一般来说，一个王朝在中后期会在大乱后走向割据，如东汉在黄巾起义后的样子或唐朝在安史之乱后的样子一般，但很多人认为清朝没有这样。其实太平天国后，清朝也是逐步走向东汉末年那种变局，只是进程来得慢一点，形势更加复杂一些。
首先， 汉人地方实权派掌控了政权
太平天国后，像曾国藩、李鸿章、左宗棠等镇压太平天国汉族官僚成为地方的实权人物。在太平天国之前，清朝政府对汉人有很多防范，中央官职满汉两套，看似平等。但实际上，要职主官都是满人，汉人只负责具体事务。正是通过镇压太平天国，清朝政府的权力从满人逐步转到了汉人，从前由满人占据的督抚等重要位置，落到了汉人手中。比如，曾国藩是两江总督，也指挥浙江军务，这样他就掌控了江苏、江西、安徽、浙江四个最富庶的省份。李鸿章是江苏巡抚，后来又担任直隶总督和北洋大臣；左宗棠是浙江巡抚，后来担任闽浙总督、陕甘总督。这样的变化最直接导致的结果就是，外省大员在政局中的影响日益扩大。
在太平天国运动之前，清朝中央政府对地方是有绝对权威的。但是，太平天国之后，遇到疑难问题，中央官员甚至要征求地方大员的意见，以换取支持。而那些势力强大的巡抚、总督像张之洞、刘坤一等，更会时时摆脱中央政府各行其是。最明显就是“东南互保”。在义和团运动中，慈禧太后向十一国开战，而两江总督刘坤一、湖广总督张之洞、两广总督李鸿章和闽浙总督许应骙、四川总督奎俊、铁路大臣盛宣怀、山东巡抚袁世凯置朝廷开战命令于不顾，单独于列强签订了协议，以求自保。到武昌革命时，就更明显了，各省风闻武昌起义陈宫，纷纷宣布支持革命，公然对抗清廷。
其次，兵为将有的模式让地方掌控了军权
太平天国运动还导致了一个结果，军队带有了明显的个人色彩。由于八旗兵、绿营兵的积弊甚深、腐朽堕落。清廷不得不依靠曾国藩、李鸿章、左宗棠依靠团练组织起的湘军、淮军、楚军。这样的军队带有极其鲜明的地域色彩和个人色彩，同时，在选用军官时，大多是同乡、亲朋好友、门生等关系密切之人。这些军队重视冷热兵器、水陆两军配合，重视训练、积极备战，关键是自办军需、自筹粮饷，凝聚力、战斗力远超八旗兵、绿营兵。战后自然而然的形成了一个个政治势力。比如清朝四大奇案之一的刺马案，更是中央政权和湘军的政治博弈，最后案件的不了了之，也充分说明中央对曾国藩无可奈何。
李鸿章
这一时期，军队的特点就是兵为将有，而且又不靠中央供给，与八旗军、绿营兵不同的是，这样的军队不再属于国家，中央的影响已微乎其微，已经有点军阀的性质了。即使近代最著名的北洋水师，也是带有李鸿章鲜明的个人色彩，水师提督，就是忠诚于他本人的淮军出身将领丁汝昌。丁汝昌本人原是骑兵出身，并不了解海军。而由一个不懂海军的将领，出任水师提督，无疑李鸿章首先考虑的是对自己的忠诚。当时，除了北洋水师，还有南洋、福建、广东三支舰队，他们都是各行其是，各搞一套，没有统一的章法，这都是后来军阀的影子。到了义和团运动时期，董福祥的甘军积极配合义和团，进攻使馆和八国联军。战后，被认定为“首凶”，但是诸多在京的主战派被处死，董福祥最后仅以革职论处。老将军也依然壮心不已，想要自行招募军队赴山西继续战斗，朝廷把好话说尽，让让他安心隐居。到了袁世凯编练新军，他将原来的北洋六镇编练成军，每镇一万二千五百余人，除第一镇系满洲贵族铁良统率的旗兵外，其余五镇都在他的控制之下，重要将领几乎都是小站练兵时期的嫡系军官。这也成为了北洋军阀前身。
第三，洋务运动让地方掌握了财权
太平天国的发生加速了中国洋务运动的开展。如果不是太平天国的刺激，这样的变革来的绝不会这么迅速。于是那些地方的实权人物们纷纷开始兴办实业，比如，曾国藩筹办了金陵制造局，主持了派遣留美幼童计划。左宗棠建立的福州船政局，李鸿章的江南制造总局，张之洞的汉阳铁厂，等等，在全国各地涌现了大批的洋务企业。这些封建官僚，按照花大钱、办大事的原则，大手笔花钱，没有钱，就去截留海关收入。这些地方实权派致力于发展洋务运动，产生一个重要影响，就是让他们独立中央之外，在掌握军权的同时，又掌握了财权。这也是成为军阀的重要经济基础。
总之，在太平天国以后，清王朝中央权威得到大幅削弱，地方的政治、军事、经济各方面势力得到极大加强。如同东汉末年，在黄巾之乱以后，地方势力增强一样。所欠缺的只是一个机缘。终于到了辛亥革命，满清王朝被推翻，又经历了袁世凯复辟。中国迎来了前所未有的历史大变局，在这样的混乱局面上，随之而来的就是北洋军阀混战。在这方面，历史总是相似的。
