清太祖努尔哈赤于明万历十一年(1583)以祖、父“遗甲十三副”,起兵攻打尼堪外兰,开始统一女真各部的事业。邻近满洲的各部皆称王争长,互相战杀,努尔哈赤在统一女真各部的战争中,取得节节胜利。
随着势力扩大,人口增多,万历二十九年,努尔哈赤将招来的人口编入自己的队伍,建立黄、白、红、蓝四旗,称为正黄、正白、正红、正蓝,旗皆纯色。四十三年,努尔哈赤为适应满族社会发展的需要,在原有牛录制的基础上,创建了八旗制度,即在原有的四旗之外,增编镶黄、镶白、镶红、镶蓝四旗(镶,俗写亦作“厢”)。
旗帜除四正色旗外,黄、白、蓝均镶以红,红镶以白。把后金管辖下的所有人都编在旗内。其制规定:每三百人为一牛录,设牛录额真一人,五牛录为一甲喇,设甲喇额真一人,五甲喇为一固山,设固山额真一人,固山额真左右置副职称梅勒额真(美凌额真)。
据史籍记载,当时编有满洲牛录三百零八个,蒙古牛录七十六个,汉军牛录十六个,共四百个(一说二百三十一个)。此时所编设的八旗,即后来的满洲八旗。八旗制度建立后,每旗所辖的牛录数和牛录下的丁数时有变化,但旗制终清未改。
八旗组织中蒙古旗与汉军旗的建立比满洲旗稍晚。清太宗皇太极天聪三年(1629)时,已有蒙古二旗的记载,称为左右二营。八年改称左翼兵和右翼兵。九年,后金在征服察哈尔蒙古后,对众多的蒙古壮丁进行了一次大规模的编审,正式编为蒙古八旗,旗制与满洲八旗同。汉军单独编为一旗,据考证是在天聪五年正月(一说天聪七年)。
皇太极崇德二年(1637)分汉军为二旗,旗色玄青,四年分二旗官兵为四旗,七年正式编为汉军八旗,旗色与满洲八旗同。从明万历四十三年八旗制度建立,直到清崇德七年才完成八旗组织三个部分二十四旗的组织建设,八旗每一旗下都包括满洲、蒙古、汉军三个部分。