自从年羹尧被调离抚远大将军调任杭州将军后，官员更看清形势，纷纷揭发他。依托年羹尧而升任首任直隶总督的李维钧连上三疏，说他“挟威势而作威福，招权纳贿，排异党同，冒溢军功，侵吞国帑，杀戮无辜，残害良民”。署晋抚伊都立、都统范时捷、军前翰林院侍读学士怀亲、前川北镇总兵王允吉、原兵部职方司主事钱元昌、副都统董玉祥等先后揭奏年羹尧不法罪状，雍正帝将这些奏疏一一发示年羹尧，令其回奏。
六月，严惩年氏子弟和亲信，年羹尧的儿子大理寺卿年富、副都统年兴、骁骑校年逾削籍夺官，南赣总兵黄起宪、四川按察使刘世奇、原长芦盐运使宋师曾、鸿胪寺少卿葛继孔等人以年党、夤缘年羮尧的罪名，或削籍，或籍没资财，或罚修河工。逮捕胡期恒、桑成鼎、魏之耀、河东运使金启勋、家人年大等人。
七月，大学士、九卿请将年羹尧正法，雍正帝下命革去其将军，以闲散章京安置杭州。又顾及到他的影响大，对他的处置需要进一步动员舆论，于是令地方大员各抒己见，封疆大吏自然看皇帝的脸色行事，争相上疏谴责年羹尧。
广西巡抚李绂斥责年羹尧“阴谋叵测，狂妄多端，谬借阃外之权，以窃九重之威福”，“大逆不法，法所难容”，要求诛戮。河南巡抚田文镜也作出同样的请求。
年羹尧的罪状
雍正帝以俯从群臣所请为名，于九月下令逮捕年羹尧，十一月押解至京，十二月议政大臣、刑部罗列年羹尧大罪92款，请求立正典刑。
这92项罪名，包含大逆之罪5款，欺罔罪9，僭越罪16，狂悖之罪13，专擅罪6，贪黩之罪18，侵蚀罪15，忌刻之罪4。
主要内容为：
大逆之罪5，第一条是与静一道人、占象人邹鲁等谋为不轨，据邹鲁供称：他说年羹尧将位至王爵，年羹尧自云不止于此，五六年后又是光景，并说他住宅上的白气是王气；第二是让他交回朱批谕旨，竟敢仿写进呈，而将原件藏匿；第三是见到汪景祺《西征随笔》诗词讥讪，语多狂悖，不行劾奏；第四为家藏锁子甲28、箭簇4000，又私铸铅子，皆军需禁物；第五是伪造图谶妖言。
欺罔9罪，主要是：擅自调兵捕捉郃阳盐枭，致死良民八百余人，奉旨严查，仍行欺蔽；西安解任时，私嘱咸宁令贿买奸民保留；使幕友18人冒滥军功；家人魏之耀家产数十万金，年羹尧妄奏其没有受贿等。
僭越罪16条：出行黄土填道，官员补服净街；验看武官，用绿头牌引见；会集官员，在龙牌前设床正坐；用鹅黄小刀荷包，擅穿四衩衣服；衣服俱用黄包袱；官员馈送，俱云“恭进”；伊子穿四团补服；凡予属员物件，令北向叩头谢恩；总督李维钧、巡抚范时捷跪道迎接，受之不辞；令扎萨克郡王、额驸阿宝下跪；行文督抚，以在上者自居，写人家的官名和名字；进京陛见，沿途垫道造桥，铺面俱令关闭；坐落公馆，墙壁彩画四爪龙；辕门鼓厅也画四爪龙，吹手穿缎蟒袍；私造大将军令箭，又将颁发的大将军令箭烧毁；赏赐动至千万，命提督叩头谢恩。
13条狂悖罪是：两次恩诏到陕，并不宣读，亦不张挂；奏折在内房启发，并不穿朝服大堂拜送；同城巡抚不许放炮；勒娶蒙古贝勒七信之女为妾；以皇帝所派去的侍卫作仪仗队前引后随，当上马镫使用；纵容家人魏之耀等穿朝服补服，与司道提镇同坐；袒庇私人马德仁，不让甘抚石文焯参奏。
年羹尧
贪婪罪是：勒索捐纳人员额外银24万两，题补官员受谢规银40余万两，收受乐户窦经容脱籍银10万两，私行盐茶，贩卖木材马匹等。
侵蚀罪是：冒销四川军需银160万两，加派银50到60万两,冒销西宁军需银47万两。
年羹尧案的定案与其家人的命运
对于这些罪状，雍正帝说，其中够得上判处极刑及立斩的有30几款，如果还枉法宽宥，则不能彰显国家宪典，服天下人心，但仍表示开恩，不施刑辱，令年羹尧自裁。
雍正帝认为年羹尧的父亲年遐龄和兄长年希尧是“忠厚本分之人”，特别予以宽免——当然按照前面一律革职的规定，他们两人也被革职了，但是年希尧几个月后就复出任淮安关监督和景德镇御窑厂监督，一直为官到乾隆初年。
雍正五年（1727年）五月年遐龄去世，雍正帝下旨按他原来的封爵一等公爵之礼安葬致祭。之前的4个月，可能是为了抚慰病中的年遐龄，之前发配充军的年羹尧的儿子们全部被赦免回京，但是年羹尧子孙不许为官的禁令依旧存在。
年羹尧次子（长子之前已经病故）年富被判斩立决，其余诸子如年兴、年福、年寿、年斌、年秀等，其余15岁以上之子发遣广西、云南、贵州极边烟瘴之地充军，嫡亲子孙将来长至15岁者，皆次第照例发遣，永不赦回，亦不许为官。年羹尧的第二任妻子辅国公苏燕之女因系宗室之女，发还母家。年羹尧父兄、族中现任或候补文武官员，俱革职。
年羹尧的女儿本已经与衍圣公家族定亲，此时婚事自然作罢；年羹尧妹妹的丈夫苏州织造胡凤翚也被革职查办，顶不住压力的夫妻二人在织造衙门自缢身亡。年羹尧及其子所有家产抄没入官，将现银110万两发送西安，补其各项侵欺案件的亏空。
敦肃皇贵妃
年羹尧的妹妹，被封为贵妃的敦肃皇贵妃，也在年羹尧死之前一个多月，在病痛和忧郁中死去。在年妃病重之时，雍正三年（1725年）十一月十五，下旨将贵妃年氏加封为皇贵妃 。年氏亦是雍正朝唯一拥有贵妃、皇贵妃诏书册封的后妃。雍正三年（1725年）十一月二十三日，皇贵妃薨于圆明园，谥号为敦肃皇贵妃 。
年贵妃所诞育三子一女，在雍正元年（1723年）唯留下八阿哥福惠（朱批中亦作福慧，并有曾用名弘晟）。皇贵妃薨逝后，雍正帝便将八阿哥养于身边，以至清宫传教士记载皇帝到哪都要带在小皇子，李朝使臣推测小皇子方是皇帝属意的储君人选 。雍正六年（1728年），8岁的福惠也去世了。雍正帝十分伤心，小皇子葬礼打破清宫幼殇皇子的前例，加入了引幡仪式。而当时年过18岁的弘历和弘昼连贝子都不是。乾隆帝追封福惠为亲王时，就说过：“朕弟八阿哥，素为皇考所钟爱”，证明了雍正帝向来宠爱福惠是弘历等兄弟所深知的。
年羹尧幕府邹鲁立斩，案内朋党胡期恒等人分别罪情，处以不同的刑法。年羹尧接到自裁令后，迟迟不肯自尽，幻想雍正帝或许会看在昔日的情分上下旨赦免他，监刑的蔡珽严厉催促，年羹尧遂绝望地自缢，叱咤一世的年大将军哪里想到会有这般下场。更有意思的是，雍正帝在给年羹尧的最后谕旨中说：“尔自尽斥，稍有含怨之意，则佛书所谓永堕地狱者虽方劫亦不能消汝罪孽也。”这对君臣平日往来文书爱用佛家语言，永诀之时，雍正帝犹用佛家思想说教，想让年羹尧心悦诚服，死而不敢怨恨。
雍正帝在年案之中，使用的是年羹尧的对立面蔡珽。年案开始，涉及直隶总督李维钧藏匿年羹尧家产，作为兵部尚书兼都察院左都御史的蔡珽和内大臣马尔赛奉命往究，查实，将李维钧革职，并由蔡珽署理总督，寻即调回部任，并命为经筵讲官、议政大臣，身兼五六个要职。
蔡珽要把年羹尧往死处整治，故催其速速自戕。蔡珽在年案中得到极大好处，从死刑犯变成部院大臣，雍正帝还把年羮尧在京房屋1所、奴婢225口及金银绫绮首饰衣服器皿等物赏赐给他。
