中国北方草原上，蒙古族有两种来源，草原百姓（东部蒙古）和林中百姓（西部蒙古）。南宋时期，东部蒙古崛起，成吉思汗建立了庞大的蒙古帝国，此时西部蒙古成为蒙古帝国的一部分，被划分为四个万户。
明朝时期，元朝的后裔称为本部蒙古，即鞑靼，西部蒙古这一部分称为瓦剌。明朝初期，鞑靼和瓦剌都曾臣服，几十年后，瓦剌入侵，土木堡之战俘虏了明英宗。
明末清初，本部蒙古分化为漠北蒙古和漠南蒙古。清朝采用和亲、封王的办法分化拉拢，使这两部分蒙古成为满清的盟友，进行了有效控制。
明朝时期，瓦剌部在蒙古鞑靼部打击下，向西迁移改称为卫拉特部，下分为准噶尔部、和硕特部、土尔扈特部和杜尔伯特部四部，也称为漠西蒙古。分布地区北至额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游地区，南至天山，东到阿尔泰山和蒙古杭爱山分界线，西包巴尔喀什湖地区。
十七世纪，准噶尔部统一了漠西蒙古4部，并征服了察合台汗国，建立准噶尔汗国。其疆域北接额尔齐斯河、鄂毕河、叶尼塞河上游，南到西藏阿里地区，西包巴尔喀什湖，东至蒙古萨彦岭及色愣格河流域，面积达500万平方公里。
清朝建立初期，准噶尔汗部称臣。康熙十年（1671年），准噶尔部首领噶尔丹，不断用兵扩张地盘妄图统一全蒙古，重建大蒙古汗国。康熙二十九年（1690年），噶尔丹率精锐骑兵3万打到离北京仅700里的内蒙古乌兰布通，严重威胁到清朝的安全。康熙皇帝亲率大军与准噶尔军队决战，清军凭借大炮轰击，大败准噶尔军队。
康熙三十五年（1696年），准噶尔部集合3万骑兵进犯，康熙皇帝率10万清军分路出击，在昭莫多地方（今蒙古国乌兰巴托东南）将准噶尔军队阻截包围，几乎全歼噶尔丹的精锐部队。此后，康熙时期，又多次与准噶尔作战。
雍正十年（1732年）额尔德尼昭之战后，清朝与准噶尔之间暂时和平。然而直到乾隆时期，准噶尔部依然不断扩张，成为清朝的最大外患。
乾隆十年（1745）准噶尔汗王去世后，上层为争夺汗位内乱不断。1753年，达瓦齐在姑父阿睦尔撒纳的帮助下夺得准噶尔汗位。得到汗位后，达瓦齐和阿睦尔撒纳不和，阿睦尔撒纳战败率残兵2万人降清，卫拉特蒙古多个部落先后归附清朝。
准噶尔的内乱使清朝掌握了准噶尔内部情况，乾隆二十年（1755年）2月，清朝发兵5万兵分两路，直捣伊犁。清军征达瓦齐途中，准噶尔“大者数千户，小者数百户，携酮酪，献羊马、络绎道左，行数千里，无一人抗颜者”。汗王达瓦齐兵败被押送至北京，乾隆免死加恩封为亲王，入旗籍，赐地京师，从而初定了准噶尔部。
清朝分封卫拉特诸部汗王，以分化其势力。此时，阿睦尔撒纳又起兵反叛，杀死留驻伊犁的清朝官兵，企图统一卫拉特蒙古。乾隆二十一年（1756年），清朝出兵平叛，阿睦尔撒纳不敌四处流窜，1年后死在俄罗斯。
乾隆二十二年（1757年），清军完全控制了天山南北两路。然而剩余的准噶尔人仍坚持抵抗，使清军损兵折将。乾隆皇帝认为其“豺狼成性”，下令将叛乱部落尽行剿灭，“永绝根株”。《清高宗实录》和《平定准噶尔方略》记载，乾隆谕令前线将领：“必应全行剿灭，不得更留余孽”。
平定准噶尔后，清朝先将反叛首领押送到京师；然后将部众从新疆伊犁押送东迁，在新疆巴里坤草原到甘肃肃州之间区域，分批进行屠杀，仅留下妇女儿童。清军中有大量漠北蒙古和漠南蒙古人，他们对准噶尔人恨之入骨，成为这次屠杀的主力。几十万准噶尔人被杀，妇女儿童被分配，没有参与反叛的部落被编入八旗，准噶尔蒙古人从此灭绝。
从康熙十年（1671年）开始，清朝经80多年征战终于平定了准噶尔部蒙古，将西域纳入中华版图，称为新疆。乾隆平定准噶尔部，扩大200多万平方公里疆土，把此战列为他一生10大功之首。
平定新疆后，准噶尔蒙古人从此灭绝，北疆人口匮乏。1762年、1763年，清朝分两次调防张家口外察哈尔蒙古官兵至新疆，又将东归的土尔扈特蒙古和硕特蒙古安置在新疆。1764年，满族、达斡尔族、锡伯族等被从东北调遣到新疆伊犁、塔城一带驻防。这以后，新疆汉族人口大量增加，成为农业开发的生力军。
明初，几十年时间征服了蒙古瓦剌和鞑靼，但未能根除，整个明朝时期，蒙古都是大患。
满清通过和亲和封王征服了漠北和漠南蒙古；从康熙到乾隆，80多年时间终于根除了卫拉特诸部蒙古。从此，整个蒙古草原和新疆，都被清朝有效统治。
