康熙帝于十一月十三日崩逝，次日，即位的雍正帝任命隆科多为总理事务大臣，7天之后，即二十一日，雍正帝将康熙帝第一次废太子事件中褫夺的佟国维的公爵赏给隆科多，过了两天下命，应称隆科多为“舅舅”“嗣后启奏处书写‘舅舅隆科多”。
隆科多的姐姐为孝懿仁皇后，从亲属关系讲，雍正帝与隆科多辈分属甥舅，但作为皇家来讲，承认不承认这种关系，完全要看皇帝的意愿，况且隆科多只是雍正帝的嫡母舅，并非亲生母舅，更不存在认不认的问题，现在雍正帝认可了，也就是说将“舅舅”的头衔封给了隆科多，于是隆科多在公、尚书的爵衔、职衔之外，多了 一个他人所不能有的荣誉名衔，所以在隆科多出事之前的官方文书中，提到隆科多时，在他的名字前面均冠有“公、舅舅”字样，表示他的别人所不能拥有的尊贵身份。而雍正帝本人在讲到隆科多时，常常以“舅舅隆科多”作为符号，以致在给年羹尧的朱谕中用“怡、舅”字样表示怡亲王允祥和舅舅隆科多。
十二月隆科多出任吏部尚书，仍兼步军统领。同月，加恩总理事务王大臣，隆科多得一等轻车都尉世职，由长子岳兴岱承袭，次子玉柱由侍卫提升为銮仪卫密仪使。雍正元年（1723年）三月加太保衔。四月追赠佟国维谥号“端纯”。雍正二年（1724年）六月，隆科多兼管理藩院事。朝廷纂修《圣祖仁皇帝实录》、《大清会典》，隆科多出任总裁官；修《明史》，由他充任监修总裁官。这时隆科多荣膺重任，身任总理事务大臣和吏部尚书，是在统领朝中要务之外，掌握使用官员的权力，并且仍然负责京师和皇宫的禁卫。
在雍正元年（1723年)，雍正帝给内外大小臣工许多赏赐，据中国第一历史档案馆保藏的《御笔赏赐簿》的记录，依人头作出统计，多数人得到一二次恩典，在3次以上的就不多了，不计算太监，官员得赏赐的序次是：隆科多13次，允祥8次，年羹尧 7次，直隶巡抚李维钧6次，庄亲王允禄、果亲王允礼、户部尚书张廷玉、都御史兼吏部尚书朱轼、吏部左侍郎黄叔琳各为5次，此外四川提督岳钟琪、内阁学士查嗣庭均为3次。
隆科多所得到的恩赏多系御书匾额、对联、诗扇、福字以及数珠、袍褂，如四月初八日赏的御笔“世笃忠贞”匾，九月二十二日的“功宗元祀”匾，上面均钤有“雍正御笔之宝”印记，七月二十八日隆科多与年羮尧都获得御笔诗扇，上用“为君难”引首，“朝乾夕惕”、“雍正宸翰”图章各一方，八月十三日隆科多领赏御笔对联一副，上书“英烈冠当时旗常著续，鸿名垂奕世俎豆酬勋”。
佟佳·隆科多
十二月二十七日获赏貂皮领袖的四团金龙蓝缎面、涉导下颜皮褂、云龙蓝缎面、涉导肷皮袍等。匾额对联的文字，表示雍正帝对隆科多的赞扬和期望，这些实物和褒语，对隆科多来说是不同寻常的，四团金龙图案的褂子是很少赏给臣下的，“世笃忠贞”之匾词标志隆科多家族历朝为忠臣，将长盛不衰。
从赏赐的次数和御笔文字内容，可知隆科多在群臣中的特殊地位。在获赏次数多的侍郎及其以下官员，多与他们的荐举人及在吏部任职有关，如黄叔琳系由朱轼推荐；查嗣庭为隆科多所荐任，查嗣庭获得的是两次御笔“福”字，一次御书“木天清望”匾；地方大员中，惟有李维钧独得 6 次恩赏，督抚中无出其右者，除了他提出摊丁入亩的建议为雍正帝所赏识，还因他同年羹尧关系密切，或者说依附于年羹尧，他同时受雍正帝指示，可以同允祥商酌政事。
由赏赐可知雍正初年政坛的主要人物在皇帝眼中的地位及官员间的相互关系。隆科多、允祥、年羹尧3人所得赏赐最多，恰反映他们在朝政中特殊的、重要的地位。
这一年允禩所得的御笔赏赐有两次，均是赐御笔诗扇一柄，一次上书“银汉同分派”五字。相比之下、立见对待允祥、隆科多、年羹尧之厚和待允禩之薄，两次赐诗扇不过是应酬之举，而对允祥、隆科多、年羹尧却是出于诚心。
隆科多在御笔赏赐之外，还与年羹尧同时获得双眼孔雀翎、四团龙补服、黄带及鞍马紫辔。后三样物品是非有大功者不可以奢望的。
隆科多在正式职务之外，还有两项特许的权力，一是“传谕”，就是宣布雍正帝的口谕，具有这种资格的大臣，只有允祥和隆科多、张廷玉数人，年羹尧朝见之时也充当这种角色，这祥的“口含天宪”，在朝政中是不常见的；另一是转传奏折，有些中下级官员没有上奏折的资格，被雍正帝特许，但他们的折子不能直接送交内廷，需要交给皇帝指定的亲重大臣转呈，这亲重大臣就是允祥和隆科多。由这两项特殊差事更加表明隆科多的特殊地位。
爱新觉罗·胤禛
雍正初年，隆科多作为雍正帝的左右手，参与处理重大事务，雍正帝夸奖他是“当代第一超群拔类之稀有大臣”。他究竟做过哪些事情，由于隆科多后来出了事，关于他所处理的朝政的记录多被删削，今日很难知道他做过的具体事情，能够勾勒出来的不过如下数事。
用人，隆科多身为吏部尚书，以其重臣的地位，吏部司官对他不敢仰视，官员任免的意见由其裁决，凡经由他铨选的官员，自称为“佟选”，因为隆科多姓佟，经他选择的，所以叫做佟选。本来对官员的任用只是提出建议，最终要由皇帝决定，吏部虽然为六部之首，很重要，但都是为皇帝办事，故而通常状态下，任用官员与吏部尚书构不成“某选”的态势，佟选的出现，表明在用人方面隆科多的作用超出了常规，势必也侵犯了部分皇权，所以后来它成为隆科多不法之罪的第一条。
当然，用人的决定权仍在雍正帝手中，隆科多更多的是在建议、执行、查处方面起作用，如雍正二年（1724年）三月雍正帝召见孔子后裔孔继溥及儒家曾、颜等五氏后裔，因孔继溥是候补知府，若按年资等候，得缺尚需时日，因此让隆科多立即给他安排实缺,同时让隆科多和张廷玉传旨，赐孔传商等56人貂皮各一张。
雍正帝下命各省督、抚、提、镇保题要缺地方官，将一些人调到别省，疆吏惜才不放，因此雍正帝要求隆科多和兵部尚书卢询,由吏、兵二部行文各省督抚提镇，不许扣压人才。
隆科多参与整肃允禩集团。雍正二年（1724年）十一月雍正帝说他责备允禩，观看众人神色颇不以为然，惟有“舅舅隆科多、大将军年羹尧、大学士王顼龄、侍郎沈近思曾在朕前陈奏”。可知隆科多、年羹尧是向允禩发难的极少数大臣。
参与主管范围以外的政务。作为总理事务大臣之一，隆科多奉命参加许多政事的处理。雍正二年（1724年）二月刑部议处佟吉图等迟误河工，雍正帝认为拟罪不当，又以刑部不能办好此事，交由允祥和隆科多议处。三月，两江总督查弼纳因太湖治安不良，请求添设兵丁巡船，雍正帝指示，交由隆科多、朱轼等人与兵部详议具奏。
佥都御史吴龙元认为隆科多是“柱石大臣”，这是当时一些朝臣心目中的隆科多及其重要地位。
隆科多的专擅不能说有出现的必然性，但事情的发生确实不是偶然的。康熙帝曾说，谋立允禩的官僚是为结好于他，“为日后恣肆专行之计矣”。他深知皇子结党相争会有利于朝臣的扩张权力。
年羹尧
果然如此，雍正帝继位，重用隆科多、年羹尧等人，给他们在正常情况下臣子所不应有的权力，像“年选”、“佟选”，可同吴三桂的“西选”相比。年、隆权力的膨胀，是在皇帝允许前提下恃功骄恣的结果，他们的越权，雍正帝是无以辞其咎，他自己多次在上谕、朱批谕旨中自谴自责，对此前面已有所交代，兹再录一端。在给纪成斌的朱批谕旨中，说年羹尧之负恩，“殊令朕愧见天下臣工”。
从隆科多本身来看，隆科多的擅作威福，是储位斗争之后，他们因功自恣和雍正帝赏功放纵的结果。雍正帝杀隆科多的性质，是君主按照君臣关系的准则，收回重臣所不应有的那部分权力。这是君主和大臣的权力分配问题，在传统社会是不断发生的。
雍正帝给予隆科多过分的权力，是自作孽；隆又不善自处，接受并扩大分外权力，是自酿祸。雍正帝惩治隆科多，是保卫和加强君主权力，隆科多之案的所谓欺罔、僭越、狂悖、专擅、奸党之罪，是指控他们擅权，明确他们的一些特权是非法的。
与此同时，强化皇帝的权力。山西按察使蒋泂就年羹尧的专擅，提出“欲杜其流，必防其渐，法制一定，大权不分”的建议。雍正帝回答说：“似汝如是条奏者颇多，朕因践祚不久，耳目未广，知人尚少，诸凡且徇旧典，徐徐自有制度。”一方建言大权独揽，一方表示并非乐于假手于人，奈因登基之初特殊情况所决定，只要条件成熟就改正过来。
在治罪隆科多过程中，雍正帝说了“生杀之权，操之自朕” 的一些话，警告官员不要投靠权臣，务必以忠于君上作为行为准则。通过隆科多之狱，清除了专擅的重臣，雍正帝真正大权独揽了。在长期储位斗争之后，新君权威有限的情况下，容易产生政治混乱，这时强化君权是有益于政治稳定的，所以整治隆科多是必要的，也是有益的，只是将他们置于死地，实在是太残酷不仁了。
在这场君臣权力分配斗争中，双方各有是非，雍正帝作孽于前，后又专事残酷打击，表现了君主权力的绝对性和他本人的残忍性。隆科多结党图利，擅作威福，身败名裂，也是咎由自取。
爱新觉罗·胤禛
有的学者认为这是雍正帝杀人灭口，以免“篡位”的事由年羹尧、隆科多传播出去。
且不说“篡位”之事的有无，就是有，也不存在害怕亲信揭露的问题。年羹尧、隆科多若要自行称帝，以此要挟雍正帝，披露真相，无异于自我暴露，成为前朝的罪人，谁还敢相信他，他们怎么能做这种蠢事；设若要投奔新主人，拿这绝密事件作为见面礼，但又没有另觅新主的迹象和可能，他们当时所处的地位也不可能再发生这样的事情。
汪景祺、钱名世、查嗣庭等人之狱，牵连到年羹尧、隆科多、蔡珽诸大案中，是雍正帝把他们当作朋党而予以打击，从而使他们成为政治斗争的牺牲品，他们的案子也就成为那几个大案的组成部分。然而他们本身并不是政治人物，又不是年羹尧、隆科多、蔡珽的死党，他们的获罪，还是由被解释为攻击朝政的文字所引起，因此基本上是文字狱性质。
过往人们将他们的遭祸简单地视作文字狱，不了解他们同几个大案的关系，因而有认识上的片面性；也有学者指出他们同年羹尧案、隆科多案的关系，但又没有注意到它以文字之祸表现出来的基本性质，似乎也未能将事情说清楚。
看来，年羹尧、隆科多在雍正初年对稳定新朝，推行新政，起过积极作用；雍正帝继位之初纵容他们擅权，而后又专尚打击，虽为强化皇权所需要，但总是一个败政。
