湘军自九江惨败后，便将部署在九江的防线回撤，退守南昌。咸丰二年正月初二，太平军突然大举进攻樟树镇，被刘于浔麾下的江西团练武装击退。湘军大将率部从新淦（今江西新干县）回援樟树，在瓦山一带遭遇太平军，旋即与其展开激战，将太平军击败。
正月初七，湘军水师将领彭玉麟在樟树赣江中大败太平军水军，斩获无数。
二月初八，曾国藩得知太平天国翼王石达开统军由吉安折回临江，有数千兵力，战船200多艘，屯扎在永泰一带。几天后又侦察到，太平军欲从沙湖渡江而东，到东岸后兵分三路夹攻湘军。永泰、沙湖到樟树都只有40里路程，敌军很容易攻过来，守军却很难退走。不远处的新淦驻扎了大量太平军，可走小路经丰城来偷袭湘军的后路。曾国藩还探知太平军在横梁、荷湖各部署有3、4000人马驻守。
2月13日，太平军哨骑到樟树镇的河堤上刺探清军动向。彭玉麟发觉后， 率水军击走了河边的太平军侦查小队。步卒赶到后，又驱逐了河堤上的太平军哨骑。14日，曾国藩分兵一部驻守大桥，以防备荷湖方向的太平军。还派遣水军战船驻泊在临江的河口，以防止太平军战船下窜威胁湘军老营的安全。
周凤山亲率5营陆师与水师战船齐头并进开到横梁。天刚破晓，湘军已经走过樟树镇好几里，到达一个叫狗颈堤的地方，见太平军约5000人分为四路，一路屯扎在河桥，一路屯扎在河堤的左边，另两路埋伏在河边的沙洲上，严阵以待。周凤山急忙分兵一部迎战左路太平军，自己亲率主力去堵截据守在桥上的那股太平军。彭玉麟不见贼船踪影，便下令水军弃船登岸，配合周凤山的陆师共同进剿，以免步军腹背受敌，一时间枪林弹雨，杀声震天。
都司毕金科、李新华率部攻击沙洲里的两路太平军。太平军为了集中力量，四路合为一路，与清军展开激烈搏杀，多次击退清军进攻，但清军人多势众，又凶悍顽梗，志在必得，最终大破太平军，太平军死伤惨重。
16日，石达开率10万大军攻占了横溪、香溪等地。周凤山打探到太平军欲发动全面进攻的消息， 便想率领得胜之师乘势迎战敌军。17日辰时，彭玉麟率水师分路迎战。越过樟树镇后，忽见3000多太平军正由狗颈堤进入香溪。湘军西路各营将士奋勇冲杀，太平军正埋头赶路，猝不及防，一下被击倒百余兵卒，其余的溃散，仓惶间， 器械、军旗被扔的遍地皆是。堤坝上、河边还有两路太平军，彭玉麟一声令下，水师舰船枪炮齐鸣，太平军死伤颇重， 余众退走。
湘军陆师进逼香溪时，忽然与太平军主力遭遇，双方旋即展开血战。都司縢国献、周岐山率部从右边冲杀过来，击溃了一路太平军。湘军正在追剿四处溃逃的太平军士兵，从大山的左边突然冲出大队太平军。守备岳炳荣、千总黄玉芳部被太平军迅速摧垮，縢国献、周岐山等只好率右路军回援，极力堵截太平军。不料太平军大队人马从后面源源不断地蜂拥而至，双方你来我往，鏖战了好几个回合，双方伤亡均极为惨重。
18日，石达开率大军将樟树镇团团包围，周凤山把所部分为几股，分别从几个方向抵御太平军的进攻，但因为太平军占据绝对优势，火力也很凶猛，湘军很快被分割成几个部分，彼此无法策应，首尾不能相顾，各自孤军奋战，短短时间内伤亡便多达千人以上。周凤山见情况紧急，便收拾溃兵开城出逃，沿路边打边撤，侥幸逃回到南昌城里。
周凤山惨败、弃守樟树镇，南昌城顿失屏障，数万太平军则长驱直入，直扑南昌而来，并将南昌围得水泄不通。
曾国藩得知樟树失守的消息后，也从南康奔赴到南昌，进城后和彼时的江西巡抚文俊商讨如何设法守住岌岌可危的南昌城。
当时南昌城的形势非常危急，城内守军仅有5000余人，而围城的太平军却多达50000之众。因此，南昌城内人心惶惶，官民相率而逃， 守军禁止不住，秩序大乱 ，甚至有人在混乱中被相互践踏而死。曾国藩强自镇定，一面加固城防，指挥守军拼命死守，一面派人冲出重围，快马加鞭，令鲍超的霆军、李元度的平江勇火速驰援南昌。
连日来，太平军攻势凶猛，昼夜不息，不断发炮、射火箭攻击南昌城，还四处挖地洞埋地雷、架云梯，凌厉的进攻锐不可当，一副志在必得的架势。李元度、鲍超的援军被太平军阻抗、堵截在包围圈外，李孟群的水师也遭到太平军外围兵力的阻击， 根本无法进援南昌城。
曾国藩忧心如焚，几次登上城楼，看到城外太平军人山人海，旌旗蔽日，刀枪林立，战马嘶鸣，真是感到胆颤心惊 坐卧不宁。听到昼夜不休枪炮轰鸣声，曾国藩只能硬着头皮督促守军浴血抵抗，期盼着奇迹会发生。太平军依然不顾伤亡，轮番攻城。曾国藩督率守军抵御了几天后，太平军的攻势依然猛烈，他感到绝望，做了最坏的打算，甚至写好了遗书......一日清晨，一夜未眠的他听到了一个既出乎意料又令人振奋的消息 ：围城太平军已经在昨夜全部撤走了，数万大军卷旗而退，一夜间竟撤得干干净净，一兵一卒都不剩！
原来，石达开率太平军主力围攻南昌时，天京遭到向荣所率的清军江南大营的攻击，天王洪秀全为了天京的防务稳妥，就严令石达开率大军回援天京，石达开只好遗憾地离开了就要破城的南昌，回救天京，于是，岌岌可危的南昌形势才有所好转。
樟树镇大败， 损兵折将不说，还殃及南昌，与曾国藩关系重大，因为当初是曾国藩命周凤山扼守樟树，以阻抗石达开。但曾国藩却不敢承担统帅责任，将丢失樟树镇的失误与责任全都推给了周凤山。
曾国藩从南昌死里逃生后，因为太平军的军事力量愈发强大，湘军在江西屡屡受挫，几乎没有战功，因此对于清廷的指责和绿营、八旗的耻笑、讥嘲，他无话可说，只得强自隐忍。
