不知从什么是后期，中国人便对洋人畏惧三分，坚船利炮成了洪水猛兽，一时间在华夏大地上兴风作浪。
鸦片战争以后，中国人被打的人仰马翻才想到，自己也可以建现代海军，就这样一波三折，清朝海军衙门便形成了。
历史上，是林则徐第一个提出要建立中国自己的海军，在中英鸦片战争中，他深切的感受到近代海军的威力，但是，这种主张却遭到了朝野的上下反对，就连道光皇帝也说林则徐是在胡言乱语。
林则徐的提案被否定，大清国的海防，只是靠着所谓的绿营水师，几条木船，几台小炮，守护这中国的万里波涛，没错，这就是中国人的唯一海军。
但是出来混，早晚就要还的，没多久，第二次鸦片战争来了，英法联军从上海进攻，摧枯拉朽般摧毁了中国的海防，最后直逼京城，清朝上下再次震动。
这下那般老顽固终于想开了，从十九世纪六十年代开始，清政府开始订购仿制西方战舰，这时，距离林则徐提出坚船利炮的主张，早已经过去了二十年之久。
而西方人却只争朝夕，时不我待，坚船利炮早已经更新换代，今非昔比。
十九世纪七十年代，李鸿章再次进言，筹措海防，这时清政府才真正的将注意力转到海军的建设上来，也就是这个时候，北洋海军正式成立。
积贫积弱的清政府，对海军的发展已经是有心无力，将近十年的时间，除了北洋海军外，原本计划建立的南洋，福建，广东三支水师进展缓慢，更可怕的是，整个中国的海军犹如一盘散沙，各自为战，并没有一个统一的管理机构。
长期的涣散导致清朝水师并没有什么战斗力，1884年中法海战，福建水师全军覆没。
这场失败惊醒了清朝得当政者，他们认真的反思了失败的原因，其中，左宗棠和李鸿章总结的最为到位。
“造船不坚、制器不备、选将不精、筹费不广”
这封走着受到了皇帝额重视，而想要解决这个问题，建立一个统一的管理机构迫在眉睫，
李鸿章专门给总理衙门写了“请设海部兼筹海军”函，认为应直接在京城设立作为中央机关的“海部”，他指出，西方各国“外部、海部并设衙门于都城，海部体制与他部相埒，一切兵权、饷权与用人之权悉以畀之，不使他部得掣其肘。海部大臣无不兼赞枢密者，令由中出，事不旁挠”。
他知道海军在近代中国是一个新军种，建设地方性近代海军已遇强大阻力，如在“中枢”设立海部，一定会遇到顽固派更强大的反对，指其为“以夷变夏”。所以他特别强调不能因为海军是从外夷传来“而厚非之”，因为“中国议论多不屑步人后尘”，其实我们完全可以“楚材晋用”。
他知道总理衙门用“海防”一词而不用“海部”一词也是迫不得已，本意是想“踵其实而避其名”，避开顽固派的反对，但他认为大可不必，应直接用“海部”。因“海防二字顾名思义，不过斤斤自守”，所以不足以张国威而灭敌人的威风，在外患如此严重之时，应该直接在首都设“海部”，才有可能救急。由于清廷对设“海防衙门”本不重视，再加上李鸿章的反对，此事便不了了之。
当然，李鸿章要设立“海部”这一急迫的建议更未得到朝廷赞同。但半年后中国海军马江惨败，朝廷再次“筹议”海防，转机突现。李鸿章自然不会放过这一等了10年才来的机会，立即上了个长折，充分展开、论述了建立全国性“海军衙门”的理由。
在这个长长的奏折中，李鸿章并不就事论事，而是详细、全面回顾了近10年来近代海军建设的艰难历程，提出了海军事业的发展蓝图。
最后，他明确提出建立一个统管全国的海军衙门：“西国设立水师，无不统以海部，即日本亦另设海军以总理之。”而中国分南、北两洋，且各省另有疆臣，调遣困难、意见也不统一，许多规章制度也不同，“任各省历任疆吏意为变易，操法号令参差不齐，南北洋大臣亦无统辖划一之权”。
这种混乱状况，怎能打仗？怎能不立即设立一个全国性的指挥机关？还能恪守“六部”旧制以“从夷”之名反对新设海军衙门吗？
海军衙门竟无一人在衙专职办事
收到李鸿章的奏折，清廷认为所言甚有道理，便要他来京，与中枢各位大臣一同商议其事。9月30日，清廷谕令军机大臣、总理衙门王大臣会同李鸿章妥议海防事宜，醇亲王也一并与议。
最后由总理衙门复奏，提出设立海部或海防衙门，由特派王大臣综理其事，考虑到可供海战之船不多，暂时先从北洋已有船只精练海军一支，等到以后再考虑其他舰队。
由于各地督抚的复奏也大都主张统一海防，尽管具体措施有所不同，所以慈禧太后于10月12日发布懿旨，同意成立“总理海军事务衙门”（简称“海军衙门”），由醇亲王为总理，庆亲王奕劻、李鸿章为会办，曾纪泽为帮办。海军衙门成立后，贯彻先精练北洋海军方针，所以北洋海军有较快发展；1888年10月，清廷批准李鸿章具体负责起草的《北洋海军章程》，标志着北洋海军正式成军。
然而，虽然成立了海军衙门，统管全国的海军事务，但它的总理、会办、帮办却全是兼职，竟无一人在衙专职办事！由此可见，清廷对海军的重视程度仍然有限。
清政府没有冲破旧的意识形态的识见与勇气，不承认现代海军必须全国统一管理是一种普适的规则，长期坚持管理传统水师的“特色”来管理现代海军，旧机构不敢撤新机构不敢设，只有在经过巨大失败、被痛打一番后才被迫设立。
