关于顺治之死，史书上记载的非常明确，即于1661年去世，享年24岁。
《清史稿》：
十八年春正月壬子，上不豫。丙辰，大渐。赦死罪以下。丁巳，崩於养心殿，年二十四。
根据史书记载，由于顺治曾有出家念头，加上染上天花病毒，所以死后尸体就被火化，骨灰罐葬于遵化马兰峪，是为孝陵。
然而在20世纪初，北京挖出一具干尸，考古发现令人不解，让顺治之死变得朴素迷离了起来：难道顺治约死于康熙40年？
2006年，在北京石景山玉泉路施工现场，施工人员无意之中挖出了一具干尸，考古专家对干尸研究之后，却认为这可能就是顺治尸体。
一，干尸为何身穿龙袍？学者研究之后确认，这一具干尸身上的衣服，就是清朝样式的龙袍，并非仿制品。而且，陪葬品中，不仅有御制龙袍，还有清朝皇家御用珍宝东珠。
二，棺椁中写道“皇清诰授中宪大夫拙吾黄公之灵柩”，但“黄拙吾”却史上无名，因此“黄拙吾”可能应该是“吾拙黄”，即“我是一个被废黜的皇帝”。
三，专家对其相貌复原之后，发现与康熙极为相似。
从这一些证据来看，不少专家认为这一具干尸很可能就是顺治尸体，因为顺治情况与之较为符合。另外，龙袍干尸是北京唯一一具挖掘出土的干尸，2009年8月20日首次对外展出，便引起轰动。
那么，从史书记载来看，存不存在这一可能性呢？令人意外的是，翻阅这一段史书记载之后，还真是疑点重重！
1659年，玉林琇入京面见福临。福临当即封他为“大觉禅师”，并以禅门师长礼待玉林琇，自称弟子，并请求他起法名。但这一行为，却遭到孝庄太后等人的强烈反对，原因很简单，大清根本还没坐稳江山，尤其1659年郑成功北伐，差点就攻克了南京。一旦郑成功攻下南京，那么清朝就将失去南方地区，没了南方赋税支持，清朝能否维持下去，都会成为问题。所以，以孝庄为首的势力对顺治这一举动非常不满。
1660年，顺治最喜欢的董鄂妃去世，这对顺治打击很大。于是，政坛和情场的双双失意之下，顺治在1660年9月之后，正式剃度成了光头天子。
1661年正月初七，顺治突然就去世了。
然而，顺治之死却有不少疑点，比如：一，为何24岁就去世？二，顺治遗诏共14条，每一条都是彻底否定他最光彩的决策，比如未能遵守祖制渐染汉俗，重用汉官致使满臣无心任事等，让后人充满怀疑，这是顺治还是孝庄的意思？三，顺治死后是被火化，而非保存尸体，在历朝历代中极为罕见，为何要火化？
总之，从史书记载来看，顺治之死的确疑点重重，在清朝最有争议（其他皇帝之死相对都很明确），所以才有猜测认为这一具干尸真实身份就是顺治。
不过，北京石景山发现的这一具干尸，却有三点又让人怀疑这一结论：
墓中有“康熙通宝”钱币，证明这是墓主死于康熙年间。
专家复原干尸之后，认为死者为60岁上下。
干尸没有辫子，而是盘着的发髻。
既然如此，这具干尸还可能是顺治吗？其实，不妨大胆设想一下：顺治无心为帝之后，孝庄无可奈何，只能将他废除，然后立康熙为帝，但为了掩盖这一丑闻，于是就将顺治火化，代表顺治彻底驾崩了；只是，真顺治并未死亡，而是以“道士”身份又生活了40余年，在康熙40年左右去世，因此康熙给他一个龙袍衣着和“黄拙吾”的假名。
关于干尸头发之事，根据史书记载：顺治剃度之后，很快就再度蓄发，暂时罢了出家的念头；此后，顺治有一个“痴道人”的道号。因此，顺治最终可能不是做了和尚，而是做了道士。另外，如果顺治之死是孝庄的一个阴谋，那么为了瞒天过海，最好的方式就是安排顺治做道士，而非做和尚（因为顺治之前剃度广为人知）。
总而言之，虽然没有100%证据的表明石景山干尸就是顺治，但从史书和考古发现来看，最可能的身份就是顺治。
