四大臣辅政体制的制约机制，是四辅政大臣协商一致原则，以及向皇帝、太皇太后请示汇报。最初几年遵守得还不错。后期这一原则被破坏，朝政出现纰漏，皇权受到侵欺。最严重的是圈地事件。
事情由鳌拜挑起。辅臣鳌拜早年在战场上救过太宗皇太极的性命，后来又忠心耿耿保卫年幼的顺治皇帝，是大清有功之臣。但是，他居功自傲，权力欲望越来越高，在行使辅政大臣职权时假公济私。顺治初年，圈占北京附近田地分给八旗将士，各照左右翼次序分配。摄政王多尔衮利用权势，擅自将永平府一带镶黄旗应得的土地给了自己的正白旗，使之跃居左翼之首；另将保定、河间、涿州等处土地，拨给镶黄旗，使之屈居于右翼之末。这种歧视和压制镶黄旗的做法，当时曾激起镶黄旗广大旗员的不满。但时隔20余年，旗民各安生业，由分拨土地而引起的不愉快印象已经逐渐淡薄。鳌拜旧事重提，于康熙五年正月，借口地土不堪，授意八旗有关人员呈请更换镶黄旗与正白旗的土地，并于同年三月，打着“凡事俱遵太祖太宗例行”的旗号，以皇帝谕旨的名义，强行圈换。以致重新挑起黄白旗之间的矛盾，而且要继续圈占民田，在相当大的范围内制造麻烦。
康熙向祖母太皇太后奏报圈换土地情况，“太皇太后切责四辅圈地扰民”，事将中止。恰在此时，正白旗国史院大学士兼户部尚书苏纳海，直隶、山东、河南总督朱昌祚，直隶巡抚王登联等三人上疏反对圈换土地。鳌拜决定用高压手段强制推行，欲置苏纳海等于死地。年仅13岁的康熙帝深感事态严重，于同年十二月特召辅臣，赐座询问。这时，辅臣中两黄旗与正白旗形成尖锐对立，出现三比一的局面，“鳌拜、索尼、遏必隆，坚奏苏纳海等应置重典”，独有苏克萨哈不附和。康熙帝不同意鳌拜等人重处苏纳海等的错误主张，“终未允所奏”。
太皇太后和皇帝反对圈换土地、反对重处苏纳海等人的态度是鲜明的。可是，鳌拜等人竟没予理睬，假传圣旨将苏纳海等三人处绞。之后，强制推行圈换土地。
圈地事件之得逞，以及苏纳海等人的被诛，表明四辅政大臣协商一致的原则已被打破。辅臣中的多数即可行使大权，而不必一致同意；皇权也被忽略和侵犯。这便为个人结党营私、擅权乱政，开了方便之门。
自从鳌拜挑起圈地事件，朝内百官惴惴不安，要求皇帝亲政的呼声越来越高。辅臣索尼等亦于康熙六年（1667年）三月，奏请皇上亲政。同年六月，首席辅政大臣索尼去世。康熙见鳌拜更加骄横，四大臣辅政体制已不能发挥它应有的作用，遂于七月初三率领辅臣一同去向太皇太后请示。太皇太后说：皇帝尚年幼，如果你们都谢政把天下事交给他，他“何能独理”，缓一两年再说吧。
鳌拜深感皇帝亲政已成为不可阻挡之势，但归政又不是他的本意。太皇太后的话，是他保住辅臣地位的良机，于是急忙表态：“主上躬亲万几，臣等仍行佐理。”太皇太后当时一方面觉得玄烨幼小，不大放心；一方面对鳌拜的问题看得不重。所以认为用鳌拜这个皇帝亲政、辅臣佐理方案作为过渡也未尝不可，遂表示赞成，命礼部择吉日举行亲政大典。
七月七日为吉期。这天，康熙躬亲大政，御太和殿。王以下文武官员，上表行庆贺礼，宣诏天下。诏书中指出：“天下至大，政务至繁，非朕躬所能独理。宣力分猷，仍唯辅政臣、诸王、贝勒、内外文武大小各官是赖。”这里虽然仍首先提到辅政臣，但同时也提到诸王、贝勒及内外文武大小各官，表明依靠广大官员治理国家的决心。而且，皇帝当天就亲御乾清门听政，直接与政府官员见面，“嗣后日以为常”。
皇帝亲政后，辅臣仍行佐理。因首席辅臣索尼已故，鳌拜想越过苏克萨哈、遏必隆，代替索尼，攫取启奏权和代替皇帝用朱笔批理奏疏之权，使自己成为真正的宰相，掌握朝廷大权、实权，架空小皇帝。
最初，他企图主持起草皇帝亲政大赦诏书，以塞进自己的意图。康熙根本未予理睬，而是另用他人，密拟赦诏，“临期颁行”。
他见一计未成，又生一计，以“商议启奏应行事宜”为名，拉苏克萨哈同他一起告诉皇帝做事怎样效法太祖、太宗。苏克萨哈诚心归政于皇帝，拒绝说：“教导主子之处，谁有意见各行陈奏，何必共同列名？”康熙亲政后第六天，苏克萨哈主动交权，上疏要求去盛京守先帝陵寝。
鳌拜痛恨苏克萨哈不买他的账，便转而陷害苏克萨哈，以清除异己。他抓住苏克萨哈在要求去盛京守先帝陵寝上疏中有“如线余生得以生全”之语，大做文章。以辅臣等称旨名义质问苏克萨哈是何用意。令议政王贝勒大臣会议研究处理办法。然后，他于康熙六年七月十七日排斥可能持异议的大学士，操纵议政王大臣会议，颠倒黑白，给苏克萨哈编造“不欲归政”等大罪24款，以大逆论，议将苏克萨哈及其长子内大臣查克旦皆凌迟处死，余子6人、孙1人、兄弟2皆处斩，家产没收。
康熙深知这是鳌拜与其同党对苏克萨哈罗织罪名，横加迫害。“坚持不允所请。”但鳌拜捋袖子，抡胳膊，到皇帝跟前，屡次强行奏请；王、大臣等为其权势所迫，竟也示意不惜摘掉乌纱帽，奏请杀苏克萨哈全家。康熙毕竟年轻，亲政不久，没有经验，顶不住这么大的压力，遂将苏克萨哈从磔（分裂肢体）改为绞，其他均按其原议行刑。事后康熙对杀先帝所遗大臣全家，“后悔莫及，殊深愤恨”。
鳌拜抗旨，逼迫皇帝冤杀苏克萨哈，其擅权乱政行为已达到令人无法容忍的程度，从而引起太皇太后和皇帝的密切关注。
康熙七年（1668年）九月，内秘书院侍读熊赐履上疏：“朝政积习未除，国计隐忧可虑”，并引用宋朝大儒程颐“天下治乱系宰相”一语，点明关键在于鳌拜其人。
此疏反映了满汉大臣的共同心声，是剪除鳌拜的重要舆论准备。
鳌拜非除不可。但是，他是有功老臣，其同党及追随者遍及清政府各部门，处置必须稳妥，策划要周密，行动之前，切忌打草惊蛇。康熙非常赞同熊赐履奏疏，但因时机尚未成熟，故佯作反对态度，予以斥责，以麻痹鳌拜。
如何解决鳌拜问题，太皇太后深思熟虑，缜密谋划，帮助康熙设计可行方案，指点康熙行动。第一步，智擒鳌拜，清算其罪恶；惊动面不要大。康熙不动声色地部署各项准备工作。鉴于侍卫中鳌拜影响较大，不足依靠，特选忠实可靠、年轻力壮的侍卫、听差人等，以“扑击之戏”为名，另外组成一支更为亲信的卫队——善扑营，后来成为公开的正式建制。这是康熙擒拿鳌拜的组织准备。
最早奉命领导善扑营执行擒拿任务的近臣索额图（？—1703年），是已故首席辅政大臣索尼次子、康熙的叔丈人，威望足以慑服上三旗侍卫。他原任一等侍卫，康熙七年六月，改任吏部右侍郎，刚好一年，又“自请解任”，效力皇帝左右，复为一等侍卫。索额图以一等侍卫身份重新回到皇帝身边，意味着剪除鳌拜的时机已经成熟。康熙经常以下棋为名，召索额图进宫，研究具体行动方案。
不用现成的侍卫，用一群“小孩子”做“扑击之戏”、下棋，很能迷惑人，不像政治行为，倒符合小皇帝结伴嬉戏特点，所以不为人们注意。
行动之前，康熙将部分鳌拜党羽以各种名义派往外地，以分散其势力。
康熙八年（1669年）五月十六日，皇帝亲自向善扑营及宫廷侍卫做动员部署，面向众人，严肃地发问：你们都是我得力的部下，现在到了你们效力的时候，你们是服我，还是服鳌拜？众人齐声回答：“独畏皇上!”于是，康熙当众宣布鳌拜罪过，同时召鳌拜进宫，“立命擒之”。年轻皇帝如此机智果敢，甚得好评：“声色不动而除巨慝（奸邪），信难能也。”
首恶被擒，主要党羽也先后被捕归案。
议政王大臣会议遵旨对鳌拜等人罪行进行审理，核实罪款30项。其主要骨干罪行也审理得实。议政王大臣会议认为“以其情罪重大，皆拟正法奏闻”。康熙奏报太皇太后，祖孙商量出一个仁至义尽的处分决定。
康熙于五月二十八日，发布谕旨给吏部和兵部，历数“鳌拜结党专权，紊乱国政，纷更成宪、罔上行私……”等诸般罪行之后，宣布：但念鳌拜累朝效力年久，姑从宽免死，革职，籍没，仍行拘禁。对同案人员的处理，也区别对待，法外施仁，并防止株连。从谕旨内容可见，毫无狭隘报复之意，体现了极高的政策策略水平。
凡受鳌拜迫害致死、革职、降级者，均一一平反昭雪。已故苏克萨哈等人，其爵位、世职，由其后人承袭。
此案涉及权力更迭大事，人事关系甚为复杂。仅用13天时间，即全面宣布处理结果，表明准备工作非常充分、细致。其处理颇得人心。年轻皇帝亲历一次“实战”锻炼，更增自信，日趋成熟。
议处鳌拜后，废除辅政大臣体制，收回批红之权。此后，奏折所批朱笔谕旨，皆出自皇帝之手，从无代书之人。同年冬，采纳御史李之芳建议，恢复大学士入直即日票拟章奏的制度，以“杜任意更改之弊”。康熙九年（1670年）八月，又改内三院为内阁，十二月重设翰林院。各种机构均以皇帝为中心运转。
