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清朝督抚制度的完善化是专制主义中央集权高度发达的标志。
但是任何一种制度，在它日益完善化和成熟化的同时，也就是它的内在矛盾开始酝酿之时，清代督抚制度正是如此。
因为督抚制度的完善化是以加强中央集权尤其是皇权为最终目的，所以伴随着这一进程，是中央集权与皇权的不断强化过程，最后终使清朝的中央集权达到中国古代历史中的最高程度。
1、督抚制的局限性
但是，其自身的局限也是显而易见的。
首先，一切权力集中于中央，致使地方力毫无建树可言。
清代虽极重视总督巡抚，并通过种种措施使督抚“事权归一”，但在权力运作上又通过“内外相维”、“大小相制”的办法使权力收归中央，致使各省必须在中央的监督、号令下行动。在这种局面下，中央尽收地方大权，使地方没有发展的余地。
薛福成曾描述这种状况说：
“国家承平余二百年，凡有大寇患，兴大兵役，必简经略大臣及参赞大臣弛往督办。继乃有佩钦差大臣关防，及号为会办、帮办者，皆王公亲要之臣，勋绩久著，呼应素灵。更部助之用人，户部为之拨巨饷，萃天下全力以经营之。总督、巡抚不过承号令、备策应而已。其去一督抚，犹拉枯朽也。故督抚皆奉命维谨，罔敢违异。”
督抚一切承命于上，难以有自我发展的地方事业可言。
在薛福成看来，咸丰以后督抚之所以能有所建树，原因就在于督抚“得一行省为之用”，在于事机急迫，安危系之之时，“部臣亦不能以承平时文法掣之，故疆臣之负才略者，转得从容发舒，已成夷艰济变之功焉。”
其次，权力的大小相制和交错，也在相当程度上遏制了地方督抚的职权发挥。
大小相制和职权交错的目的是牵制和制约地方督抚，最终集权于皇帝。
但在重重的大小上下制衡之中，也造成了权限不清和互相抵牾的现象。
从督抚与各部的关系来看：
“有时督抚以寻常奏报，遇部驳而不能行；有时各部以管辖事宜，不奏咨而遂难过问…夫各部用其权以制裁督抚，若不量地方之情势，则善政几不得举行，督抚张其权而轻视各部，又破坏一部之机关，而政令几同于虚设。”故而“往往两失其权”。
从总督与巡抚来看，虽说总督偏重军政，巡抚偏重民政，然而实际运作中并非如此。
乾隆五十五年（公元1790年）上谕强调：
“总督有统辖之职，纠吏除吁，征增纳课，皆应留心整饬”，即令总督兼理民政。
另一方面，巡抚也有自已的直属军队“抚标”，兼衔提督之巡抚同样有“节制各镇，统辖阖镇营员之责”。
可见总督、巡抚的职权是互相交叉彼此渗透的。
之所以要设置职权交错的总督、巡抚，其目的正如薛福成所说：
“国初总督不常设，值其时、其地用兵者设之，军事既平，遂不复罢，俾与巡抚互相稽察”，即使之互相监督。
如有节制绿营权之巡抚调动军队必须会咨总督，巡抚题补地方官员须经总督会衔后上报，弹劾官吏也要督参抚审等等。
再从督抚与其他省级官员的关系而言，在职权上也构成一定的交叉。
如布政使有综理一省民政之责，按察使有综理一省司法之责，并分别操纵财政奏销、司法审理运作的实权。
另一方面，布、按都分别有上奏权，这也构成了对督抚的制约。这种层次复杂、职权交错的省级体制在一定时候对防止督抚专权是起到一定作用的，但另一方面也带来省级官员之间的矛盾和工作中的互相推诿现象。
在这样的体制中，督抚的职能发挥是有限的，基本限定在察吏、安民、治安、教化的范围之内，其所负有的地方兴革的责任，也只限于水利、赈灾、漕运、盐政、钱粮等内容。
在所有这些工作中，督抚只需对上负责即可，基本不会也没有可能考虑关系民生的地方建设问题。久而久之，督抚的工作只能是奉行文书而已。
2、晚清督抚制弊端的显现
如果说随着督抚制度的完善化，清朝君主专制的中央集权体制空前强化，从而对多民族国家的统一稳定还起到了一定的积极作用的话，那么，随着历史的发展，尤其是在鸦片战争后新的历史条件下，这套体制的弊端也日益暴露。
首先在财政方面。
清代的财政来源，主要是地丁、漕粮、盐课、关税。其中地丁、漕粮收人占全部收入的三分之二以上。
自康熙朝确定“滋生人丁，永不加赋”政策后，地丁收入没有很大的增长。
漕粮性质类似地丁，亦受不得加赋之限制；关税盐课则向有定额，亦不得加征。这种财政收入结构的最大特点是缺乏扩张性。
与此同时，国家出纳均有常规，“各省岁输田赋、盐课、关税、杂赋，除存留本省支用外，凡起运至京者咸入焉。”
无论中央与地方都没有办法通过增加税种和税率来增加收入，一旦遇到财政支出猛增时，就会出现入不敷出难以应付的局面。
这种局限与危机在第一次鸦片战争时就突出地暴露出来。
清朝每年的财政收入，在乾隆年间即达到4000多万两。户部银库积存，在乾隆四十二年（公元1777年）达到最高，为8182万两。
以后逐年下降，加上鸦片战争的耗费，到1840年，国库存银下降到1035万两。此外还有战争赔款600万银元，折银426万两。
国库根本无法支应，于是只有到体制外去解决，最主要的办法就是令商民捐输。
鸦片战争时期的捐输，已是“按户需索，计亩征求”，“所出反倍于常赋”；在广东，有派捐、包捐等名目，“大率按亩派捐，事同加赋。宽于富户，而苛于平民”。
捐输仍不足用，清廷于是向一些省摊派，其中主要来自各省藩库官款。
据研究，以广东筹款为最多，达1.03亿两，占赔款总数69.95%（其中行商占14.23%)，其次为江苏、浙江、安徽等省，总计出自各省库官款1.07亿两，占赔款总数72.93%。
鸦片战争时期的财政危机实际反映了清朝统一的财政体制的危机。
在中央没有能力扩大财源的情况下，不得不求助于地方。
在举办捐输的过程中，“按亩派捐”、“所出反倍于常赋”，实是以变相方法突破了“永不加赋”的祖制。清廷在动用各省库款时表示此乃“一时权宜借用”，须用“劝捐归补足额”，实是给于地方劝捐之权；另一方面，动用了省库款，还加剧了中央财政危机。
1843年以后，各省应按年上缴国库的税款，都不能“年清年款”，以致“旧欠既已延宕，新欠又复踵增”。
中央与地方财政运转开始偏离常规。所以，清朝高度统一的财政体制的危机始于鸦片战争，随着太平天国运动和第二次鸦片战争的接踵而至，这种危机局面日益加剧。
其次在军事方面。
清朝为防止武官跋扈，采取了一整套以文制武的制度。就省一级而言，将军官阶虽高于总督，却只能指挥驻防旗营；总督巡抚虽是文官，却又以武员身份列入兵部册籍，兼领兵部尚书或侍郎的官衔，节制省内绿营；绿营提督在军职上高于巡抚，却又隶属于总督之下。
遇有重大内乱，朝廷往往又直接派亲王或中枢大员担任的钦差大臣执行军务。这套制度，使军权隶于中央，同时又在地方造成军队组织的分散。
久而久之，总督只知奉行文书，而“忘体恤将卒，督饬操防为己专责”。
总督巡抚平时不理军政，三年巡阅之时，只能“虚应故事”；平居无事，则“往往令本标兵，充仆隶厮养之役，或兼手艺，在署佣工，而于训练操演转视为具文，属下将弁相率效尤，而督、抚大吏不能随时整饬，遂使隶名营伍，步伐茫然，一旦有事征调，其能知纪律、陷阵冲锋者，寥寥无几。”
军队的腐败与丧失战斗力是在所必然的了。
绿营的腐败，很大程度上是制度造成的。其中以文制武造成组织分散，造成督抚只能虚于应付是不可忽略的因素。
嘉庆之时，由于绿营丧失战斗力，清廷不得不另募乡勇，集权于上的统一的军事体制开始动摇。
鸦片战争时，清廷仍从各省征调绿营并派中枢大员领军作战，由于军队临时从各省抽调，缺乏集中训练，因而行动疲塌、迟缓，缺乏应有的战斗力和应变能力。
就以第一次鸦片战争中的浙东之战为例：
1840年10月，英军攻占浙东宁海、镇海、定海三城。道光帝任命协办大学士、吏部尚书、步军统领奕经为扬威将军，户部左侍郎文蔚、前宁夏将军特依顺为参赞大臣，带兵组织反攻。调往浙江的军队来自8个省，总数13000人，调兵时间长达5个月。
所调军队分属扬威将军和两位参赞大臣，任务不清，真正投入作战的只有2782名。
以这样的军队对付拥有2000余名陆军，26艘船舰、200多门炮的英军，其结果可想而知。整个反攻不到4小时就败下阵来。
这次反攻的失败，典型地反映了清朝军事制度内部的弊端与腐败。
清朝督抚寄权体制的完善和成熟是以巩固皇帝专制主义的中央集权为根本目的，所以，这套体制的正常运作又需要强有力的中央集权来维系。
3、晚清中央集权的衰弱与督抚制的权变
然而鸦片战争之时，而临着西方资本主义的侵略，清朝高度集权的专制政体开始面临着前所未有的严重危机。
它突出表现在：
一系列不平等条约的签订，专制皇权一统天下的统治遇到了前所未有的挑战。鸦片战争后，中国不仅领土完整受到破坏。
更重要的是，列强取得了一系列政治、经济、文化的特权，打破了清朝统治固有的“稳定”与“秩序”，实际成为皇权之外的统治中国的第二权力者。
这可以从这样几方面看：
在对外关系方面。
在传统政体中，清政府以“朝贡体制”维护与周边邻国的关系。鸦片战争迫使清政府与西方列强打交道。
但是，在很长一段时间内，清政府都没有摆脱“朝贡体制”的模式格局；他们将西方人毫无例外地视为夷人；规定外国人不能与中国高级官员打交道；坚持外国人必须遵循中国的一切礼仪规范，咸丰帝曾因此而拒绝接见不肯行跪拜礼的外国使臣。
然而，传统体制的封闭性并没有保住天朝不受侵犯，相反，在一定程度上成为列强侵略的口实。
1858年，列强发动第二次鸦片战争，战后谈判的条件之一，就是要求外国公使驻京，打破中国的“朝贡体制”，以便直接向清政府施加外交压力。
对外贸易与经济体制方面。
在传统政体的闭关政策之下，清政府实行官方垄断的有限对外贸易体制，在广州设立十三行。
行商向官府负责，充当官府与外商之间的中间人。但这种垄断贸易体制很快被列强的大炮所打破。在不断扩大的西方商品侵略面前，清政府拿不出任何新的对策，因而只能被动地接受一系列不平等条约的束缚。
在这个新的外贸体制内，外国人享有协定关税权，以后又取得了中国海关管理权。
这些特权与政治上的治外法权联结在一起，一方面使中国社会中出现了诸如租界、外资工厂银行等新结构，另一方面，外国势力开始分享清政府的一部分政治、经济权力，这就使中国专制皇权遇到了前所未有的挑战。
司法体制方面。
在中国封建社会，“政刑不分”，没有独立的司法体系，皇帝就是最高立法者和审判长，地方行政长官也是司法长官，全部对皇帝负责。
第一次鸦片战争后，这种“大一统”的司法本制被打破。
1843年签订的《中英五口通商条约》中有：
“徜遇(英国人与中国人)有交涉诉讼，…其英人如何科罪，由英国议定章程、法律，发给管事官（领事）照办。”
这是领事裁判权的开端。
其实际含义是：
外国侨民可以不受中国法律和司法机关的约束管理，中国法庭无权审理有关外国人的诉讼事件。
翌年签订的《中美望厦条约》，把领事裁判权的范围又扩大到一切民事、刑事诉讼和中国各港口。
为了行使领事裁判权，他们在上海租界设立法院，名义上是中国的司法机关，实际上却制定了一个极不合理的主审、观审制度，还规定，外国领事可以任意选用本国法律，从而极大地损害了中国的司法主权。
西方资本主义列强的入侵和对清政府政治经济权力的分割，削弱了清政府的中央集权皇权专制统治，所以鸦片战争后清政府的中央集权统治逐步衰弱，首先就是从西方侵略开始的。
西方侵略对清王朝权力的分割，实际上也提示了一个信息：
世界已发生了变化，西方的列强已不再是过去的“蛮夷”，清朝统治者必须自我更新、改革旧制，才能摆脱危局。
然而，从第一次鸦片战争到第二次鸦片战争这十年时间里，清朝统治者仍然沉湎于“天朝上国”的自我意识之中。
这样，一旦遇有突发事情时，他们只能在原有体制内寻求解决危机的办法，转向寻求地方支持。
鸦片战争时，清廷不得不通过向地方摊派、允许地方劝捐来弥补军费空缺。在面临西方挑衅之时，为避免洋人入京和对中央政府的直接威胁，清廷又一再将地方督抚推向前台，加重他们对外交涉之权。
这样，原来以“寄权”相维系的中央与地方关系也就有了变化的可能。
（正文完）
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