继位后他掀起的第一阵波澜是他同首相俾斯麦的冲突。俾斯麦是三世老臣，帝国的缔造者，他瞧不起威廉，认为小皇帝乳臭未干，年轻气盛难以成大事。为了继续把握帝国大权，巩固和加强自己的权利。威廉二世过去对俾斯麦十分崇敬，但此时他感到这个老头子已经是帝国的障碍，自己要做"威廉大帝"，非踢开这块绊脚石不可。威廉二世虽然没有统治经验，但凭直感认为，需要尝试一种新方法来加强自己的权力。
到了1890年的时候，君臣冲突终于摊牌了。较量结果毫无疑问是俾斯麦败北。1890年3月18日俾斯麦被正式免职。依照帝国宪法，皇帝成为帝国最高权力所有者，有权指挥军队和解散国会，也有资格不受国会的约束，任命和罢免首相。这种状况使得容克和各势力集团通过皇帝对内政和外交施以无形的影响。可以见得，在威廉二世统治下，德国政府机构被搅得混乱不堪。
普法战争后，德国迅速从一个农业为主的国家发展成为一个重要的工业国。威廉二世执政时期正是德国工业突飞猛进、蓬勃发展时期。第二次工业革命的成果在德意志的土地上遍地开花，各种现代化工厂如雨后春笋般出现。从1895年至1911年，德国工业总产值增加一倍，德意志迅速成长为一个工业强国。
过去，俾斯麦的着眼点在欧洲。他顽强的政治手腕谋求保持德意志帝国在欧洲的霸主地位。到了威廉二世的时代，全世界都被几个大国瓜分殆尽了，德国虽然拥有强大的工业和军队，但殖民地却少得可怜。当时有一种理论认为：欧洲强国同时也必须是世界强国，否则就失去自立。二十世纪初美日俄相继崛起，这种理论更加盛行了。到底谁是未来世界的主宰？一种强大的诱惑力刺激着这个"雄心勃勃"的德国皇帝。于是，威廉二世疯狂地谋求帝国的扩张。
威廉二世和他的谋士们认为，向海外发展，必须建立强大的海军，以便同英国展开重新瓜分世界的决斗。他狂妄叫嚣："德国未来在海上，掌握在我们手中"。在发展海军方面，梯尔皮茨起了举足轻重的作用。他是个天才的组织家和煽动家。1897年他当海军部长以后，为营造舰艇计划能在国会通过，进行了大量舆论宣传。
1898年的时候，这位德意志皇帝通过了为期20年的海军扩军计划，德意志的军舰一时间在波罗的海和北大西洋上纵横，这让原本的海上霸主英国感受到了巨大的危机。威廉二世还策划着将非洲也揣进自己的口袋里，随之与法国争夺北非。1905年和1911年两次"摩洛哥危机"都达到了战争的边缘。威廉二世还制定了所谓的"3B计划"，企图将柏林与中东相连。
威廉二世推行霸权政治，逐渐使德国在外交上孤立起来。早在1901年，美国著名历史学家亨利·亚当斯就写道："德国是个火药桶，所有邻邦都吓得发抖，因为它总有一天会爆炸"。当年，为了德国自身安全，俾斯麦采取拉拢英俄，孤立法国的策略。但威廉二世执政后，改弦更张，不但要称霸欧洲大陆，而且要称霸世界，野心勃勃，咄咄逼人。特别是德国大力发展海军和修建巴格达铁路，威胁了英国这个"海王"的利益，迫使英国倒向法俄联盟一边。
两大军事集团在接下来的五六年中进行了激烈的扩军备战，到了1914年，巴尔干的火药桶终于被萨拉热窝的枪声引爆。1914年8月，世界大战爆发。8月4日，威廉二世在国会发表煽动性演说，号召举国上下团结一致，不分党派，不分社会等级和宗教派别，全体德意志民族团结起来，用不屈的意志，纯洁的心和双手握紧利剑，以昂扬的斗志面向敌人。
威廉二世未曾料想到的是，随着大战开始，"威廉时代"也就终结了。战吋德国是将军们当政。作为皇帝，威廉二世虽然名义上是德国军队的最高统帅，但他对战争毫无了解，根本没有能力掌控战争的进展，也无力用皇权平息国内军方和政界的矛盾。随着战争的进行，军队的权力逐渐压过了政界，兴登堡和鲁登道夫几乎架空皇帝，成了德国政治舞台的实际主宰者。兴登堡对皇帝还表示某种尊重，而鲁登道夫则是用命令的态度对待皇帝。
1918年，德国在战场上的处境极端困难，已到了山穷水尽的地步。统治集团长期欺骗本国人民，谎报战绩。一旦人民知晓德国不但胜利无望，反而要沦为战败国时，反战声浪更加高涨，失望和愤怒情绪笼罩整个德国。3月23日，美国总统威尔逊通知德国政府，协约国拒绝和皇帝打交道，德皇必须退位。11月革命的风暴很快席卷全国，人民群众和各界人士纷纷要求皇帝下台。威廉二世张皇失措，急忙从柏林逃到德军设在比利时斯巴的大本营，他觉得在那里更安全些。直到此时，他还不想退出政治舞台。11月9日是具有戏剧性的一天，先是帝国最后一任首相马克斯亲王从柏林来电，要求皇帝退位。接着，兴登堡也来敦促威廉二世退位，并告诉威廉二世所有的国内军队已经倒戈，政府已经无权。
威廉二世不相信军队真会背叛自己这个"最高统帅"，还想拼命挣扎，他一会儿说要派忠于自己的军队进军柏林，镇压革命。一会儿又说自己要战死沙场，杀身成仁。他无论如何不想退位，至少也要保留普鲁士的王位。正当他签署发往柏林的电报时，传来消息，马克斯首相已经用急电向全世界宣告皇帝和皇储已经退位。威廉二世异常气恼，高叫："背叛，背叛!"但第二天凌晨，他还是和儿子逃往荷兰。
威廉二世在荷兰避难，引起荷兰人民和政界人士的强烈抗议。只是因为荷兰女王的丈夫亨利亲王是德国人，又与他有姻亲关系，威廉父子才得以在多恩的别墅栖身。但他们还是坐卧不安，担心交付战胜国审讯。威廉二世命令随从备好衣着、车辆，时刻准备乔装亡命他国。战胜国曾一再要求引渡德皇，但都被荷兰女王拒绝了。
在幽居中，威廉二世整天以伐木作为消遣。他幻想复辟，扬言未来的德国皇帝必定是他的孙子。在他的著作中竭力为自己在德国执政和世界大战期间的罪责开脱，把所有罪过都推给他人。1941年3月4日，82岁的威廉二世病死在荷兰的多伦。逝世前一天，随从向他报告纳粹德国军队攻占克里塔岛的消息。他躺在病榻上，脸部浮视一丝笑影并喃喃自语："我的军队，我的军队……"
