1807年，拿破仑对葡萄牙和西班牙发动了战争，而葡萄牙人和西班牙人强烈反抗，给拿破仑带来了很多麻烦，也让拿破仑帝国走向了衰落。
葡萄牙是拿破仑死对头英国的殖民地。1807年，拿破仑派军队远征葡萄牙，摄政王约翰六世乘船逃往巴西，11月30日，法军占领了里斯本。此时，西班牙国内一片混乱，拿破仑认为推翻这样一个内部混乱的国家应该易如反掌。不过，拿破仑还是尽量争取西班牙人民的支持，打出了为人民恢复文明的旗号，希望得到人们的理解。随后，法军以海战和大陆封锁为借口，进入西班牙半岛，并很快将西班牙的海岸和军事要地控制起来。战火已经烧到了马德里附近，西班牙王室原本打算像葡萄牙王室一样逃往第三国，但是遭到了人民的反对，阿斯图里亚斯亲王趁机宣布为王，定称号为费迪南七世。趁这次西班牙宫廷内乱，拿破仑率军进入了马德里。
费迪南七世夺取王位后，又把王位归还给父亲。而费迪南七世的父亲为了讨好拿破仑，选择了辞让王位。西班牙最高“政务会”、卡斯蒂利亚议会和马德里市议会在拿破仑的干涉下，最终把王位授给拿破仑的哥哥约瑟夫·波拿巴。
拿破仑任命自己的哥哥担任西班牙国王，又改变西班牙的不少风俗习惯，让西班牙人感到民族荣誉受到侵害，于是，西班牙人决定反抗拿破仑，战火开始燃烧起来。1808年5月27日，费迪南七世在塞维利亚省政务会上被承认为西班牙国王，同时武装起义在未被法军占领的各省纷纷发生。6月16日，波尔图也爆发了葡萄牙人的起义，法国杜邦将军战败投降。西班牙人受到葡萄牙人的鼓舞，看到了胜利的希望，费迪南七世很快在马德里宣告即位，拿破仑拥立的约瑟夫·波拿巴则被迫逃离。西班牙人取得了阶段性的重大胜利。葡萄牙方面，法国朱诺将军因兵力缺乏，和葡萄牙人签订辛特拉协定后，率军撤离了葡萄牙，这个王国随后被英国将军威灵顿率兵占领。
拿破仑亲自率兵赶往西班牙半岛，并很快改变了战争格局。拿破仑指挥的八万军队都是从德意志调来的，士兵们个个经过实战，经验丰富，因此能够接连取得胜利，并很快将西班牙的大部分省份收复了。以解放者姿态进入马德里的拿破仑，告诉半岛居民，他取消了异端裁判所和封建特权，虽然西班牙人可能会有不同看法，但实际上，对西班牙人来讲，这是一种文明和自由的进步，会促进西班牙的繁荣和发展。事实也的确如此，由于西班牙国内寺院林立，僧侣专权，一直处于愚昧、贫穷和落后的状态，只有改变目前的社会状态才能有所发展，才能进一步建立民主和自由。
西班牙领导上层和中层阶级的议会派，以及领导下层阶级的僧侣派，对拿破仑的到来都十分不满，他们自发联合起来，利用独立自由的情感和宗教的狂热，激励西班牙人反对拿破仑。神父们拿起宗教的武器，在教理中，他们把拿破仑丑化为叛教徒、魔鬼，批判他蛮横专制，号召西班牙人团结起来，拿起武器赶走法国人。于是，拿破仑陷入了战争的泥潭中，因为他不但要征服西班牙的全部国土，还要征服人心，仅仅占领首都并不能算是胜利。然而，拿破仑并没有意识到这一点，他仍打算用凌厉的攻势和严酷的高压来统治西班牙半岛。
从此，西班牙人坚持反抗拿破仑的统治，一直到拿破仑帝国灭亡为止。西班牙人的反抗迫使拿破仑在西班牙投入大量兵力，极大消耗了拿破仑帝国的实力。
