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孙士毅（1720年—1796年），字智冶，一字补山，浙江仁和人，清朝大臣。乾隆进士，原为文官，历任内阁中书、侍读、编修、太常少卿等职。后出任山东布政使、广西巡抚，旋署两广总督。
孙士毅
乾隆五十二年（1787年）设防潮州，阻防林爽文起义军进入广东。翌年率军参与安南之役，出谋定策，指挥得当。后封一等谋勇公，授兵部尚书、军机大臣。乾隆五十六年（1791年）授四川总督，保证了平定廓尔喀之役的粮饷供应。后又率军苗民起义和白莲教起义。嘉庆元年（1796年）夏卒于军中，谥文靖。著有《百一山房集》等。
乾隆二十六年（1761年）中进士，次年授内阁中书，特授翰林院侍读。三十三年（1768年），任戊子科四川正主考。次年春，随大学士傅恒督师征伐缅甸，专典章奏。叙军功授户部广西司郎中。旋任庚寅乡试湖南正主考，升大理寺卿，出为广西布政使，调云南。未几升为巡抚，因总督李侍尧贪渎革职，以失察遣戍伊犁，簿录其家，不名一钱。乾隆帝嘉其廉，改授翰林院编修，纂编《四库全书》。编成后，升太常寺少卿。复出为山东布政使、广西巡抚、广东巡抚，奉旨接替舒常代理担任两广总督兼管粤海关务。五十一年（1786年），台湾天地会林爽文起事，赴潮州戒备。次年，晋太子太保。
五十三年（1788年），安南西山军的阮惠推翻后黎朝，夺取皇位。国王黎维祁叩关求救。孙士毅率师布防镇南关，向乾隆帝奏报其事。乾隆帝表彰孙士毅识轻重、知大体，令其与云南总督乌大经兵分两路攻打安南，送黎维祁归国复位。孙士毅所率之两广兵势如破竹，攻破昇龙（今越南河内市），比乌大经的云南兵更为迅速。乾隆帝大喜，封为 一等谋勇公 ，赐红宝石顶，但为孙士毅推辞。乾隆帝册封黎维祁为安南国王之后，命孙士毅其班师，但孙士毅却贪图军功逗留安南。次年正月，阮惠趁春节之机突袭昇龙，黎维祁逃入镇南关，清军大败，仓猝退入关内。
乾隆帝以孙士毅不遵诏班师，罢封爵，并撤红宝石顶、双眼花翎，解除总督职，命驻镇南关治事。不久召还京师 ，授兵部尚书，充军机大臣。是年冬，命署四川总督，旋代两江总督。时徐州黄河决口，筑毛城铺坝堰，救援灾民，俱称旨意。五十六年（1791年），召授吏部尚书，协办大学士。同年，清廷与廓尔喀发生战争，命助四川总督筹饷，馈运无缺，以功复赐双眼花翎，授文渊阁大学士兼礼部尚书，暂代四川总督。六十年春，湖南苗人起事，攻入四川秀山境内，孙士毅率兵。嘉庆元年（1796年），湖北白莲教教徒起事，侵入四川酉阳境内，孙士毅率兵，屡次获胜，封三等男爵。六月，卒于军中，追赠公爵爵位，谥文靖 。其孙孙均袭其伯爵之位。
孙士毅工诗，有《百一山房集》诗赋十二卷存世。
安南，也就是现在的越南。古称交趾，与我国的云南、广西壤地相接，隔海与广东相望。明朝1407年，明朝挥军欲并吞越南且在越南地方多有横征暴敛，再加上越南人已建立民族文化，使得反明冲突不断。1418年，黎利在蓝山起义反明，自称“平定王”。黎利听从黎只的建议，于1424年起先占领越南中部地区并大败明军，后再占领东都（今河内）黎利于1427年（明宣宗宣德二年）将明朝逐出越南。明朝放弃直接管辖越南，改封黎利于1426年所立之傀儡君主陈嵩为安南国王，永不干涉越南内政。此后，黎氏世代在安南称王，并与明朝保持着密切的宗藩关系。1659年，清军攻占云南。慑于清朝的强大实力，安南国王黎维祺于次年正式向清军投诚。
清军戎装图
安南投诚以后，从此按时进贡，和清朝一直来往密切。康熙皇帝曾经派人册封黎维禧为安南国王，并且同意了他的请求，将贡期由三年一贡改为六年两贡并进。从此，安南彻底成为清朝附属国，双方的关系一直不错，但是到了1788年，话说越南有个地方实力派，名叫阮惠（又作阮文惠），当时属于郑阮纷争时期南方旧阮的领地之内。因不满旧阮政府里权臣当道，政局败坏，阮惠便与兄长阮岳、阮侣于1771年，在西山发动起义。阮惠在战事中表现骁勇以及足智多谋，使西山阮氏兄弟势如破竹，先后消灭南方旧阮、北方郑主并且击退了暹罗入侵的干涉军。
阮惠毅然向安南国王发起挑战，并且迅速攻破安南的国都黎城。国王黎维祁狼狈逃走，王室200多人由大臣阮辉宿、黎炯率领逃往广西向清军求救，由高平府登舟，逃至广西太平府龙州斗奥隘对河求救，并冒死涉水登北岸。过河男妇老幼62人，没来得及渡河者尽为南岸追兵所杀。阮惠结束了越南二百多年来南北分裂之局。
安南西山鸟铳兵
1788年西山朝的北伐攻破后黎朝的都城昇龙（今越南河内市）之后，后黎朝的昭统帝逃往保禄山，派清亲信大臣阮辉宿、黎炯向清朝求救，并且宿护维祁母、妻、宗族至龙州（属广西太平府），广西巡抚孙永清及总督孙士毅疏闻，孙士毅很快上书乾隆皇帝调兵援越，孙永清出驻南宁，奏太平设军需局，以福建延建邵道陆有仁、桂林知府查淳董其事。清朝与后黎世代交好且有约定在先。于是正值鼎盛的大清乾隆帝便派孙士毅为主帅挥师攻入安南境内，欲让黎昭统帝复位。
孙士毅向乾隆帝上表奏称此事，建议乾隆帝发兵讨伐安南，扶昭统帝重登皇位。而孙永清则提出不同的观点，认为当时后黎朝势力弱小西山朝强大，后黎朝必然会被西山朝灭亡，建议按兵不动。乾隆帝与内阁大学士和珅商量之后，决定出兵安南。其出师的真实目的，中越史料中记载不同，《清史稿·越南传》称其目的是兴灭继绝、灭阮扶黎，原非利其土地；但越南《大南列传前编·伪西列传》则有在中国史料中不曾出现的说法，称孙士毅曾向乾隆帝提出出兵安南后，发兵镇守安南，扶昭统帝继位担任傀儡皇帝。
清廷根据奏报，陆续做了如下布置：
第一、妥善安插黎氏眷属及随从人员，优给廪膳，勿使失所。并派兵保护，保证其生命安全。
第二、调兵驻守各关隘，整饬兵马、器械，朝夕操练，造成清朝不日即将出兵的声势，以此威慑阮惠，声援黎维祁，希望黎维祁借此声援，招集义兵，徐图恢复。
第三、檄谕安南高平、谅山等处镇目，应拥戴旧主。广发檄文，发动政治攻势，对阮惠营垒予以分化瓦解。
第四、阮氏逐主乱常，不许其进贡纳款，于镇南关对其贡使“大声呵斥，并谕以天朝已调大兵，分路进讨”，同时令进贡夷官归谕阮惠迅速悔罪自新，迎还故主。对阮氏政权不予承认，施加政治压力等等。希望通过黎维祁依靠旧臣拥戴，或阮氏悔罪迎还故主的方式达到黎氏复国的目的。
1788年，孙士毅奉旨，调两广、云贵之兵出征安南。孙士毅与提督许世亨率两广兵一万出镇南关（今中越边境友谊关），镇守谅山的西山将潘启德投降；阮文艳逃往京北（今北宁省），与京北留守阮文和并力守城。
安南西山敢死勇士
孙士毅遂以八千人直捣昇龙，以二千人驻守谅山为声援。田州知府岑宜栋率军进入高平。云南提督乌大经率部八千人取道开化府的马白关（今云南文山市马关），渡过赌咒河（今中越边境的盘龙河），进入宣化镇。
云贵总督富纲驻守都龙（在马白关之南），负责监督粮饷的运输。同时移檄安南各路，劝各地西山军投降，其发兵征讨檄文称：“念安南黎氏，本天朝贡臣，三百余年执壤奠虔供厥服，一十五路，锡土封奄有其邦。乃于乾隆年间，国酋阮岳、阮惠等，称兵作乱，袭破罗城。前黎王忧惧物故……大皇帝矜恤黎氏之丧亡，不忍交州之涂炭，特命督抚佩征蛮大将军印，调兵五十万，直抵罗城，明正阮岳等罪恶，无容得以逃天之诛。该国世戴黎王，久蒙豢养，知能不泯，感发由衷，不可丧其天良，忘君从敌……”
清军军事部署为：两路出击，两广总督孙士毅、广西提督许世亨率绿营兵一万出镇南关为正兵，担任主攻；云南提督乌大经率绿营兵八千出白马关为偏师，配合作战。两路大军皆听孙士毅节制。
乾隆皇帝明确规定了这次用兵的战略目的：官兵直抵黎城，设法将首恶擒获，以期一劳永逸，确保黎氏在安南的统治者地位。
大清会典记载-前锋护军及绿营兵用骁骑胄；无论是八旗军还是绿营军大多实战盔甲都是偏蓝色的，而阅兵和少数作战八旗军则分红黄白蓝
十月，孙士毅、许世亨由谅山分路进军昇龙，广西总兵尚维升、副将庆成率广西兵，广东总兵张朝龙、李化龙率广东兵进军。后黎朝遗臣纷纷响应，宣称清军数十万来吓唬西山军。沿途原本虎视眈眈的西山军不知虚实，虽然经验丰富但在惊恐之下仍然纷纷大败溃散。唯独三江一带的西山军由阮文和率领，据险顽抗。
十一月十三日，尚维升、庆成率广西兵千余人来到寿昌江（今北江，在北江省境内）北岸，阮惠得知后派重兵到寿昌江抵御清军，又分兵屯驻在嘉观。此时西山军退往南岸。浮桥断，皆超筏直上。恰好当时是雾天，西山军草木皆兵无法分辨敌我，自相残杀；尚维昇抓住战机趁机率军渡寿昌江，大破西山军。与此同时，张朝龙也率广东兵破西山军于柱石，此役清军成功渡过寿昌江，夺得了寿昌江之战的胜利。
得知清军入侵之后，镇守昇龙的西山朝大司马吴文楚非常惊恐，遣文官阮衙、陈伯览、武辉瑨等人前往孙士毅营中求和，请求立黎维祁为监国，以为缓兵之计，等待富春阮惠的援军。孙士毅拒绝了这个请求。吴文楚召集众将商议，最终接受了吴时任的主张，决定保存西山军的实力，焚毁并抛弃了昇龙城，退往三叠山（位于宁平省和清化省交界处），水陆相通，据险以守。同时召集山南（越南语：Sơn Nam ）、山西、京北（越南语：Kinh Bắc）各地的西山军保卫昇龙。潘文璘对此持异议，因此独自率领一千人来到市球江（越南史料称之为“月德江”，即今越南北部梂江）抵抗。
十五日，清军兵至市球江。根据《清史稿·越南传》的说法，市球江江面宽广而且南岸地势高于北岸，西山军据守南岸，向对岸的清军开炮，致使清军无法渡江，此时阮军据险列炮，守御甚固，清军进攻受阻。孙士毅用计派遣二千人奇兵绕过山的背面潜行至上游二十里处宵济偷袭西山军；另一方面令人为迷惑阮军，清军伐运竹木，于正面搭建浮桥作欲渡之象，建造浮桥以欺骗西山军。西山军中计，十七日于上游渡江的清军奇兵绕到西山军阵地的背后，从山丘上冲下并以乘高大呼下击，向西山军发起猛攻，正面清军乘势抢渡，西山军大败溃散。而《大南列传前编·伪西列传》则称潘文璘率西山军冒寒渡河挑战，清军大破之。潘文璘只身一人逃回，吴文楚隐瞒了这个消息，不让西山军知道，西山军得以顺利地到达三叠山。吴文楚令阮文雪连夜前往富春告急。
十九日，清军到达富良江（越南史料称之为“珥河”，即今红河）。富良江乃是通往昇龙（又作黎城）的门户，江之南岸即为安南首都黎城（今河内），此为黎城最后一道屏障。西山军已事先将沿岸的树木全部砍掉，并将江面上的船全部聚集到了南岸，精心布防。
孙士毅见西山军守军军容不整，因此乘夜夜幕降临，以到达后艰难觅得几只小舟载兵百余，驶向江心，并夺得战舰一只。许世亨亲自率兵乘舰渡江，复夺得小舟三十余只，更番渡兵，分捣敌营。昏夜中，阮军不辨多寡，惊慌溃逃，清军焚其战舰十余艘。以夺取的三十余船将二千余名士兵分批渡江，并立即对西山军军营发动夜袭。西山军不能辨识来袭清军的数量，大败溃散。
为了纪念清军出兵安南所取得的数次胜仗,同时褒扬在战争中广西提督许世亨，总兵尚维屏、张朝龙等将士效命朝廷的英勇行为，乾隆帝命官廷画家创作了6幅反映平定安南的重要战役图。乾隆五十四年(1789年)图成之时，乾隆帝按照惯例为此图册写了序，略述创作此图册的因由
乾隆五十三年(1788年)十月二十八日，两广总督孙士毅和广西提督许世亨统领1万清军出镇南关征讨安南。第一场重要战役是寿昌江之战。十一月十三日清晨，清军总兵尚维屏、副将庆成率领广西兵1000余名，抵达浓雾弥漫的寿昌江。安南阮惠为阻止清军过江，事先砍断了江上的浮桥。清军只得临时砍竹编筏，冒着江吞水淹的危险，渡至对岸与阮军交战。
图为在波涛翻滚的江面上，清军六人一个筏，边渡江边持枪向对岸的阮军射击，又有荷枪持盾的清兵正急速地渡竹桥。装备落后的阮军见状，未及与清军正式交战便落荒而逃。此役生擒阮军百余人。
寿昌江大捷后，清军群情振奋。进攻到三异柱右，以枪击炮轰，箭射刀劈，杀得阮军无处可逃。此役共斩杀阮军数百名，生擒100余名，获得了全胜。
三异柱右之战后，清军挺进阮军严密防守的市球江。市球江江面宽阔，阮军位于地势高的南岸，据险列炮，防守坚固。清军一时无法结筏横渡。初战清军将士即死伤数人。广西提督许世享见此情景，令士兵垒土筑墙，尽力强攻。双方排列炮位，隔江对轰。为破敌营，孙士毅决定以声东击西战术，命义勇佯装搬运竹木搭盖浮桥，作欲渡江之势。同时命总兵张朝龙领兵2000人于夜半时分，用竹筏及农家小船陆续暗渡。清军随后发起总攻。阮军积尸江岸或漂流至江面者达千人以上，被擒500余名，被夺大炮34门。阮军败逃者只一二千人。
乾隆五十三年(1788年)十一月十九日黎明，清军进抵富良江北岸。阮军在江心驾驶大小船只施放枪炮，清军则觅取沿江农家小船及竹筏与之对击。二十日,清军在许世亨、张朝龙的带领下击鼓乘筏，勇夺敌船30余艘。一鼓作气大败阮军，生擒100余人，杀死三四百人。
图为清军主力乘坐从阮军手中夺取的大船陆续抵达南岸，阮营中许多人已无心再战，慌忙出城伏地称臣。这时在江面上展开的另一场战斗还未结束，游击张纯带领小船数十只，向被包围的阮军船只上抛掷火球，火烧阮军。
孙士毅率清军兵不血刃地占领了昇龙，但昇龙已经成为一片废墟。黎昭统帝得知清军到来，前往昇龙谒见孙士毅。孙士毅奉乾隆帝的旨意，册封昭统帝为安南国王。乾隆五十三年（1788年）农历十一月二十二日，两广总督孙士毅根据战前乾隆皇帝的指示，传旨举行册封仪式，代表清廷正式册封黎维祁为安南国王，并知会广西巡抚孙永清将黎维祁母妻眷属送回安南，后黎朝第二次得以复国。阮惠还派人先投书于清军营，卑辞乞降。乾隆帝为黎氏复国的战略目标达成。同时孙士毅自恃有恩于昭统帝，并且以他之前执政迂腐无能又十分轻视他。昭统帝每天都要到孙士毅的营中参谒。有一次孙士毅并没有接见他，而是派遣传令兵简单地宣布没有事务，要黎昭统帝回去休息。后黎朝遗臣们对此愤愤不平，但又无可奈何。
孙士毅奏表战功，并请求继续进军攻打阮惠的根据地富春。先锋的清军将领张朝龙、李化龙都是勇将，曾在对缅甸、金川、台湾的作战中英勇立功，故而所率的广东兵行军甚为迅速。而云南乌大经的部队尚未到达昇龙，因此乾隆帝十分高兴，封孙士毅为一等谋勇公、许世亨为一等子，各将士也都有赏。
但对于孙士毅进军的请求，乾隆帝认为安南地区久经战火，残破空虚；后黎朝皇帝已经有好几代没有实权了，能力平庸，其气数已尽。而且清军长途跋涉十分劳苦，如今已经将昭统帝扶上皇位，战略目的达到了，乾隆在安南战略结果就是要有一个臣服的安南政权而已，目的达到了也就不需要打了，没有出征的必要，因此下令孙士毅班师回朝，这点乾隆还是很英明的，有着自己清晰的战略规划，不算是好大喜功。
但孙士毅贪功，没有立即遵从乾隆旨意班师回朝，孙士毅以为敌军已经溃败，无力继续和清军对抗，所以任由部下在城内休整。另外，有不少官兵因为水土不服患上疾病，无力继续去追击敌军，孙期冀在此期间养精蓄锐。所以有些麻弊大意率部在升龙逗留修整享乐。他和所率的清军在升龙度过了春节，计划在正月初六南下进攻富春。
与此同时，阮惠得知了清军入侵的消息，之前他在逃回大本营后，一直惴惴不安，曾经多次向清军乞降，但是始终遭到清军的拒绝，于是决定率师继续北上。由于清朝是以扶黎昭统帝归国登位为名义的，西山朝诸将纷纷请求正出师之名，于是阮惠于十一月十五日登基即位，改年号为光中，率水陆之军齐进。
二十九日，阮惠的军队驻扎于乂安一带，研究了清军的作战计划。乂安是阮惠的祖籍地，西山军于此地进行充分的整顿，并招募了大量农民入伍，选拔了十万余人、大象数百匹，并举行了大阅兵。
阮惠集合西山军，发表演说：“清师来侵，现在昇龙，汝等已知否？天地之间，星野分别；南北分治，北人非我族类，其心则异。自汉以来，北国之人寇我甸畿，鱼肉我生民，囊括我财货。人不堪命，咸思逐之。在汉有征女王，在宋有丁先皇、黎大行皇帝，在元有陈兴道大王，在明有黎太祖皇帝，不忍坐视残暴，顺人心，兴义兵，皆能一战取胜，逐之北还。当此之时，北南自在，边境以宁，传祚久长。自丁以来，不至如昔者内属之苦，利害得失，皆前朝故事。今清人复来，谋取我南国，置为郡县，不以宋、元、明为戒。故我出而驱之。汝等各有知能，当与我戮力同心，使大勋用集。毋徒狃习故态，妄怀二心，事发即行诛戮，一无所赦，毋谓我不先告也。”
西山军听后愤慨激昂，皆有斗志。阮惠随后宣布西山军提前过春节，并相约在昇龙城共度开春日（即正月初七）。
十二月二十日（西历1789年1月15日），阮惠进军三叠山，与大司马吴文楚、内侯潘文璘的部队会合。阮惠称赞了吴时任的计谋，做了周密且详细的部署，打算兵分五队，进攻清军，同时仍然假意请降，迷惑清军。
第一队：阮惠自己率领，为主力部队，直接进攻昇龙，以吴文楚、潘文璘为先锋，呼虎侯殿后。
第二队：都督雪（阮文雪）率左军水师越过海港进入禄头河，负责进攻海阳，为东道之接应；
第三队：都督禄（阮文禄）率左军水师越过海港进入禄头河，进攻谅江、凤眼、安世等地，以截断清军的退路。
第四队：邓进东率右军象兵、马兵，走山道出击西面，穿过彰德县（今河内市彰美县），取路直趋青池县的仁睦村，横击岑宜栋所率的田州兵。
第五队：都督保（邓春保）率右军象兵、马兵，走山道出击西面，由山朗县出青池县的大盎村，为右支的接应。
阮惠将西山军每三个人分为一组，每组配备一个网兜，行军的时候，一个人躺在网兜里让两个人抬着走，就这样三个人互相轮流，向昇龙方向行进。本身就身经百战的西山军士气高昂，几乎全部倾巢出动趁清军准备欢度春节之机，在除夕夜（即西历1789年1月25日夜）越过涧水（今宁平省与河南省交界的涧渡口）。后黎朝的山南镇守黄冯义毫无防备，大溃。西山军逮捕并杀害了所有清军的斥侯，因此清军无人知晓。
清军从昇龙城外至上福河洄一带设置了不少屯堡，堡外埋下震地雷，防卫工事坚固。阮惠在正月初三夜（西历1月28日夜）突然将清军的河洄营（位于今河内市常信县）围得水泄不通，以军用喇叭大声劝降。清军大骇，全部投降，军资器械尽数被西山军缴获。
阮惠又于初五日的黎明包围了玉洄垒（位于今河内市青池县）。垒上的清军向下不断开炮，阮惠命令军士将三块木板紧拼在一起，外面裹以湿稻杆，然后由每二十人一组的敢死部队各扛一块，每人腰插尖刀，并有二十人手持武器紧随其后，阮惠自己则亲自骑乘战象督师，鼓舞士气。西山军用湿稻草包扎的大木板抵挡清军的枪炮，而阮惠自己又身先士卒，驱象兵攻破了堡垒。攻入玉洄垒后，阮惠命西山军将木板放在地上，用短刀向清军乱砍。西山军乘胜连破文典等诸营，清军大溃，四散奔逃，却又触发了震地雷死伤甚众。这场战役，以阮惠军的大胜结束。清人王之春在其所撰的《清朝柔远记》里记述：“（阮惠军）皆以象载大炮，官军（清军）仓卒御敌，众寡不敌，遂溃。”
西山军乘胜连破文典等诸营。残余的清军奔至墨塘（今属河内市青池县），陷入沼泽地中，遭到西山军都督保部的围攻，全军覆没。
阮惠包围并攻克了昇龙城西南方的要塞姜上营（位于今河内市栋多郡），驻守姜上营的田州知府岑宜栋退往螺山（今河内市青蛙山），自缢而死。西山军都督龙（可能是阮增龙）部率先攻入昇龙城。阮惠随后率西山军大部队入城。根据《大南列传前编·伪西列传》的记载，阮惠的战袍被火药熏成了焦黑色。
黎昭统帝得知清军兵败后，带领家小先自逃入镇南关。乌大经所率的云贵兵当时刚刚攻占山西，听见炮声，也在向导黎文通指引下的率军逃归境内全师而退。孙士毅与诸将在昇龙城内饮酒作乐庆祝新年，毫无防备。得知西山军已攻入昇龙城内，惊慌失措，仅仅率领少数的骑兵仓惶向北逃跑。适逢阮惠追击清军到了富良江，孙士毅想要再次渡江与之决战，许世亨力谏，说是会有损大国臣子的脸面，让千总薛忠挽着他的缰绳退军。清军的提督许世亨、总兵张朝龙、尚维昇断后，皆血战阵亡。到了富良江边，为了防止西山军的追击，孙士毅下令切断了浮桥。但是此时清军指挥系统已经混乱超出了孙的想象，结果无数清军和后黎军争相渡河，官兵夫役万余人溺死于河中，富良江之水为之不流。
孙士毅一行走了七天七夜方才到达镇南关，其随身印信全部遗失，被西山军缴获。在得知孙士毅逃归之后，安南境内的清军也全部退回境内。后黎朝遗臣们得知皇帝的逃跑和清军的撤退后，也纷纷逃往清朝境内。皇弟黎维祗欲逃镇南关，为西山军所阻止，遂在谅山起兵反抗，兵败被擒杀。至于孙士毅逃到镇南关以后，收容残部，这才发现几乎损失了所有的粮草军械，并且损失了一半以上的官兵。广西提督许世亨，这位从一品大员战死。总兵张朝龙、尚维升等人战死，两万清军已经损失了过半人，于是孙士毅上疏自劾，清廷令他仍然驻在镇南关任事。
至此清越战争以阮惠卧薪尝胆的全力反击而以西山朝的胜利而结束。
乾隆帝得知孙士毅战败后大怒，下令褫夺了之前给予孙士毅一等谋勇公的封号并撤回了所赐红宝石顶、双眼花翎，解除总督任。同时命令骁勇善战的福康安将军代替其职准备继续讨伐安南。不久阮惠遣使来朝请求内附，福康安到了之后，与孙士毅严斥阮惠使臣。但是孙士毅也认为黎维祁不堪扶植，不如册封阮惠为安南国王，乾隆帝认为可行。
福康安得知西山朝强大，欲以不战而屈人之兵停止干戈。而阮惠虽然在这场战争中大胜，但他对清朝亦有所顾虑，怕福康安率军报复。而西山朝当时又与暹罗交恶，阮惠害怕遭到清朝与暹罗两大强邻的夹击，于是贿赂福康安，又叩关谢罪乞降，改名阮光平，遣其兄子光显赍表入贡，恳赐封号。并称“守广南已九世，与安南敌国，非君臣。且蛮触自争，非敢抗中国，请来年亲觐京师，并於国内为死绥将士筑坛建庙，请颁官衔谥号，立主奉祀。”又闻暹罗（今泰国）贡使将入京，恐受其媒孽，乞求天朝勿听其言。福康安先后以闻。请求其上表建议停止出征同时也提出四项乞降条件
1.必须将散落安南的清朝官兵先行送出；
2.戕害清朝提、镇大员之人，其罪深重，在所难赦，须缚献军前正法示众；
3.阮惠在乾隆五十五年（1790年）八月高宗八旬万寿节到来之际，“亲自赴京吁恳”；
4.在安南为许世亨等阵亡将士建立祠宇，春秋虔祭。
阮惠因急于得到清朝的承认与支持，及早稳定国内政局，全部接受清方条件，并陆续付诸实施。至六月初，复遣人上表、进呈贡物。
不久阮惠派遣部将范公治假冒自己前往京师谒见乾隆帝。乾隆帝战略目标已然达到，又为未再动干戈而令安南自觉臣服归附于天朝而大喜，最终乾隆五十四年（1789年），乾隆皇帝册封顺服的阮惠为安南王，将所进贡物收纳，并派礼部员外郎成林于八月一日恭捧敕谕启程赴安南黎城主持册封。十月十五日宣旨赐封礼成。而后黎朝的君主黎昭统帝，乾隆帝称他先后两次失去了皇位，说明后黎朝已经被上天唾弃，因此拒绝再支持黎昭统帝，并将昭统帝及其宗室、遗臣迁到京师软禁。
乾隆五十五年（1790年）农历三月，安南王阮惠如期践约，自安南启程，赴京恭祝乾隆皇帝八十大寿，七月到达热河，受到乾隆皇帝的隆重接见。他还脱去“束发垂后、戴乌纱帽、被阔袖红袍”的汉家衣冠，换上清朝服饰，一起前来觐见的朝鲜使团，眼看“阮家新着满洲衣”，极其不以为然。八月抵达北京，参加乾隆皇帝八旬庆典，年底回到安南。清朝与阮氏安南的宗藩关系正式确立。两国关系步重新入正常化的轨道。此后，安南与清朝的政治经济文化联系更加紧密，清前期中安关系进入了一个新的发展阶段。
即使如此，颇具雄才大略的阮惠在议和后试图入侵清朝以报复这次战争，而且阮惠有入侵清朝两广之志向，因此积极准备粮草战船、训练士卒。阮惠试图拉拢中国沿海一带的华南海盗势力，例如郑七、莫观扶、陈添保等著名海盗不少曾被西山朝授予官职。与此同时，阮惠还拉拢反清复明的势力为己所用，例如四川的天地会成员在叛乱后逃到安南，阮惠任命这些人为将领。但不久后的1792年阮惠得病将死，而天朝仍然强盛不衰，这些计划才被取消。阮惠死后西山朝内部矛盾频发仅仅存在仅24年就衰落而被之前逃亡暹罗的阮福映灭亡。之后的阮朝国史馆编修的《钦定越史通鉴纲目》更把西山朝斥为伪朝。
清朝将清越战争视为乾隆帝的一大功绩，将此列为乾隆帝的“十全武功”之一。清朝人认为乾隆帝以兴亡继绝为名，攻入安南的都城昇龙，将黎昭统帝重新扶上皇位，同时让安南重新承认清朝宗主国地位，将此认为是一功。而越南人则将此战争看做是越南历史上抵抗外国侵略的重大胜利之一。
孙士毅与和珅关系友善，病笃之时请求加入旗籍。乾隆帝特许之，将孙均抬入汉军正白旗。原计划授予散秩大臣之职，但由于孙均年幼便取消了这个决定。嘉庆十一年（1806年），孙均奏称因疾病残废，请求嘉庆帝将世袭伯爵之位传给堂弟孙玉墀。嘉庆帝下谕：“孙士毅攻克黎城（即昇龙城），皇考（乾隆帝）令其班师归国；但他意在贪功，延迟归期，导致兵败逃入镇南关内，其所奏之中多有虚假掩饰之辞。朕考虑到皇考的遗愿，未予以追究求责。现在孙均既然得病残废，孙士毅原先所授予的伯爵之位应当裁撤，并令孙均出旗归原籍。”
