公元1644年，满清入关，经过18年的苦战，终于在公元1662年，摧毁了南明最后的抵抗组织——永历政权，全面接管大明帝国的政治遗产。其实早在入关之前，满清八旗就已经征服了朝鲜半岛，迫使朝鲜对大清称藩，而后，中南半岛的诸多国家也转而对大清称臣，在此背景下，琉球王国也转变此前亲明远清的态度，转而对大清称藩，成为大清王朝的属国。
大清王朝沿用大明对琉球的政策，在公元1662年（康熙元年）十一月初，康熙皇帝派遣张学礼等人启程赴琉球册封琉球王，于次年（康熙二年）六月抵达琉球，完成册封。从此琉球国正式纳入大清王朝的宗藩体系，琉球也放弃南明永历年号改用清朝康熙年号，并定时向大清王朝进贡。
此后百余年，琉球不断遣使进贡，历任琉球新王即位时都要遣使请封，从未间断。而琉球对大清帝国称臣的时候，正是大清王朝最如日中天的时期（康乾盛世时代），在强大的大清王朝的庇护下，琉球的国际安全形势很好，再加上琉球正处于大清王朝与日本海洋贸易的中转站位置，彼时虽然大清王朝和日本德川幕府都实行闭关锁国政策，但两国的官方贸易却一直维系着，特别日本盛产铜矿，恰好大清王朝又缺乏铜矿，大清王朝所需的货币（铜钱）原材料和大炮原材料无一例外离不开铜，于是双方的铜铁贸易非常活跃，而琉球得天独厚的地理位置，使得其在中日两国贸易间收益颇丰，琉球也成为西太平洋上富裕的岛国，经济发展程度比大明时代更高，琉球的形势真可谓是一片大好。
所谓“盛极必衰、水满则溢”。公元1840年，一支来自万里之外的英国远征军叩开了大清王朝的大门，是为第一次鸦片战争。大清王朝在战争中惨败，战后却依旧不思改变，因循守旧过日子，直到20年后（1860年）当时世界上最强大的两个国家大英帝国和法兰西共和国组成联军再一次叩开大清王朝的大门，并攻陷了大清王朝的都城北京，是为第二次鸦片战争。大清王朝在战后终于痛定思痛开始了缓慢的局部变革，但两场战争的失利严重削弱了大清王朝的国际地位。
几乎就在大清王朝被英国人、法国人按在地上摩擦的同时，远在美洲大陆的美利坚合众国开始把目光对准了同在闭关锁国状态下的日本，在美国海军黑乎乎的炮口下，日本被迫打开国门，但与大清王朝不同的是，打开国门后的日本，疯狂的开始学习西方的先进技术，并以西方列强为模板改造日本，开启了明治维新运动，日本得以迅速崛起，实力飙升。崛起后的日本开始学习西方列强走上对外扩张的道路，日本制定了“三步走战略”，即：第一，攻取台湾；第二，攻取朝鲜；第三，攻取中国。日本“三步走战略”的第一步便是台湾，而要夺取台湾必须夺取台湾的屏障琉球群岛，日本必须以琉球群岛为跳板，才可以进行远距离作战，于是日本开始千方百计牟取琉球。
趁着大清王朝在两次鸦片战争中损失惨重的绝好机会，日本派驻大量军队向琉球王国渗透，并于1872年，日本政府通过鹿儿岛县向琉球不断施压、迫使琉球王国遣使到东京庆贺明治新政权，造成琉球对日本称臣的“既定事实”。在日本军事和政治的双重威胁下，琉球只得被迫对日本称臣，但同时也保留与大清王朝的宗藩关系，日本当局自然不愿意琉球两面讨好的态度。遂于1873年，日本明治天皇单方面下令琉球受内务省管辖，租税上缴大藏省，将其纳入日本内政的轨道，而这一切都没有获得琉球国的同意。
1878年，琉球王国在万般无奈下，开始向国际社会求援，派遣琉球司法官毛凤来和马兼才抵达东京，向西方驻日各国公使，递交投诉。日本为避免琉球问题国际化，加快了吞并琉球的步伐。1879年4月4日，日本宣布琉球改为冲绳县，日人锅岛直彬为第一任县令。5月27日，琉球王国最后一任国王尚泰王被“请”往东京，琉球王国灭亡，大清王朝在西太平洋上重要的据点陷落，宝岛台湾失去了屏障，中国的海洋纵深向后退却了数百公里。
