马穆鲁克王朝在统治埃及初期，尤其是伯里海系马穆鲁克军等级分层十分明确。马穆鲁克统治者们要求军中士兵坚持刻苦训练、缓慢晋升和逐步加薪。军中纪律给马穆鲁克士兵们灌输了一种价值体系：个人的功绩和成就最终会得到很好的回报。这使得早期的马穆鲁克军队成为中世纪的中东地区最强大的军队。
到了中世纪晚期的马穆鲁克王朝，面临外忧内患的情景，军事制度开始走向松散。这一时期马穆鲁克面对的“外患”与中国的清朝时期的“外患”不同，它是相对和平且稳定的外部条件从而导致的国家内部没有危机感，统治者们开始不作为，不进取。
军中内部长期争斗斡旋权力，由于在王朝的崛起时期，曾经的训练体系证明该方法对外国敌人和当地叛军有效，军事机构几乎没有动力来更新长期以来的军事训练方法；其次，从军事寡头的特征出发，由于统治阶级的霸权地位，马穆鲁克保守主义造成的困境超过了它的利益。包括在马穆鲁克军队中最显著的特征——“忠诚观”也开始变为敷衍，主人和奴隶之间的道德纽带开始变的僵硬化，忠诚正成为一种原则，而不是一种私人的承诺。这与其说是忠诚的失败，不如说是互惠的失败。被庇护者不愿再主动为庇护主牟取利益，庇护主也不能全部达到曾经所承诺的誓言。因此在利益面前双方的态度自然出现极大的转变。
在早期马穆鲁克苏丹们的控制下，马穆鲁克军队纪律严明。但是，后续布尔吉系的苏丹们却没有前辈们的实力。许多苏丹背弃了。苏丹通过击败他们的敌人来保护国民。许多苏丹下令传播。但从权威的角度出发，苏丹实际上他们是在保护自己，只是在捍卫自己的统治。
综上所述，大致有两个因素导致了马穆鲁克军事结构的削弱：第一，中世纪晚期的埃及处在相对和平与繁荣时期，国家内部自上而下出现懈怠情绪；第二，苏丹纳绥尔统治时期对整个军队的改革导致整个政体的结构性变化。纳绥尔·盖拉温苏丹后期又提拔非马穆鲁克人担任高级军事职务。不仅文职人员被任命到以前由军队担任的职位，而且在纳绥尔·盖拉温苏丹的高级埃米尔的花名册上也有几个非马穆鲁克出身的人。这种去马穆鲁克化的趋势，在哈桑·纳绥尔苏丹的统治时期变得越来越明显，由于苏丹对马穆鲁克制度的厌恶和他对其他非马穆鲁克团体的极端偏爱而进一步加强。
1347年，埃及爆发了黑死病，随后又爆发了肺鼠疫，不仅造成平民大量死亡，马穆鲁克军队也大批死亡。外加军事社会为争取影响力而进行的内部斗争的背景下，埃米尔和苏丹之间的收入日益不平衡，导致了15世纪马穆鲁克军队系统失灵以及在后期战役中的失败。这种内部斗争的后果之一就是大部分军事贵族们除了捍卫自己的特权外没有其他想法，随之逐渐摧毁了整个军事体制。1517年，当马穆鲁克王朝彻底分崩瓦解时，原因之一就在于，马穆鲁克苏丹无法在这一领域进行创新，也无法妥善利用税收制度来确保国家更加顺利的运转。如果以其长久的历史来判断，马穆鲁克王朝无疑是伊斯兰历史上较为成功的实验之一。
高度集中的军事法制
马穆鲁克军事秩序的建立与实施，由于马穆鲁克政权的特殊性，在建立政权之后，为了达成共识，拜巴尔斯更多地依赖于调解马穆鲁克之间的关系和培养早期马穆鲁克精英们的道德准则，而不是依靠专制的特质采用强制手段。
在他还在军队中做将领时，他就有能力控制埃及最大的庇护网络军队，这极大地促进了后期在马穆鲁克王朝中巩固的进程。同时拜巴尔斯在1250年后期，成功地利用裙带关系，利用亲信士兵和非亲信士兵之间的关系，奴隶和生来自由的仆人的关系，逐渐建立明确的等级制度，获得这些准军事组织的支持，最终形成一个新的统一的政体，试图建立某种准军事的扈从，以此来影响埃及的。拜巴尔斯一直被历史学家誉为马穆鲁克王朝的“真正创始人”。拜巴尔斯的成功在于他构建社会权力的能力，能够有效整合统治精英组织和资源分配，达到自己想要的社会秩序。
他的第一个官方措施是将自己置于庞大的庇护网络的顶部，拜巴尔斯从一开始就承认，上的忠诚是赞助人与被赞助人之间互惠的，而不是无端的安排。为了象征这一认可，拜巴尔斯先宣誓维护埃米尔的利益，然后埃米尔又宣誓效忠于他。当拜巴尔斯掌权时，他把城堡和防御城镇的控制权交给了他自己的马穆鲁克亲信掌管。
当然，拜巴尔斯明白仅靠这些无法完全保护好自己，他还采取了明智的预防措施，帮助保护他的政权免受有预谋或自发的挑战。例如，为了加强他在首都的安全，拜巴尔斯还下令翻新旧兵营。为了监督他在帝国其他城市的权力，拜巴尔斯经常任命他自己的马穆鲁克来指挥城镇的军事设施。为了在战场上保护自己，因为战场才是最脆弱的地方，拜巴尔斯任命他的“卡斯”作为军事警察负责他的安全。军事野战营可能是任何苏丹最容易出现危险的环境，包括拜巴尔斯。如果不能预见到那里的安全问题，可能会产生直接和严重的后果。
