崇祯十七年（公元1644年），大明平西伯、山海关总兵官吴三桂带领大明帝国最后一支精锐、声动天下的关宁铁骑（总兵力6万人），投降满清摄政王多尔衮，当时满清八旗总兵力也不过10万人，加上辽东地区收编的辽东边军和归附的蒙古骑兵，满清总兵力也就14、5万人的规模，而吴三桂一次性就向大清输送了6万精锐骑兵，要知道关宁铁骑是大明帝国苦心经营20多年的精锐兵团，他们装备了比八旗更先进的装备、其战斗力可以比肩八旗中的蒙古八旗和汉军八旗。吴三桂还献出了清军打了20多年都没打进去的天下第一雄关山海关，使得清军得以轻易入主中原。
清军入主中原后，吴三桂又跟随八旗军为大清浴血奋战，从山海关一路打到云南，并绞死南明最后的抵抗旗帜——永历帝朱由榔，为大清帝国立下了赫赫战功。顺治皇帝也封其为平西王，许其如沐英故事，世镇云南。同时，顺治鉴于南方地区叛服无常，而八旗军主力又多驻防在京师、江宁（南京）、西安、武昌等重镇，机动兵力严重不足，遂册封在入关前就归顺的尚可喜为平南王镇守广东、耿精忠为靖南王镇守福建、孔有德为定南王镇守广西（孔有德在桂林战役中被南明第一李定国围困，被迫自焚而死，定南王爵位遂被废除）。由此在大清帝国的西南边境和东南沿海形成了三王鼎立的局面，清廷称之为三藩。
彼时，大清入关不久，西南和东南地区反清运动风起云涌，清廷只得对三藩姑息，而三藩则趁机做大，他们在辖区内自行任命官员、截留赋税、扩充军队，特别是三藩之首的吴三桂，所部拥有数万精兵，吴三桂还受命节制贵州、四川的兵马，其嫡系部将王辅臣为陕西提督，李本深为贵州提督，吴之茂为四川总兵，马宝、王屏藩、王绪等十人为云南总兵。三藩势力几及全国之半。此外，清廷每年用在三藩的军费占了国家财政的一半以上，长此以往非拖垮大清不可。
康熙十二年（1673年），20岁的康熙皇帝力排众议开始削藩，此举无疑动了三藩的“奶酪”，于是吴三桂率先在昆明发起叛乱，尚可喜、耿精忠随之响应，云南提督张国柱、贵州巡抚曹申吉、提督李本深、陕西提督王辅臣、四川总兵吴之茂、广西将军孙延龄等随吴三桂反，清廷顿失云、贵、川、陕、闽、粤、桂诸省。此后，吴三桂迅速向湖南推进，控制湖南全境，屯兵湘北重镇岳阳，至此清廷在长江几乎全部陷落。吴三桂在南方大举进攻的同时，又以王辅臣在北方扩大战果，并联络准噶尔部在北方攻击清军，清军在南北两条战线都陷入被动局面。更有甚者，盘踞台湾的郑经（郑成功之子）也趁中原大乱之机，屡屡袭击浙东沿海，其海军甚至一度封锁长江口，曾经的明朝遗老遗少们也在各地响应叛军，袭击官署，清廷在长江以南的号令几乎作废，康熙甚至一度萌生退出山海关之意。
毫无疑问，三藩之乱是康熙乃至大清入关以来面对的最大的统治危机，稍微处理得不好，大清帝国就会有崩溃的危险。面对乱局，康熙很快恢复了镇定，他迅速调整策略，软硬兼施。首先赦免孙延龄、尚可喜、耿精忠以分化叛军内部，此举很快收效，孙延龄、尚之信（尚可喜之子）又归降清军。同时集中主力攻打北线的王辅臣，剪除吴三桂的羽翼。1676年（康熙十五年）五月至十七年七月，在清军主力和“河西四将”的打击下，王辅臣向清军投降。清军顺利收复陕西、四川，将战线推进到云南境内，一举扭转被动局面。
王辅臣投降后，只剩下吴三桂所部依托云贵在湖南与清军僵持，更是陷入了清军的合围之中，败局显露。在此背景下，吴三桂又犯了一个政治错误，1679年（康熙十七年），吴三桂在衡州（衡阳）称帝，国号大周，此举使得吴三桂顿失民心，本来一开始吴三桂打出的是“兴明讨虏”（反清复明）的旗号，对明朝遗民还有一些吸引力，现今，他一称帝，顿时失去了合法性，许多曾经归附他的人又重新归降清军，当年秋天，吴三桂在内外交困之病逝，其孙吴世璠继承帝位。吴三桂死后，叛军内部缺乏一个强有力的领导人，陷入混乱之中，清军遂趁机反攻，收复湖南全境。之后，北线清军和南线清军分别从四川和湖南向云南的叛军老巢发起对攻，双方会师昆明城下。康熙二十年（1831年）底，南北两路清军兵临昆明城下。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
