在清代的中央行政机构中，以吏、户、礼、兵、刑、工六部为最重要。六部的名称及其大体职掌，基本上是从明代沿袭下来的，不过在涉及官员设置和某些权限方面，还是颇有变通的。
清代六部的设置可追溯到关外时期。后金天聪五年（1631年）七月，皇太极出于提高汗权、削弱诸王权势的需要，在先前建立文馆的基础上，又“爰定官制，设立六部”。新设立的六部都派1名贝勒主持，又置满、蒙古、汉承政、参议、启心郎、笔帖式等职。承政一般是满2人，蒙古及汉各1人，只刑部有汉承政2人，大概是为了适应对众多汉人刑事审判的需要。
参政每部8人，可工部却分别设满洲参政8员，蒙古参政2员，汉参政2员。启心郎也就是翻译官。当初，“满大臣不解汉语，故每部置启心郎一员，以通晓国语之汉员为之”。不过工部置有满洲启心郎1员，汉启心郎2员。至于具体办事的笔帖式，视需要而定，无确定名额。
崇德三年（1638年）七月，因大学士范文程的建议，决定各部只设满洲承政1人，作为主管官。以下有左参政2人，右参政3至4人，理事4至10人，副理事6至16人，启心郎满、蒙、汉各1人，额哲库（主事）2人。
在此前后，皇太极还建立了参加议奏、会审案件、稽察衙门、监察考试和有权劾奏诸王大臣不法事的都察院，以及管理内外蒙古事务的蒙古衙门（崇德三年改理藩院）。它们和内国史院、内秘书院和内弘文院，合称三院八衙门，构成一套比较完整的中央政府机构。
清统治者入关后，因情况发生变化，原在关外设置的那套中央政府机构，亦必须作相应的调整。顺治元年(1644年)，清廷在停罢诸王、贝勒主持部务的同时，还改承政为尚书，参政为侍郎，理事官为郎中，副理事官为员外郎，额哲库为主事，以便与明朝的称谓大致相适应。
关于由诸王、贝勒兼理部务事，中间曾有过反复。直至雍正元年（1723年），又确立了以大学士管理部务的体制。诸王、贝勒兼理部务和大学士管理部务，在性质上是有所不同的，前者以八旗组织肇建时，各旗贝勒或王因拥有本旗实力，得以分享政治权利，与皇帝要求集权的意志是相违背的。大学士则不同，他们是直接听命于皇帝、为皇帝办事的官员，让大学士掌管各部，乃是加强协调、控制诸部的一种手段，表明皇权势力的膨胀。
清代的六部组织情况，自康熙以后逐渐趋于定型。设尚书满汉各1人，左侍郎和右侍郎均满汉各1人。尚书和侍郎统被列为堂官。以下根据职司的繁简，设置多少不等的司、处、房、厅、所、馆。司以下有科，还有些其它附属机构。其设官，各部有堂主事2到6人不等，郎中10余人到30余人不等，员外郎10余人到70余人不等，主事7-8人至30余人不等，还有司务、笔帖式、额外郎中、七品小京官等职。各个官缺，宗室、满、蒙、汉军和汉人，都有一定的比例。
由于关外东北地区是清龙兴之地，所以当他们把都城由天眷盛京（沈阳）迁到北京以后，也仿依明朝将南京作为陪都之例，设盛京五部。顺治十五年（1658年），首先设立礼部，第二年又设户部和工部，康熙元年（1662年）设刑部，康熙三十年（1691年）再设兵部。“其未设吏部者，以其地官员无多，自由京中铨选，故不备”。
盛京五部的最高长官是侍郎，以下亦有堂主事、郎中、员外郎、主事、笔帖式等职。为适应管理的需要，户部有管理银库、内仓的司库、正副监督和经理旗民庄田的管庄六品官；礼部有为祭奠陵寝等活动而配备的读祝官、赞礼郎；兵部有驿站正副监督等。京师与盛京，路途遥远，不易监督。雍正三年（1725年）规定，每年由朝廷派御史1名，前往稽察。八年(1730年)又设尚书1名，总管五部，但随即裁撤，稽察也改为3年1次，嘉庆时亦告停罢。
人们曾以六部职能，形容为“富贵贫贱威武”六宁，即“吏贵”、“户富”、“兵武”、“刑威”，此外，“工部专管工程，职务猥琐，以天下贱工之”。至于“礼部为贫”，则另有说法，原因是“京官廉俸极薄”，“所赖以挹注者，则以外省所解之照费、饭食银，堂司均分，稍资津贴耳”。礼部所得至少，“礼部尚书一年千二百余金，侍郎一年八百余金而已，此其所谓贫也”。以上虽是戏谑的俗传，但却也相当程度地反映了当时人对六部的看法。
