康熙二十七年（1688年），御史郭琇上疏弹劾大学士明珠结党营私，康熙帝顺势将其罢黜，但官方给出的罪名却是贪污受贿。比起索额图的罪来说，明珠明显要小得多，因此康熙并未将他一撸到底，最终还是保留了内大臣一职。
康熙死后被称为“圣祖仁皇帝”，这个“仁”字可谓是对他一生最恰当的评价。康熙这个皇帝是很宽厚的，甚至可以说是过于宽厚了。康熙晚年，实际上吏治腐败，国库空虚，这正是他过于宽仁的结果。这迫使其后的雍正帝不得不一登基就要整顿吏治。
正是因为康熙的宽厚，才让明珠只落得个贪污的罪名。从当时的实际情况来看，康熙拿掉明珠的真正原因并非是贪污，至少贪污不是主要原因，主要原因其实有两点：一点是结党营私，另一点是动摇国本，也就是动摇太子的地位。而这两点又都和索额图分不开。
首先来看明珠结党营私。明珠的结党放在当时的大背景下，那是非这么做不可的。索额图从康熙九年担任保和殿大学士以来，一直到康熙十九年被明珠挤兑下台为止的这十几年时间内，索额图其实是朝廷第一重臣。而明珠作为后来者，无论出身、权势、地位都远不如索额图，为了增强自己的实力，他不得不结党。如果不这么做，他根本挤不掉索额图，而且还有性命之忧。
可要是说结党营私，明珠还比不上索额图。他掌权十年，所建立的党羽势力根深蒂固，加上他为人嚣张跋扈，因此很不讨康熙的喜欢。康熙曾召索额图等至乾清门，历数朋党之祸。这个讲话内容其实是针对索额图的。
然而，当康熙将索额图赶出朝堂之后发现，其实明珠结党也很严重，因此在康熙二十五年又命索额图为领侍卫内大臣，让他来牵制明珠。在这个关键时刻，就出现了另外一个问题，就是皇太子胤礽的问题。
胤礽是的母亲是索尼的亲侄女，也就是说，索额图是胤礽的叔祖父。因此自然而然的，索额图就成了太子一党的领袖。而明珠呢，虽然对胤礽个人并未太大成见，但由于他和索额图势不两立，这也导致了他必须与太子胤礽敌对。道理非常浅显，如果胤礽以后当国，索额图必定是第一宠臣，而他明珠将会死无葬身之地。
因此，明珠没有选择，只能与太子为敌，只能想方设法不让胤礽继承皇位。在《清史稿·明珠传》就说：“索额图善事于皇太子，而明珠反之，朝士有待皇太子者，皆阴斥去。荐汤斌傅皇太子，即以倾斌。”
虽说明珠是在没有选择余地的情况下和胤礽敌对，可是对于康熙来说是无法接受的。因为康熙对太子胤礽还是十分看重和疼爱的，在赫舍里去世后不久，康熙便立仅为一岁又七个月大的胤礽为太子，不仅亲自教育他，还请了张英、熊赐履、李光地等当朝名士做他的老师。可以说，康熙对胤礽是寄予了很大的希望的。
正是因为如此，康熙帝对明珠公然与太子为敌的行为十分愤怒。事实上，不仅康熙无法忍受，就是稍微有一点头脑的皇帝也不能忍受臣子如此的胆大妄为。对于臣下来说，太子也是君，颠覆太子的地位在某种意义上来说就等于谋反。历朝历代，凡是关系到国本，那些聪明的大臣都不会过多地卷入其中。因为做好了是大功，而做不好就是大罪。
明珠倒台的主要原因就在于这件事上，吊诡的是，一直扶持太子的索额图同样也是倒在了这件事上。所不同的是，明珠是因为反对太子而被罢黜，而索额图却是过于拥护太子而被罢黜。
因此，我们可以得出结论，康熙之所以要那拿掉明珠，一是因为结党，二是因为他站在太子的对立面，第三才是因为他贪污受贿。所幸，明珠遇到了一个仁厚的君主康熙。不用想，如果明珠出现在雍正朝或是乾隆朝，那么杀头抄家是无论如何也躲不过去的。
