军政事务有很大影响。
嘉靖时期的蓟辽总督王伃，因与当时的内阁首辅严嵩关系不好而遭到了陷害，最后被处死。嘉靖三十八年（年）二月，蒙古把都儿、辛爱等部落酋长率军从潘家口入寇，大掠遵化、蓟州等地，蓟辽总督王伃未能抵御住，事后被刑部定罪“戍边”，但“嵩雅不悦伃”气而且王伃的儿子王世贞又多次得罪严嵩父子，导致“嵩父子大恨，漆河变闻，遂得行其计”，经过严嵩的挑拨和运作，王伃最后被改判为死刑。
但是如果蓟辽总督得到内阁大臣的支持，则升迁便会较快，处理地方军政事务也可以不受掣肘，变得得心应手，也更容易建立功绩，如万历初年的蓟辽总督梁梦龙就是一例。万历初年，张居正当政，而梁梦龙是其门生，便被授以重任。
张居正给梁梦龙以专任权，便宜处置辖区内军政事务，而梁梦龙没有了其他官员的掣肘，在抗击蒙古部落的战争中取得了辉煌战绩，多次大破骚扰边疆的土蛮部落。“前后奏永奠堡、丁字泊、马兰略、养善木、红土城、宽奠、广宁右屯、锦、义、大宁堡诸捷”，梁梦龙也因战功卓著被升为兵部尚书。
但是万历十年（年）张居正死后，梁梦龙失去了内阁大臣的支持，便立马遭到御史们的弹劾，被勒令致仕，罢官回家。可见，内阁对蓟辽总督的影响之大。如果内阁大臣信任和支持蓟辽总督，蓟辽总督的军政职能就能够得到比较充分的发挥，往往会取得一定的战绩，边疆防御也更加完固，但若总督失去内阁大臣的支持甚至猜忌，蓟辽总督在任内作为较小，甚至性命难保。
二、蓟辽总督与部院科道
蓟辽总督的辖区位于明朝北部边疆，主要防御对象为北部蒙古和东北女真，因此军事任务比较重，与兵部的章疏来往比较密切。如万历十九年（年）三月，蓟辽总督蹇达因为蓟镇防御的兵力调配问题与延缓巡抚贾仁元发生争执，他请求兵部不要撤走延绥入卫蓟镇的军队，兵部在考察蓟镇的防御情况后，经过商量讨论，将此事报告了皇帝，最后得到批准，“延绥抚臣贾仁元会同经略郑維题：延镇兵力单弱，虏情测，欲尽撤入卫蓟镇之兵。
蓟镇督臣蹇达、按臣王致祥亦称蓟镇内护陵京，外逼虏穴，戍兵委难尽撤。兵部覆：延镇兵马一枝仍旧入戍蓟镇，其暂撤一枝，俟二年满日，与大同兵马轮流入卫，所议召补家丁，分投召募，务期充实。从之。”又如万历十九年（年）十月，因北部蒙古部落有南下侵犯蓟州的企图，割辽总督蹇达上奏报告了情况，兵部在得到题奏之后报告皇帝，明神宗下旨让蓟辽总督等官申饬军兵，严加防御，并令宣大和保定督抚派兵，积极配合蓟镇的防御。
如下：“兵部覆蓟辽总督蹇达揭称：夷情势已结聚，计必窥犯蓟东，凡主将、客将各宜调遣应援，宣大闻警即赴怀来保陵寝，保定闻警径赴通州防护京通，若东虔犯蓟，其辽西、宁前兵马一面入援，一面鸦巢牵制，毋得自分彼此。得旨：蓟镇为陵京近地，边防军令委宜倍加谨严，这分布将领调度节制事宜，着该镇督抚丞行申伤，仍行宣大、保定督抚等官闻警，星夜赴援，毋逗留观望，致误军机，其京营总协大臣亦须悉心筹划，以图防守。”
牵涉到兵马钱粮之事，蓟辽总督就要与户部积极沟通协调，以保证军队的后勤供应。由于万历时期，边疆及内地战争不断，军费开支浩繁，明朝财政吃紧，户部就要求各处裁减冗费军兵，以节省开支。万历十九年（年），蓟辽总督蹇达上奏报告了辖区内的兵马及保费情况，提出了裁减军丁及军马的具体建议，并请求户部能增加本镇的盐引价银，经户部议覆后，得到了万历皇帝的批准。
如下：“户部题蓟总督蹇达会同辽东抚按郝杰、胡克检议称除停工作一事：本镇随宜修幕不费官银外，一核军丁，本镇见在卑丁八万一千有奇，并无虚数，惟减各营之家丁，裁宁前之口粮；一汰驾马，本镇见在马縣四万三千有奇，比原额数少，无可议汰，惟复州营添设马一千匹，尚有一半未补，复州地近腹里，军无征逐，此项应裁。
一查虚冒，本镇军马逃故倒死数目，按月呈报，查有壮士马、接济降夷马、家丁马、复州未补马四项，随任家丁与宁全金州头目口粮等项，均属可裁，一年可省一万一千余两，堪拍年例；一增引价，本镇原派淮盐六万三千九百二引，每引加银一钱，共银六千三百九十两二钱，又将海州向留抚赏盐税银一千四百充摘，而宁前中前二十二处，原未开中盆引，亦可量增’引之论。
有旨：盐引价银已题准，宜画一着，一体遵行，余倶依拟。”另外，蓟辽总督的选任需要经过吏部会同兵部推选，然后再经皇帝批准，方才生效，而部院大臣的举荐提名在其选任过程中是十分重要的。如嘉靖二十九年年）礼部尚书徐阶上疏向嘉靖皇帝提出了一些选人用人的建议，并推荐了何栋、聂豹二入’认为两人是防御边疆的人才，伏睹原任都御史何栋、原任副使聂豹，其才识胆略，迴异时流。
而豹守平阳御虏而有成效，独以不能顾瞻俯仰、趦趄摄嚅为世俗态，是以仕不果达。乞敕吏部急将二臣起用。仍推此意，广收异能，待以殊格，庶缓急有济。上纳之。”徐阶的建议最后被皇帝采纳，何栋后来得到重用，被任命为蓟辽总督，轰豹也恢复官职，被任命为兵部右侍郎。明朝监察制度分都察院和六科两大系统。
都察院是名义上的最高监察机构，下辖中央诸御史官员和地方上的十三道监察御史，但六科却比较独立，只对皇帝负责。这些在中央的监察官员，奉命监察各处官员有无违法乱纪行为，他们的奏疏影响着官员们的升迁。蓟辽总督作为地方军政大员，责任重大，其行为更是受到了严密的监察。
如万历十九年（年）十月，吏科给事中韩学信参奏蓟辽总督蹇达琉报军情：“又见总督蹇达报虏入犯十四万，提督李言恭遂请设九门兵马，近知所报皆属虚张，是边臣与京营之轻率，当戒也。”蹇达因此受到处罚。
三、总结
蓟辽总督从嘉靖时蒙古南下侵扰而设到明朝灭亡，其都在与蒙古、女真诸部打交道，因此其职能偏重军事。在蓟辽总督对北边的防御过程中，其职能也在逐渐发展完善，并最终成为蓟辽地区实际上的最高军政长官，节制本地区各处总兵、巡抚，协调兵马，抵御蒙古和女真的骚扰。蓟辽总督挂有中央部院职衔，但主要在地方上任职，因此其与中央、’地方的关系比较复杂。
蓟辽总督的选任、罢黜、奖惩受到皇帝和中央有关部门的很大影响，在地方上也受到巡按御史、巡抚、镇守中官等地方官员的制约。因此蓟州总督要想处理好军政事务，在边疆建立功勋，就要协调好与中央、地方的各种政治力量的关系。
