自雍正七年创立军机处后，一直到清王朝灭亡，军机处共经历了近两百年的历史。在这段时间内，军机处成为统治集团的决策中枢，虽清代不设宰相，但在人们的眼中，军机大臣就是真宰相。然而，令人不解的是，从雍正朝一直到宣统朝，军机处为何一直没有一个正式的名分。
军机处的建立，在中国政治制度史上可谓是一个创举。作为皇权的附庸，它将专制皇权推向了史无前例的巅峰。军机处的建立，使得原来作为行政中枢的内阁和议政王大臣会议被贬抑为闲曹，大学士虽居高位却没有实权，成为无公事可办的荣誉头衔。
军机处成立后，整个国家的政治运作体制发生了改变，由原来的内阁承旨，六科封驳，公事用题本内阁承办、私事用奏本直达御前的方式，改为皇帝亲书谕旨或口授，军机大臣承旨批谕径自廷寄各地。中央和地方官署的本章，经内阁阅看，附以意见后，仍要交给军机处送给皇帝审议。这样，皇帝的旨意就被无阻碍地贯彻下去，不受监督，不受约束，不受朝臣的掣肘了。
雍正帝肯定对自己的这个创造十分得意，他完全摆脱了那些令人生疑的朝臣们。与内阁相比，军机处至少有三大优点：
一是“简”。它机构简单，人员少，只设军机大臣和军机章京。前者是兼职，俗称“大军机”，多从大学士、尚书、侍郎中选任，人数并不固定。他们虽有领班和一般大臣之分，但没有隶属关系，各自对皇帝一人负责。后者是大臣的僚属，负责满、汉文字工作，俗称小军机。整个机构最多时不过三十四人，并且“有官而无吏”。由于成员都是由中央各衙门特别选进的，如不称心，随时可以罢职回到原来衙门，因而省去了不少繁文缛节。
二是速。军机处办事效率极高，省却了以往各衙门辗转交送的时间并且当日事当日毕。奏折经批复后，或明发上谕，或廷寄，皆于当日完成，未有延误一日者。廷寄的速度相当之快，有“马上飞递”日行三百里，日行四、五、六百里以及日行八百里等之别。皇帝的意志因此毫无阻滞地直达地方。
三是“密”。军机处地居宫禁，不易受到外界的干扰，并严禁外官擅入值庐。就是负责送水、打扫的太监，都是15岁以下且不识字的太监担任。军机大臣都是皇帝的亲信，他们入值时，太监不得在侧，起草诏旨，也严格限于值房之内。军机处用印，也要严格按照程序进行，用毕马上交还。
正是有了上面三个优势，军机处一经设立便功效卓著。其中的妙处，正像清末御史张瑞荫所说：“内阁之制，在前明有严嵩之奸，张居正之专擅，周延儒、温体仁之邪佞倾国。及至本朝，乾纲自秉，旧染一新。然以圣祖仁皇帝之天禀聪明，犹有鳌拜、明珠、索额图之小作威福。自设军机处，名臣贤相不胜指屈，类皆小心谨慎，奉公守法……”
因而，皇帝对军机处成员不吝赏赐，或是绫罗绸缎，或是时鲜果蔬。每日入值的大臣、章京都有膳房供饭，备受恩宠。然而，奇怪的是，终清之世，这样一个权大威重的机构在法律上，一直不是正式的国家机构，也没有独立的衙门。
光绪《大清会典》只称其为“办理军机处”，军机处大臣为“内廷差使”，只有值庐，并无衙署。自从雍正时期创立后，军机处被各位皇帝有意识地发展完善，成为一代定制，甚至越来越具备了行政中枢的职能。然而从结构上看，军机处始终更像是皇帝的私人秘书班底。这当然与雍正帝设立军机处的初衷有关。
军机处的出现既然与清廷用兵有着密切关系，并且冠以“军机”之名，自然带有强烈的临时色彩。而它所承担的工作在庞大的政权机构中均有专门的部门负责，这些机构上千年的政治实践演变而来的，雍正和他的后人并没有足够的理由另起炉灶。
事实上，法定的中枢机构一直是内阁，而军机处则是糅合了智囊团、贴身秘书及行政中枢多种功能的混合物，带有强烈的御用机构色彩。单就军机大臣一职而言，并没有多么崇高的地位，因为最早担任军机大臣的张廷玉，在自陈履历时，绝口不提军机大臣之职。
军机处自诞生后，就逐渐代替了议政大臣会议和内阁，而承担行政中枢之责，更为重要的是，清代的皇帝丝毫没有感受到它的威胁。反而成了皇权的御用工具，成为专制集权发展到新阶段的一个重要标志。也许，不将军机处“扶正”，让它没有名分正是皇帝控制它的妙处所在。
