清朝军事体系是不断变化的，但是八旗作为一种特殊的军事体系一直保存到清末。
在努尔哈赤到康熙期间，八旗是清军的主力
在清军成立之初就以八旗制度作为军政结合的一种制度，在努尔哈赤和皇太极以及多尔衮入关作战中，八旗军都发挥了巨大的作用。
八旗
八旗制度也是清代特有军事组织制度，其中里面有满、蒙、汉之分，在八旗中编制里的但都是旗人，以前人们总以为八旗就是满族，其实是错误的，旗人“不分民族，但问在旗”。
从清军入关到太平天国运动期间，以八旗为基础，绿营为主
清军入关之后，八旗作为特权阶层，也就是体制内的阶层，享有种种特权，八旗子弟因此逐渐腐化，到后来不但不能打仗，还要国家供养，已经成为一种负担，1860年僧格林沁带领八旗骑兵在八里桥被英法联军打败，代表着八旗作为一种军事力量的谢幕。
绿营
代之而其的是绿营制度，绿营就是由汉人组成的职业兵，为了区别八旗，以绿旗作为标志，以营为单位，故称绿营。
早在康熙早年，平定三藩之乱时，就已经用绿营作为主力，在康雍乾三世的对外战争中，大小战事基本皆依仗绿营，尤其是平定三藩、收复台湾、征战准噶尔，都能找到绿营的影子。
在太平天国到甲午战争期间，八旗和绿营的衰弱与地方团练军的兴起
在乾隆晚年，由于久无战事，军队纪律涣散，在乾隆后期的镇压白莲教起义中，无论是八旗还是绿营，已无法作战。
曾国藩
在太平天国运动爆发后，由于正规军无法控制太平军的发展，因此，咸丰下令地方组织团练，以抵抗太平军的冲击，其中曾国藩组建的“湘军”在镇压太平天国运动中起到了很好的作用，在曾国藩的帮助下，借助安徽的本土力量，李鸿章又组建了淮军，湘军和淮军，兵必自招，将必亲选，饷由帅筹，其制正与绿营相反，故兵随将转，兵为将有。
曾国藩、左宗棠和李鸿章对军队都拥有着极大的指挥调度权力，自成派系。成为汉族地主的地方武装集团。
甲午战争后，开始编练新军
后来在甲午战争中，无论是湘军和淮军都因为各种问题而无法和日军对战，在海陆两军皆败的情况下，清政府痛定思痛开始编练新军，改革军制，在天津小站让袁世凯练兵，就是后来的北洋新军，但是这只军队后来被袁世凯操作，成为压垮清朝的最后一根稻草。但是这只军队的力量是不可忽视的，在清末乃至民国期间，一直影响中国政坛几十年之久。
