清廷入关后为了平定南明，大力重用当时投降的汉族军队，当时在攻击永历政权的时候封洪承畴为五省经略统筹指挥战斗，孔有德攻击广西、尚可喜和耿仲明攻击广东、吴三桂攻四川、云南。永历政权被消灭后洪承畴和其他清朝宗室率兵回去，而将吴三桂封在了云南，尚可喜封在了广东，耿继茂封在了福建（耿仲明因罪自杀），死后耿精忠继承爵位，孔有德兵败身死且无后，故不封，此三藩之肇始。
清圣祖为何要裁撤三藩呢？就是因为三藩当时尾大不掉，已经对清朝中央政权构成了威胁，尤其是吴三桂。
首先伤害了清朝中央对地方的管理之权。
当时吴三桂刚刚进入云南的时候，清朝廷为了其用兵方便，给了他极大的权力，不仅云、贵二省督抚都听他的节制，也赋予了他设官用人之权，而且吏部、兵部还不能过问，凡他选定的官吏称之为“西选”。这就伤害了中央的用人权。“方其入滇之始，羽书旁午，朝廷假以便宜，云、贵督抚咸受节制，用人吏、兵二部不得掣肘，用财户部不得稽迟，其所除授号曰‘西选’，西选之官遍天下。”
三藩
第二、严重威胁到了中央财权。
吴三桂在久藩云南后，不断扩充实力，并且挑起边境战事，使中央财政难以支撑。光吴三桂这云南一省就每年消耗九百余万两白银：“部臣奏计云南省俸饷岁九百余万”。再加上福建、广东两个藩王，竟需要两千余万两，对中央财政构成了很大的负担：“天下财赋半耗于三藩”。
第三、吴三桂在封地上不仅兵力雄厚，还大开茶、马互市，从蒙古购入了大量的马匹，积累硝磺等禁物，并且招募死士，“通使达赖剌嘛，奏互市茶、马于备胜州，于是西番、蒙古之马由西藏入滇者岁千万匹。假浚渠筑城为名，广征关市，榷盐井，改矿鼓铸，潜积硝、磺诸禁物，重敛土司金币，厚自封殖。散财结士，人人得其死力。”这种做为哪怕是吴三桂没有反心，哪个中央政权能放心他？
这就是康熙帝为何急于除掉三藩的原因。
