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万历十年（公元1582年），来自意大利的耶稣会传教士罗明坚、利玛窦抵达肇庆，掀开了近代天主教传入我国的序幕。到清兵入关之时，天主教入华已经82年之久，著名传教士汤若望、郎世宁通过编制历法及绘画，获得清廷信任，天主教得以迅速发展，甚至在京师郊外有了多座教堂。
而在中国南方，早在崇祯四年（公元1631年）1月2日，多明我会高奇神甫就从西班牙殖民地菲律宾抵达福建北部的福安，正式开始对中国传教，在当地农村发展了大量信徒。2年后高奇神父去世，更加保守的黎玉范神甫接替了他的传教任务。面对先进入中国传教的耶稣会教士，黎玉范颇为嫉妒，于是特地赶到罗马向教宗英诺森十世打小报告，指责葡萄牙的耶稣会对中国信徒过于宽容，竟然允许后者尊孔祭祖，由此引发了抗日持久的“礼仪之争”。
康熙三年（公元1664年），耶稣会在清朝各地已建立150余座教堂，教徒多达25万人之多。次年钦天监监正杨光先为获得皇帝青睐，撰写《辟缪论》对汤若望大加攻讦，不仅批评其历法不准，还诬陷后者图谋不轨。此时的顾命大臣鳌拜正好不满于外邦人士参政，于是公开支持杨光先，汤若望因罪下狱，天主教也随之受挫。
康熙皇帝扳倒鳌拜后，重新启用南怀仁、安文思等外邦人士。其中南怀仁利用西洋小发明献给康熙，并对清朝的相关物品加以改进，重新建立起天主教士的声望，并利用该基础为汤若望平反。随着康熙皇帝下诏对天主教解禁，康熙初年因此成为传教士的蜜月期。随着双方交流加深，文化差异带来的矛盾日益凸显。
当初利玛窦抵达北京时最初自称“西僧”，但他很快就发现中国文化由儒家掌握，因此他认为想要在中国传教，必须要从士大夫着手，于是改称为“西儒”，研读四书五经、穿士大夫服装。针对“夷狄之分”，他还积极向人们介绍天文、数学、地图等知识，以表明自己绝非“蛮夷”。然而这些都是细枝末节，关键在于中国对祖先的崇拜完全违背教会的要求。
为迎合传统士大夫阶层，利玛窦宣布祖先崇拜只是表达对祖先尊敬的世俗仪式，只要不掺杂祈祷等成分，并未违反教义。同时他又主张将神译为“天主”，因为“上帝”一词早已存在于中国的古代典籍之中。此后耶稣会教士均按照利玛窦的方式行事，虽关于“礼仪之争”有不同声音，但都属于内部讨论。然而在黎玉范打小报告导致罗马教廷介入后，“礼仪之争”陡然升级。
事实上，“礼仪之争”早期只是纯粹的学术问题，并未演化成重大政治议题。但随着各教派在中国的竞争加剧，纷纷向教廷寻求支持，这才导致事态愈发严重。黎玉范返回欧洲后，向教廷提出了17个问题，包括是否允许中国信徒祭孔、祭祖，信徒尊拜孔子时是否可用“圣”字，教徒是否能称呼皇帝为“万岁”“天子”等。
教皇英诺森十世于是发布通谕，明确要求信徒不得祭祖祭孔。然而10年之后，新任教皇亚历山大七世又采纳了耶稣会教士的申辩，允许中国信徒们参与祭孔，此后历任教皇对此颇为反复，但一直没有修改亚历山大七世颁布的通谕，各方维持着表面上的妥协。
然而到了康熙三十二年（公元1693年），福建主教阎当公开禁止教徒沿用中国礼仪，争议被迅速扩大为清朝与梵蒂冈之间的政治斗争。梵蒂冈方面，于康熙四十年、五十八年先后派两名特使来华，但都以失败告终。针对清朝的反制，新任教皇克雷芒十一世即位之初就发布了详细的禁约，要求中国信徒除赞美天主外不得使用“天”“上帝”等字，“敬天法祖”之类的牌匾一律不得悬挂。
此外在春秋二季，信徒们不得担任主祭、助祭，不得参与祭典，甚至不能站在旁边观看。凡是入教官员、进士或举人，一律不得入孔庙行礼。对于祖先崇拜，教廷要求信徒不得进入任何祠堂，不得祭扫、不得凭吊，牌位上不得写“灵位”二字，否则将被逐出教会。
此令一出，更激起康熙皇帝的愤怒。康熙四十四年（公元1705年），教廷特使多罗前往南京发布该禁令，结果被康熙皇帝亲自点名收押，随后转交给澳门的葡萄牙人看管，5年后多罗逝于狱中。两年后，康熙皇帝派法国传教士艾若瑟出使罗马教廷，对多罗来华、中国及西洋礼节等详细交涉，但教廷仍不退让，于是康熙皇帝禁止洋人传教。
无奈之下，教廷特使嘉乐附加了八条变通之法，准许供奉祖先牌位，但只能写姓名，不得带有“灵位”字样；准许参加葬礼、扫墓、祭孔等仪式；准许在符合要求的牌位前叩头；准许焚香点烛，但要声明只是理解而非迷信等。然而到雍正十三年（公元1735年），教宗本尼狄克十四世重申禁约，于是此后历代皇帝均执行禁教政策，直到咸丰八年签订《天津条约》才再次放开，但那都是后话了。
