作为清末宫廷的首席太监，李莲英和他的“主子”慈禧一样，有着太多的谜。后人提到他，常会想到：他究竟是不是真正的太监？
毕竟李莲英和守寡的慈禧之间的主奴关系非同一般。李莲英被特赐二品顶戴，超过了清朝祖制太监最高为四品的规定，并且还经常得到慈禧太后的一些特殊恩典。李莲英40岁寿辰，慈禧赏了他大量的珍品，蟒缎，福寿御字。据说，慈禧和李莲英一同看戏，凡是李莲英喜欢吃的东西，慈禧多在膳食中替他留下来。
李莲英的待遇不是一般太监能享受的，即使是皇亲国戚，王公大臣也不容易享受得到。因此人们怀疑他是不是真太监是有一定道理的。
李莲英后来经过慈禧的允许，还娶了京城名妓马芙蓉为他的“大福晋”，过继嗣子四人。这更令人怀疑他是否是真的太监。
其实，宦官娶妻古来就有，在东汉时就很流行。到了唐代更为盛行，只要财力允许，连一些中下层宦官也要讨个老婆。这种畸形的婚姻关系在历朝历代都不鲜见。李莲英虽是太监，但仍羡慕正常男人的生活，希望有家室的乐趣，以弥补强烈的自卑心理。
许多资料表明，清代对内监“纯度”的控制胜过前朝各代。太监要经过严格的检验才能入宫，另外太监每年还有严格的检查制度：内务府一年春秋两季检查太监，二次净身，三次净身的都有。通过贿赂漏检的，当官的是要掉脑袋的。太监都是家境贫寒的，有钱的人谁也舍不得割去命根子。
为了保证皇帝在宫中的“绝对特权”，太监制度在清朝已经发展完善到了顶峰，发生“宫闱秘事”的可能性，也自然早已降到了最低点。所以不管是安德海还是李莲英，他们与慈禧太后“秽乱宫闱”的故事，都只不过是好事者茶余饭后闲聊的话题而已。
据说李莲英死前嘱咐家人为他安装个木制的命根子，以便带着完整的身体去见列祖列宗。但不知为什么，他的墓中只有一个头骨，这又成了另一个谜团。
