孝庄不与皇太极合葬的官方记载的原因是，孝庄临死前，嘱咐孙儿康熙：“太宗文皇帝梓宫安奉已久，不可为我轻动，况我心恋汝皇父及汝，不忍远去，务于孝陵近地择吉安厝，则我心无憾矣!”
康熙对孝庄是出了名的孝顺，他每次出巡的时候，都会每天派人飞驰到京城，给祖母请安，并且报告自己这一天都去了哪里，干了什么。他甚至还曾经把自己亲自捕捉的鲢鱼脂封之后派人送到皇宫，给孝庄品尝。他们一起去五台山，每遇到上坡路，康熙都会亲自给孝庄扶辇。孝庄病重时，康熙甚至去天坛祈祷，把自己的寿命分给祖母。所以，孝庄去世之后，被放在宫中停尸，绝不是康熙的遗愿。
康熙二十六年，孝庄病重。临死前对康熙留有遗言：“太宗文皇帝梓宫安奉已久，卑不动尊，此时未便合葬”，接着又说，“况且我心中也舍不得你们父子，就将我在你父亲的孝陵附近择地安葬。”这可难坏了孝顺而又智慧的康熙：和皇太极合葬吧，有违遗训；不合葬吧，有违合葬祖制。就是这条遗言，葬也不行，不葬也不行，让康熙皇帝左右为难、很是纠结。
在她后来安排身后事的时候，皇太极去世已经45年了。她叮嘱康熙帝说，太宗安奉已久，不应该再打扰他了，况且，若回盛京又劳师动众。我不忍心离开你们父子，还是离你父亲近点的地方安葬。所以说，在孝庄文皇后心里，他更愿意和她的儿子孙子们在一起。
孝庄临终前出的难题难倒了康熙，一方面不遵祖制安葬这位“老祖宗”于情于理都说不过去，另一方面违背她老人家的遗愿又深感内心不安。于是，便将孝庄的灵柩安放在遵化昌瑞山下并修建了一座“暂安奉殿”，从1687年孝庄病逝到1725年下葬，前后停灵长达38年之久，还是当雍正继位以后，在停灵原址修建陵园，才将孝庄葬入地宫，定名为昭西陵。
