光绪二十四年（1898）的六月中午，帝师翁同龢看到光绪“午正二驾出，余急趋赴宫门，在道右磕头。上回顾无言，臣亦黯然如梦，遂行。”《翁同龢日记》翁同龢看着被他从小带大的学生光绪帝的冷漠表情后，至此师生几十年的关系彻底决绝，一手被翁同龢教育长大的学生竟然如此冷漠，让翁同龢恍然如梦。
也就在前一天，翁同龢接到谕旨勒令退休回家的谕旨：“协办大学士翁同龢近来办事多不允协，以致众论不服，屡经有人参奏，且每于召对时，咨询事件任意可否，喜怒见于词色，渐露揽权狂悖情状，断难胜枢机之任。本应察明究办，予以重惩，姑念其毓庆宫行走有年，不忍遽加严谴，翁同龢着即开缺回籍，以示保全，钦此。”
后世围绕到底是慈禧还是光绪罢免翁同龢问题不断展开讨论，然而从现存资料和光绪对其师的决绝态度来看，罢黜翁同龢的人就是光绪本人，只不过慈禧未对此事持有立场而已。
从根本上来讲，保守老迈的翁同龢已经难以跟进光绪的热血改革步骤，而作为皇帝的老师与皇帝本就亲密无比，在关键问题上难免敢于与光绪公开对立，甚至是严重冲突。光绪打算重用长期在总理各国事务衙门任职，又曾出使美、日、秘三国的张荫桓时遭到了许多大臣的激烈反对。光绪不为所动，坚决要重用康有为这个老乡，叫翁同龢出面“推重力保”，意图扫清障碍。不料翁同龢却不配合，就是不肯推荐张荫桓，以至于和光绪进行长时间顶撞“臣据理力陈，不敢阿附也。语特长，不悉记。”以此可以想见，顶撞光绪的激烈程度。
另外一件事就是关于光绪如何会见外国使节使用的礼仪问题，光绪批准外国使臣的车马可以直入禁门时，遭到翁同龢激烈反对。同年，德国亨利亲访问北京，光绪帝打算在毓庆宫接见，同时批准其成轿进入华东门，仍然受到翁同龢反对，以至于惹得光绪帝“盛怒”，逐条驳斥翁同龢的意见，并且借斥责刚毅为名发泄对翁同龢的强烈不满。（《翁同龢日记》）
虽然师生有着超乎寻常的情谊，然而随着光绪对革新的强烈期盼，这个守旧的老师再也难以成为他的支撑力量，甚至成了他的绊脚石。
站在帝国的角度，亢进急于变革的光绪急于摆脱落后国家虚弱状况，但是他要革新却没有太多支持和理解他的人，包括他的老师。从光绪的性格来看，小时候在慈禧面前乖乖的如同小猫，但是对身边的太监们动不动就进行体罚，甚至自己亲自动手，偏执性格曾被翁同龢形容为“圣性如此，令人恐惧”。作为帝师的翁同龢对这个学生依旧当做小孩子来看，如同长者关爱年轻人一般，凡事力求固态平稳，生怕一个过激举动造成震荡。很大程度上，翁同龢对光绪的不断劝言和反对变成了对光绪的掣肘。
胶州事件发生后，光绪命翁同龢前往德国驻华公使馆谈判，但翁同龢坚决拒绝，第一次，翁说“此举无益”，第二次，翁称“未敢奉诏”翁抗辩的态度让许多臣僚惊讶：“同任讶余之憨”。最后恭亲王奕䜣进行斡旋，只好改派李鸿章和张荫桓前往，对类似这样的事情光绪一忍再忍。这也解释了为什么在开缺翁同龢时“近来办事多不允协”的缘故。然而，如果此事没能经慈禧批准绝对不可能办到，慈禧手中掌握一品大员的绝对任免权，更何况是大学士一类的高官。
根据《清代起居注册》和《德宗实录》等史料记载，光绪和慈禧太后分别再紫禁城和颐和园两处，光绪早朝之后需要去御和园给慈禧请安，翁同龢也赶去，慈禧还关心问翁同龢：“远来饭否”且要翁同龢“且下去饭”。第二天，光绪便颁发将翁开缺回籍的上谕，显然，正是这次光绪与慈禧的会晤，最终达成一致将这个已经不再顺手的老师赶回老家，让几十年陪伴的翁同龢感觉“黯然如梦”，此后光绪在激进之中，逐渐走向了悲剧的路线。
