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日本庆应四年（公元1868年）4月11日，日本正式结束幕府统治，实行“王政复古”。其实早在十七世纪末，幕府统治的终结就已初现端倪。由于商品经济的快速发展，带动了町人兴起，以城市居民、商人为主的町人开始对旧有幕藩体制进行挑战。另一方面，德川幕府以及各地藩主财政日益困难，无以维持手下的大规模武士团体，下层武士对幕藩体制心有不满；幕藩统治者为维持内部稳定，大幅加征农税，走投无路的农民转而发动起义，也谋求推翻封建统治者。
德川幕府见农民起义与武士暴动频发，迫不得已实行改革变法，然而从十八世纪中叶起到十九世纪四十年代，德川幕府的改革并未产生明显作用。日本嘉永六年（公元1853年），美国以炮舰威逼日本打开国门，史称“黑船事件”，这场民族危机致使日本国内矛盾迅速激化，旧有幕藩制度的覆灭似乎就在眼前。在改革派下层武士的推动下，以长州、萨摩、土佐、肥前等为代表的西南强藩采取与德川幕府截然不同的政策，大兴工农业、发展军事，经济日益发达，四藩百姓也逐渐意识到国家和民族落后于世界的危机。
日本庆应三年（公元1867年），西南强藩借助声势浩大的农民起义，掀起“倒幕运动”，战败的德川幕府第十五代将军德川庆喜，最终于同年10月14日将大政奉还给天皇睦仁。在此之前，天皇与幕府之间的关系和纠葛极为复杂。由于日本自身国情限制，很长一段时间内，日本朝政都不是由天皇本人处理的，幕府时代更是如此，天皇在早期的室町幕府时代还有一些实际权力，但是到了德川幕府统治时，其权力早已虚化，天皇和众多皇室成员只是幕府将军手中的傀儡，与有着实际职权的安土桃山时代根本不能相比。
日本在战国时代之前，还是以天皇为核心的氏族社会，官吏贵族基本上都是皇室分支，那时最为常见的姓氏，如橘、源、平氏等，追根溯源其实都是天皇子嗣。这些皇族分封后又形成了不同支系，在贵族血缘政治时期，日本人以怀有天皇血统为荣，谁能拥有天皇血统，谁就能合法建立藩邦并自称藩属，这与中国西周的分封制有些相似。幕府将军制度的建立者是镰仓时代武将源赖朝，而幕府之所以能够成立，其实是武士与公卿争夺政治权力的结果。原本只有拥有天皇血缘的公卿能够享受政治权力，普通武士则被视作公卿手中的刀剑。
源赖朝崛起并出任征夷大将军后，想要远离受公卿控制的京都，便在其驻地镰仓设立了武士掌权的政府，逐渐将公卿权力转移到自己手中。天皇虽是贵族血缘政治的核心，但也不敢轻易得罪手握兵权的源赖朝，身处京都的天皇在一些朝政大事上完全听从于远在镰仓的源赖朝，幕府制度也就随之形成。历经“大化革新”的日本虽向中国学习了很多有关治国理政的制度，但在“明治维新”开始前，都未能成立与之匹配的高度集权的中央政府，幕府制度的本质上仍是封建制度（即中古时期欧洲的领主封建制度）。幕府与各藩领主并不是中央集权式下的君臣关系，反而是一种大宗主与领主之间的掣肘关系——各地藩主都有权从属地组建自己的军事力量，幕府将军也只能从直辖地招募军队。
镰仓幕府灭亡后，日本进入有名的南北朝时代，南北两派天皇争夺正统数十年，天皇原本在日本普通民众心中的神圣地位也随之一落千丈。室町幕府第三任征夷大将军足利义满统一全国后，接受了来自明王朝的册封，明太祖朱元璋、明成祖朱棣先后将其封为日本国王，还赐足利义满“日本国王”金印一枚，足利义满则回书自称“日本国王，臣源义满”。在此之后，足利义满公然僭越使用天皇纹样、举行天皇才能独享的祭祀法事，他虽然在明面上没有取代天皇之心，但其所做之事皆是僭越之举。足利义满死后，室町幕府甚至为其加冠“鹿苑院太上法皇”的名号。
室町幕府末期，幕府将军衰落，分裂内乱再起，日本进入安士桃山时代（战国时代）。连年战乱致使农业歉收，各地藩主征税不足逐渐衰败，京都公卿的日子更是潦倒，那个时代的特色是“以下克上”，新兴的藩邦领主都不是名门出身，这些藩主忙于夺权混战的同时，还要专心编造身份以巩固统治，比如织田信长自称平氏后代，德川家康号称源氏后代，只有血缘高贵才能为自己的统治正名，吸引更多人加入。到战国末期，全国真正出自源、平两氏的藩主只剩下岛津、北条和佐竹三家，不过他们同样忙于征战，无暇顾及天皇本人的安危。
虽然藩主大名眼中早无天皇，不过天皇血统仍是尊贵地位的象征，也是藩主进行合法统治的权力来源。然而最讽刺的是，最终将天皇迎回共主之位的，反倒是地位低贱的丰臣秀吉。世人皆知丰臣秀吉乃是贫民出身，即使他权倾朝野也不能伪造身份和开设幕府（只有源氏后裔能建立）。丰臣秀吉本名羽柴秀吉，从织田信长手中接过大权后，羽柴秀吉为巩固手中权力，重新尊奉天皇，企图以提高天皇权威的方式来拔高自身地位。他听从幕僚建议，搬出平安时代旧制，要求天皇赐姓“丰臣”，从而担任日本关白（形同宰相），成为一名手握实权的贵族。在以前，不是没有人想要改变这一局面，最为典型的就是平将门，足利义满、织田信长以及德川家族都做过些许尝试，但他们都没有取得成功，拥有天皇血缘的“天潢贵胄”才能担任日本法统上的领袖，这是维持基本古代日本政治结构的重要因素，只有藤原氏、丰臣氏等高贵氏族才能担任日本关白。后来德川家康能够顺利建立幕府，也得益于其祖先是源氏。
由于“权力从法理上来自天皇”的认知根深蒂固，日本历史上所有关白和将军，在登上权力宝座前，都会编造传说以证明自己是天皇或者神话家族的后裔，从来没有人可以消除这种认知，即使是历代幕府开创者也不得不遵从于此。丰臣秀吉逝世后，德川家康统一日本，这位寿命悠久的将军与好友丰臣秀吉不同，他对天皇和京都公卿嗤之以鼻，甚至时常以武力干涉朝廷内政。权力巩固后，德川家康将天皇以及朝廷迁往驻地江户（今东京），在此建立起了日本最后一个幕府政权——德川幕府（又称江户幕府）。德川家康挟持天皇的蛮横做法，忽略了丰臣秀吉重新尊奉天皇后，天皇在普通百姓心中的崇高地位。江户时代末期，藩主大名打着“尊王攘夷”的旗号掀起倒幕运动，农民与下层武士对此广泛支持，日本最后一任征夷大将军德川庆喜战败，宣布“奉还大政”，明治天皇回到千年前的崇高地位。不过由于此时社会骤变，统治阶层与天皇的血缘关系已然断绝，天皇也就逐渐成为国家象征。
事实上，幕府制度实行的一千年间，幕府将军与天皇之间的关系并未得到彻底解决，德川幕府从首任将军德川家康开始，就不断寻求如何为自身神性地位正名，德川家族的最终目标是实现与天皇地位持平，成为国民拥戴服从的“神”。然而三百年多来，无论是哪一任幕府将军，都未能实现这一宏伟目标。除此之外，越来越多的问题涌现，强藩、赋税、征兵等各方面难题接踵而至，困扰着一代又一代德川幕府将军，这则与政治传统中将军权力的法理极限有关，由于日本基本政治框架在律令体制（律和令）时代早已固定，此后再也没有进行过实质性改变，明治维新也只能算作勉强改变。西南强藩想要推翻幕府，也得打着天皇的旗号，这无疑是在告诫人们永远也不能忽视传统。或许某些时刻被人们遗忘的传统，恰恰能够决定最终胜负。
参考文献：
《日本中世史》《日本天皇制及其精神结构》
