第二次世界大战爆发的时候，立陶宛曾是整个苏联范围内犹太人口密集的地区。但随着德国的入侵，立陶宛民族主义者积极地参与到了针对犹太人的灭绝计划中，立陶宛境内的犹太人几乎94%遭到了杀害。这其中立陶宛民族主义者针对犹太人的屠杀往往在德军下达指令之前便已经进行了。
德国纳粹及其立陶宛合作者针对犹太人的大规模屠杀主要发生在考纳斯以及波内里地区。其中在1943年4月一天之内，就有约5000人遭到了屠杀。立陶宛武装分子在盖世太保的支持下积极参与了这起屠杀。
德国纳粹及其立陶宛合作者针对犹太人的大规模屠杀主要发生在考纳斯以及波内里地区。其中在1943年4月一天之内，就有约5000人遭到了屠杀。立陶宛武装分子在盖世太保的支持下积极参与了这起屠杀。
在考纳斯第九堡垒，共有8万名犹太人惨死在了纳粹和立陶宛民族主义者的屠刀下。而第六堡垒则杀害了3.5万人，第七堡垒的屠杀中杀害了8000人.
1941年10月，德军和立陶宛人从考纳斯贫民区带走了1万名犹太人进行屠杀，更有4万人被送往德国从事强迫劳动。
1941年在考纳斯组建了附随于德军的立陶宛营，由立陶宛民族主义者组成。1941年10月6日上午该营从考纳斯出发前往白俄罗斯明斯克地区，在鲍里索夫和斯卢茨克扫荡苏联游击队。在明斯克该营屠杀了大约9000名苏联战俘，在斯卢茨克屠杀了5000名犹太人。1942年7月，立陶宛营还参与了将华沙犹太人驱逐到纳粹集中营的行动。
尽管立陶宛狂热的民族主义者在战争中对犹太人犯下了不可饶恕的罪行，但并非所有的立陶宛人都是纳粹的帮凶和同谋。立陶宛也有大量人员参与到了反法西斯的战斗之中。
