17世纪初期，蛰伏在东北白山黑水之间的女真人在努尔哈赤的带领下，强势崛起。也许上天也要成就女真人，就在努尔哈赤在东北兼并别的部落的时候，当时作为东北名义上的主人，亚洲的“话事人”大明帝国恰好刚刚在朝鲜半岛与日本人打完7年时间的抗日援朝战争，大量的辽东边军消耗在朝鲜战场，虽然明军取得了最终的胜利，但也使得明军在辽东陷入了防务空虚的状态。
1616年，努尔哈赤以“七大恨”起兵，建立后金政权（后来改成满清），正式与大明帝国决裂，努尔哈赤此前的身份是大明帝国建州卫都指挥使，算是大明的高级将领和封疆大吏，他深知明军的战法和大明官场的腐败，所以他起兵后多次大败明军，特别是在1619年的萨尔浒战役中重创11万明军精锐，一战夺取辽东战场的主动权，此后，明军在辽东陷入了被动挨打的局面。但大明帝国凭着庞大的体量，以堡垒战术（关宁锦防线）将清军牢牢压制在辽东，使其无法越过长城，总的来说，双方处于一种微妙的平衡状态。
但是中原内地另一支政治军事力量打破了这微妙的平衡。因为明军集中重兵在辽东与清军对峙，内地的李自成趁机做大，最后攻陷北京，逼得大明帝国最后一任皇帝崇祯自杀殉国。崇祯的自杀、北京城的易手，而李自成又缺乏接受大明帝国的实力和能力，使得北中国处于一种极度混乱的政治真空状态。也正是看到这一点，当时满清实际上的一把手摄政王多尔衮当机立断，统率八旗兵主力15万人入关，并击败李自成，占领北京城，开启了大清帝国问鼎天下的历程。
入关后清军的兵员构成大致为八旗兵（由满洲八旗、蒙古八旗、汉军八旗组成）15万人，吴三桂归顺的关宁军旧部6万人，总兵力20万出头，而且吴三桂所部的建制完整，清军并未对其进行拆分，吴三桂有很大的军事自主权，后来吴三桂带着旧部一路从北京打到湖北又打到云南。如此算来，清军能够直接动用的兵力就是15万人，而且还要留下7万人留镇北京，作战略机动。
所以，清军真正用于征战天下的兵力在入关初期只有8万人。而他们的对手则是拥有百万之众的李自成集团，占据江南、拥兵50万的南明弘光集团以及占据四川、拥兵数十万的张献忠集团。他们任何一方的人数都是清军数倍以上，清军要想征服中原，必须在军事体制上进行改革，否则不可能战胜数十倍于己的对手。
面对这几乎无解的问题，清廷给出的答案却很简单，那就是大量组建“皇协军”性质的绿营兵。清军入关前，就有一些明军投降清军，因为人数不多，所以清廷就将其编入汉军八旗，享受与满洲八旗同等待遇，他们与满洲本部已经没有区别。后来清军入关后，大量的明军投降清军，如果都编入汉军八旗，那势必会导致汉八旗的实力过分膨胀，进而凌驾于满八旗和蒙八旗之上，这又会打破八旗间的平衡，所以清廷当时一般是让他们保持原有的编制，配合清军作战。
如今，清廷要对李自成、南明弘光政权、张献忠动手，正是用人之际。于是这些“皇协军”的作用就凸显了，清廷先是对这些归降的明军进行整编，组建“绿营兵”，统一由兵部管理，正式纳入清军作战序列，虽然比不上八旗兵的待遇 ，但好在清廷不像明朝，他们从来不拖欠工资，赏赐也是很大方，只要你能打，绿营兵将领照样可以晋升到帝国上层统治阶级，什么总兵、巡抚甚至总督也是说给就给，对士兵也是真金白银的赏赐。在清廷的制度激励下，曾经软绵绵的明军降军摇身一变成为彪悍的绿营兵，他们后来在清军定鼎天下时发挥了至关重要的作用。当时清军的作战方式通常是绿营兵打头阵，八旗兵压阵，双方配合默契，在2年内就灭了李自成集团、南明弘光集团以及张献忠集团。
而绿营兵的好待遇又反过来吸引了更多的明军归降清军，比如1645年，清军在攻打南明弘光集团时，南明江北四镇22万明军集体向清军投降，之后全部改编为绿营兵，摇身一变为清军作战，其中不乏骁勇善战者，如以一己之力攻取浙闽粤三省的李成栋。
随着天下逐一被荡平，八旗兵也逐渐走上了腐化的道路，到了三藩之乱时（1673年—1681年），曾经令人望而生畏的八旗兵居然连连被自己的手下败将吴三桂打败，清廷一度丢了长江以南。面对危局，康熙再次大胆启用绿营兵为平叛主力，绿营兵也经此一战，成为了大清帝国武装力量的“基石”，完成了从“皇协军”到正规军的角色转变，绿营兵的员额也达到了60万的规模是八旗兵的3倍。在之后的岁月中，绿营兵与八旗兵一起成为了大清帝国的有编制的正规军，也涌现出岳钟琪、杨遇春这样的超级名将。直到太平天国后，湘淮军崛起，绿营兵才逐渐淡出大清帝国军界的主角舞台。
