1898年，光绪帝向全国发诏：“
朕躬自四月以来，屡有不适……京外如有精通医理之人……即日驰送来京，勿稍延缓。”（《上谕档》）
1900年1月24日，光绪帝再次发诏，说自己“
痼疾在身，艰于诞育”，所以应慈禧之谏言，以端郡王溥儁为大阿哥，以观后事。
1908年11月13日，光绪帝又再发诏，说自己病已日重，无力上朝，遂使“
醇亲王载风之子溥仪著在宫中教养，并在上书房读书……醇亲王载沣著授为摄政王”，以代光绪帝执政。
1908年11月14日，光绪帝在任命载沣为摄政王之后仅仅一天就离开了人世。随后慈禧宣布载沣之子溥仪继承大统，因其年幼，故以醇亲王载沣为摄政王，总理朝政。
以上就是当时清廷百姓能够得知的光绪帝之死与溥仪继位的全过程。总的看下来，似乎就是因为光绪帝日渐病重，所以开始为自己的后事安排，最后因为膝下无子，所以让醇亲王之子溥仪当了皇帝。
一切似乎都顺理成章。但是清廷倒台之后，在紫禁城中发现的很多皇家密档都揭示了此事背后的不简单。在当时，光绪帝本应该是病重之时，但是根据在紫禁城中发现的相关医治记录中却发现，虽然当时开了各种各样的药，但是对光绪帝的临床病症表现却记录得十分模糊，这不该是在对皇帝的诊治中出现的。
另外，在当时的宫廷御医屈桂庭后来的著述——《诊治光绪帝秘记》当中，更是写道：“
（光绪帝）在床上乱滚……向我大叫肚子痛得受不了……面黑，舌焦黄”，而他最终得到的结论，却仅仅只是“
此系与前病绝少关系”。以屈桂庭之医术，不可能什么都查不出来，结论仅仅只是不寻常，这本身就很反常。
诸如此类的疑点还十分之多，比如光绪帝死后太监立即就收尸入殓下葬，仿佛是要掩盖什么一样。直到2008年时，考古学家找到了光绪帝生前的一缕头发，经过化验之后发现，头发当中居然有超量的砷残留，这直接确定光绪帝其实不是死于疾病，而是死于砒霜中毒！
可光绪帝身为皇帝，所有的饮食都受到了严密的管控，能够给光绪帝下毒的人一只手都数得过来，而现在史学界中最公认的，就是光绪帝死于慈禧之手。
原因其实很简单，首先光绪帝跟慈禧太后之间就颇多矛盾，公的私的都有。从私的上面说，光绪帝本身并不喜欢隆裕皇后，但是慈禧却将隆裕皇后硬塞给了光绪帝，否则慈禧定然不会轻易还政。
从公的上来说，甲午战争之时光绪帝就主战，而慈禧则主和，此时就已经产生了巨大的摩擦。1898年戊戌变法之时，光绪帝更是支持康有为、梁启超等人的维新变法，宁愿自削皇权也想要保住清朝皇室，但这次变法直接损害的就是慈禧太后等保守派的利益，因此慈禧太后当即就将光绪赶下了台，将光绪帝囚禁了起来。
之后，光绪帝发布的什么自己重病寻医的诏书，其实都是慈禧借其名义发布的，慈禧还以光绪帝“艰于诞育”的生理缺陷，早早就把载儁、载沣和溥仪都安排好了。因为光绪帝自1898年之后就被幽禁了起来，甚至于冬天的时候连床被子都没有。
因此，光绪帝跟慈禧之间的关系早已势同水火。这段幽禁时间让光绪帝的身体愈发变差，就在光绪帝死前的几天，光绪帝跟慈禧双双病重，当光绪帝得知慈禧卧病在床之时，当时就大笑不止。
慈禧得知之后，就怒道：“
我不能先死尔！”结果几天之后，光绪帝就因为砒霜中毒而死了。因此，无论是从作案能力还是动机来说，能够毒杀光绪帝的人最有可能的就是慈禧了。
而这，就是目前史学界最认同的光绪之死谜团的解答。有趣的是，在光绪帝仅仅死后1天，慈禧太后就因为病重不治而过世了，但也勉强算是应了她那句“我不能先死尔！”了。
想当年慈禧刚刚将光绪帝立为皇帝之时，还曾经手把手教光绪读书写字，晚上还哄光绪睡觉，亲自为其添被子，两人之间的关系几乎跟母子一样。结果等光绪帝长大开始威胁慈禧权力之时，她却开始对光绪帝下此毒手，足见皇权之害人了。
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