清朝入关之后，“反清复明”的起义和运动就一直没有停止过，特别是在顺治、康熙两朝，大小规模的起义此起彼伏，而这些起义不约而同地都是打出了“朱三太子”的旗号。
其实，清朝初年，民间不断爆发“反清”起义，与大清王朝早期的政策特别是多尔衮时期的政策密不可分，特别是多尔衮颁布的“剃发令”、“圈地令”、“逃人法”、“屠城令”等弊政，造成了上至地主士大夫阶层，下至平民百姓的一直不满，再加上清朝初年对于明朝官员的全盘接收造成了明末的腐败政治局面非但没有改变，反而愈演愈烈，极大地加剧了社会矛盾。
在此情形下，对于已故明朝的怀念成为了民间的主流思想，也就造成了反清起义不断的局面，而下落不明的朱三太子，更成为了所有起义者的口号和精神寄托。
朱由检
所谓的“朱三太子”，就是明朝崇祯皇帝的第三个儿子朱慈炯，生母为崇祯皇帝的周皇后。
崇祯十七年（1644年），李自成大军攻破北京，崇祯皇帝在煤山自缢，明朝灭亡。
就在李自成攻破北京的前一天，在崇祯皇帝的安排下，将他的儿子们分别进行了化妆出逃，结果都被李自成所抓，只是李自成并没有将他们杀掉，反而利用其对明朝旧部进行劝降。但是后来李自成在山海关大战中被吴三桂和多尔衮击败后，仓皇逃回北京，草草举行了登基仪式后进而撤出了北京，之后所有被李自成复活的明思宗皇子们便全都失去了音讯，就此下落不明。
也就是从这个时候开始，民间开始流传其各种关于朱三太子的传说，说他并没有死，而是暗中积蓄力量准备重建大明江山，而朱三太子也就此成为了所有“反清复明”起义者的旗帜，尽管没有人知道他的真实下落，但是打出“朱三太子”的旗号就意味着有了目标和合法性，这也使得“朱三太子”成为了清朝统治者最为头疼的对象。
除了打着“朱三太子”名义的形形色色的起义外，“朱三太子”的名号也开始逐渐被冒充和利用了。
在这其中，比较有名的就是康熙十二年（1673年）杨起隆冒充“朱三太子”，在京城发动了“反清复明”的起义了。
只是这场起义仅仅持续了两天，马上就被镇压下去，杨起隆本人逃窜。随后的多年里，杨起隆及其部下又多次以“朱三太子”的名义鼓动清朝官员及军队起义抗清，最终在康熙十九年（1680年），杨起隆在陕西被抓后处斩，整个事件才得以平息。
吴三桂
除了这些民间的起义外，就连吴三桂发动的“三藩之乱”在最开始的时候，打出的都是“朱三太子”的旗号。
康熙十二年（1673年），吴三桂在云南起兵，并发布了《讨满清檄文》，打出了“兴明讨虏”口号，而他拥护支持的人，便是“朱三太子”：“本镇刺心呕血，追悔无及，将欲反戈北逐，扫荡腥气，适值周，田二皇帝，密会太监王奉抱先皇三太子，年甫三岁，刺股为记，记名托孤，宗社是赖。姑饮泣忍隐，未敢轻举，以故避居穷壤，养晦待时，选将练兵，密图恢复，枕戈听漏，束马瞻星，磨砺警惕者，盖三十年矣！”
只不过后来的吴三桂抛弃了“朱三太子”，自己选择了称帝，但是足可见“朱三太子”的名号的重要影响力。
