南怀仁是继利玛窦，汤若望之后大清最有影响力的传教士。他和前两位一样，熟知天文历法，堪舆地理，几何数学，还擅长机械制造，尤其是铸造威力巨大的红衣大炮。更令人称赞的是，南怀仁跟他俩一样具有良好的操守道德。
利玛窦凭借着对中国儒家思想的深刻理解，因地制宜地将天主教融入到中国传统文化中，利玛窦和天主教成功扎根于中国，给后来的传教士挣得了开门红。汤若望凭着多尔衮，孝庄，顺治的信任，应有自己的博学多才和西方先进的科技征服了大清皇室。虽然，在“历法之争”中，蒙受灾难，康熙亲政后给予了恢复名誉，对他有很高的评价。
南怀仁作为后来者，先是协助汤若望在钦天监历算工作。“历法之争”中，和汤若望一起被牵连入狱，南怀仁表现出了西方人少有的义气和高尚情操，他不离不弃，为恩师汤若望据理力争。汤若望恢复了名誉后，南怀仁还积极为钦天监同僚的自由和待遇奔走。在康熙的支持下，南怀仁重掌钦天监。
南怀仁的贡献一点也不逊色于利玛窦和汤若望，他有哪些贡献呢？他和汤若望应用西方先进的历法改造了明朝历法，编制成我们现在所用的农历历法。南怀仁把汤若望留下的火炮制造等技术进一步精益求精，发扬光大。制造出了大约600门威力巨大的大炮，他还提高了炮的精度和距离，为大清一统中国做出了贡献。南怀仁制造的火炮，至今犹存，可见质量之好，属于当时最先进水平。南怀仁编纂了《堪舆图说》，这本书比利玛窦的《堪舆万国全图》更为精细和全面。极大地开拓了中国人的视野。
如果说汤若望是康熙的启蒙老师，那么南怀仁就是康熙第一位正式的科技外教老师。南怀仁除了给康熙讲数学知识外，还包括天文，地理，乐理，哲学等西方各种先进的科技知识。南怀仁年老之后，还推荐法国张诚，白晋，葡萄牙徐日升等人最为康熙的老师，让康熙接触到了更多的西方先进技术和思想。使康熙成为学贯中西的有作为的君王。
值得一提是，南怀仁在中俄外交方面也产生了积极的影响。沙俄使者虽然精通希腊文、拉丁文、法文、德文等多种欧洲语言，却对东方语言一窍不通。精通多种欧洲语言，满语汉语都非常娴熟的南怀仁一度成为中俄沟通的桥梁，在此期间，南怀仁做了大量的翻译工作。
南怀仁毕竟是一个耶稣教徒，为了教会的利益，他希望建设从俄罗斯到中国的交通信息，因此把自己掌握的清廷外交活动告诉了俄国使臣，以便俄国更好的了解中国。从后来的尼布楚条约的结果来看，南怀仁并没有泄密。
中俄关系紧张时，南怀仁已经重病在身，无法为中俄谈判效劳。但是，他对会议背景有着清楚的认识，俄国在欧洲四处征战，向出海口突围，所有重兵主力全在欧洲，不可能大规模对东方用兵，因此只能在东方追求贸易利益。他认为大清西有噶尔丹牵制，不希望在东方用兵，导致两头开战，也不需要贸易，只需与俄国势力隔绝，维持边境稳定即可，其重点是蒙古高原和黑龙江流域。他认为中俄两国谋求和平是共同目的，南怀仁去世后，他的同僚加弟子，徐日升和张诚把这种观点继承了下来。
徐日升和张诚在随索额图进行尼布楚谈判时，成功签署了中俄《尼布楚条约》，也忠实地履行了南怀仁的思想。这个条约签订后，东北边疆保持了160年的和平，康熙也兑现了承诺，准许天主教在大清自由传教。彼得大帝认为，徐日升和张诚代表的耶稣会在谈判中偏袒中国，并将耶稣会驱逐出境。
