当时三藩并非铁板一块，其中以平西王吴三桂势力最强，平南王尚可喜和靖南王耿精忠追随其后，其中尚可喜的孙子尚之信反叛之心比较强，但是尚可喜比较忠于大清。
从元末明初的农民起义过往经验来看，三藩未必不是朱元璋、张士诚、陈友谅，尤其是三藩在反清的过程中，台湾的郑氏也在反清，结果还没跟清军打怎么样，郑氏先跟耿精忠打了起来，原因就是在清军入关的过程中，三藩和明朝遗老积怨太深。
吴三桂叛乱，手中兵力大概二十万左右。所谓三藩叛乱，不过是吴三桂真刀真枪，其他两藩摇旗呐喊而已。吴三桂攻其不备，加之江南原本就是三藩的势力范围，战争初期取得优势再正常不过。不过随后，吴三桂犯了两个战略错误，让吴三桂功亏一篑。第一，小看了清廷的火气威力。第二，吴三桂称帝太急。
康熙派来的使者察觉到吴三桂在拖延时间，不愿交出兵权，更不愿离开云南，决定回京去报告。吴三桂感觉到无法可想，就杀掉了清使和云南巡抚朱国治，并于1673年11月在昆明悍然扯旗造反。
吴三桂自称“天下都招讨兵马大元帅”，驻广东的平南王尚可喜之子尚之信和驻福建的靖南王耿精忠也闻风而动，起兵响应。“三藩之乱”刚开始时气势汹汹，其形势和当初康熙的预判基本一致，特别是吴三桂的5万余军队，离开云南后很快就攻入了湖南，四川、广西一带的前明降官和土司头人纷纷举兵附和响应，一时间，叛乱的战火几乎燃遍了大半个中国。
大局转折在公元1676年，康熙派遣大学士图海为抚远大将军与心腹周培公征王辅臣，图海先于平凉断其粮草再攻心为上，招降王辅臣，吴三桂左翼沦陷。同年，东面的耿精忠部因与台湾郑经部相互猜忌且部将离心，投降满清。至此，吴三桂只能孤军驻守衡州，调兵遣将与满清对峙，其中，其大将马宝在永兴大败清廷，接着几战告捷。
但是，所谓单拳难敌四手，吴三桂正值暮年，且其因为几度改弦易辙已经无人愿意追随，大势落在了清廷，就是昔日汉族盟友也因为他杀了永历皇帝而与他势不两立。也许吴三桂自知大势已去，在1678年3月在衡州称帝，但是，随着夫人去世加上战事胶着，吴三桂身体每况愈下。最终还是败了三藩之乱结束。
