1644年，清军入关，较快统一了北方地区，但清政府对南方的统一则经历了整个顺治朝。顺治末年，以福建金门、厦门为根据地的郑成功挥师东进，率领将士赶走了盘踞台湾岛的荷兰殖民者，使台湾地区重新回到祖国的怀抱。
康熙朝时，康熙恩威并施，取得了政治与军事上的胜利，将台湾重新纳入中国版图。清政府之所以能顺利统一台湾，在于顺应历史大势，展现了国家统一不容置疑的决心与力量。
清朝为什么要统一台湾
清朝初期，郑成功从荷兰人手中收复台湾。郑成功在收复台湾之后不久便去世，郑氏子孙偏安一隅，逐渐演变成为割据小政权。
顺治十八年，顺治帝去世，年幼的康熙继位，开始了康熙时代。随着清军击败了云南等地的反清势力，清廷在战略上开始北瞰南望，关注边疆地区的治理，在南方重点应对台湾郑氏政权，提防郑氏割据势力的骚扰，并试图招安。但康熙十二年爆发了“三藩之乱”，使得清政府经略和统一台湾有所延后。
清政府统一台湾之前，清廷不时遣人招抚郑成功的子孙，未对台湾施展足够压力，故郑氏政权“志得意满，断无输诚向化之念”。面对清政府的统一要求，郑氏政权请求能像琉球、高丽等藩属国一样称臣进贡。可见，避居台湾的郑氏政权，已退化为割据势力，只求政权能够独立。但康熙断然拒绝，认为台湾居民多为福建人的后代，不得与琉球、高丽相提并论。在康熙看来，统一台湾天经地义，不容置疑，绝不能视台湾为朝贡国。
康熙二十年，随着三藩之乱的结束，清政府得以腾出手来解决对其他区域的统一问题。无论是出于历史原因，还是出于现实考虑，清政府统一台湾都已是势所必然。
台湾地处东南沿海，气候温和，四季如春，适合农耕。“野沃土膏，物产利溥，耕桑并耦，鱼盐滋生，满山皆属茂树，遍处俱植修竹。硫磺、水藤、糖蔗、鹿皮，以及一切日用之需，无所不有”。可见，清代台湾地区具有优越的自然条件。但清政府统一台湾，并非出于土地价值，而是认为统一台湾为理所应当，即使台湾“为不毛荒壤，必藉内地挽运，亦断断乎其不可弃”。
“台湾地方，北连吴会，南接粤峤，延袤数千里，山川峻峭，港道纡回，乃江、浙、闽、粤四省之左护”，“沙线风涛，往来利便，遂为直隶、奉天、山东等沿海七省必达之咽喉”，地理位置重要，关系到清代中国整个东南地区的安危。三藩之乱时，郑氏政权派兵袭扰东南沿海，给清政府平定三藩造成了牵制。如果台湾迟迟不能统一，可能为外国所利用。郑成功逝后，“其子有十，迟之数年，长成群强，假有一二机觉才能，收拾党类，结连外国……终为后患”，台湾可能勾结外国，威胁东南沿海。台湾必须在清政府手中，才能够成为沿海海运的要道和节点，成为沿海地区的屏藩。
台湾迟迟不统一，“迁延岁月，虚靡浩费”，严重消耗了清朝的政治和经济实力。清政府为了预防郑氏政权对福建的侵扰，并在经济上孤立台湾，采取了迁界之策，将东南沿海地区的民人迁入相对靠近内地的地方，在靠近海岸线的地方隔离出了一个沿海而蜿蜒的无人区，且在无人区边缘建造边墙，驻扎重兵，以应对威胁。其实，迁界之策是“杀敌一千，自损八百”，不管是清政府还是台湾，都因此造成了严重的经济损失，老百姓也苦不堪言。在郑氏政权拒不降清且不时骚扰东南沿海的大背景下，唯有尽快统一台湾，才能结束这种持续损耗，达到国家的长治久安，即“至是台湾荡平，民再康矣。台湾灭而天下无事，诏息天下兵”。
清朝如何统一台湾
清政府统一台湾的想法在顺治朝时即有，但囿于内外局势，主要精力放在了统一中原地区，无暇东顾，暂无实力统一台湾。在康熙朝，国力日益强大的大背景下，在郑氏政权日益退化为分裂割据势力的前提下，清政府统一台湾不仅必要，且有能力。
郑经继承延平郡王之爵后，虽同清政府对立，但康熙统一台湾的策略，并非是纯粹的武力统一，而是优先招抚，积极争取台湾郑氏政权及其兵民的归附，也取得了一定的效果。康熙七年，施琅在奏疏中提到：“去岁朝廷遣官前往招抚，未见实意归诚。”可见，清政府的招抚效果比较有限。不战而屈人之兵固然是至善之策，但亦应将伐兵和攻城作为万不得已之策。对于清朝统一台湾而言，这个策略也适用。时人评价清政府统一台湾之举：“穷兵黩武，固非福世之图;而纵乱养奸，亦非安邦之策”，即虽然不提倡穷兵黩武，但也绝不能坐视台湾长期分裂，进而扰乱中原内地。针对台湾偏安政权不接受清政府招抚，施琅曾言：“从来顺抚逆剿，大关国体，岂容顽抗而止。”认为若招抚无效，则当以武力相临。清政府在力行招抚的同时，也在筹备武力统一，以备他日之需。
康熙时，清政府耗时八年平定三藩叛乱，在耗费大量人力、物力、财力之后，才于康熙二十年完全平定。此后，清政府得以休养生息，即便偶有战争，亦无伤元气，康乾盛世渐有发端，国力日益强盛。这一时期，清政府的财政状况开始好转，有了足够的精力和财力处理台湾问题，且彼时清廷君臣之间和谐团结，尽管有些臣工在出兵台湾的方式和时机上存在不同看法，但总体来说，清廷上下对于收复台湾的意愿是一致的，不愿坐视郑氏政权而不管，而且对收复台湾也有足够的信心。
反观台湾政权，则从三藩之乱爆发开始陷入困境。郑氏政权响应三藩，配合三藩反清，却在福建同靖南王耿精忠争抢地盘。此后，郑氏政权在东南沿海被清军击败，大伤元气。在清政府的封锁下，台湾经济陷入困境，彼时，台湾“谷价沸腾，粮饷匮乏，人心思变”。郑氏政权参与三藩之乱，在一定程度削弱了自身实力。
康熙二十年，郑经三藩之乱末期去世，为清政府统一台湾创造了一定的契机。此时台湾内部陷入内斗，郑经长子为冯锡范所杀，刘国轩、冯锡范拥立尚未成年的郑经次子郑克塽为延平郡王。
康熙得知此情形后，认为收复台湾的时机已趋于成熟。此后，正如康熙所预测，得势的刘国轩对反对势力大加镇压，造成台湾地区“人人思危，芒刺在背，间有向义内应，奈隔绝汪洋，难以朝呼夕应”。台湾出现内争之后，不时有人从台湾逃至福建，为清政府统一台湾积累了条件。此外，台湾地方相对狭小，民户有限，以有限之田赋供应独立政权，养育数万之兵，负担极为沉重，即如清人所言：“盖就其一隅之产，以供百万之费，政繁赋重，民心已思变久矣。”
“夫兵，凶事也”，古人亦认为用兵攻杀并非最优之策。因此，即使收复台湾的时机已经成熟，康熙仍秉持刚柔并济的策略。但由于郑氏政权拒不归附，甚至试图长期维持分裂局势，故清政府不得不采取武力。在收复澎湖后，清政府重点打击分裂气焰，震慑分裂势力，用兵和招抚并行不废，最大限度地争取了台湾各方势力的投诚，最终实现了此后郑氏政权的和平归附。
清政府统一台湾，筹划已久，但迟迟未能付诸实践，原因除了彼时清朝的内部和外部形势外，还有信心和决心问题。“台湾剿抚之说，纷纷数岁未决也”，清廷内部对统一台湾立场不一，而施琅认为，只主抚而不言武亦不可取，一方面全力向康熙建议统一台湾，另一方面主张在招抚无效的情形下武力攻台。康熙亦持这种观点，他认为，如果不统一台湾，“则沿海一带地方，民鲜干止之乐，兵有征调之繁”。当时，清廷诸大臣对能否隔海统一台湾议论纷纷、并无自信，只有施琅“摅忱力赞”。在施琅的支持下，康熙坚定了统一台湾的决心。康熙认为施琅不仅能从精神上支持自己，还是领兵收复台湾的最佳人选，正如康熙所说：“朕惟国家有戡乱宁民之略，必有协谋宣力之臣。”此外，福建总督姚启圣亦是统一台湾的功臣之一，施琅主要是练兵和领兵打仗，而姚启圣则是积极做好后勤筹备工作。攻台之前，姚启圣调兵制器，奖励士卒，捐造船只，无所不备。
康熙二十一年时，清军“一面整船，一面练兵，兼工制造器械”，积极做好战备工作。到康熙二十二年，面对迟迟不肯受抚的郑氏政权，清军已开始准备正式攻台工作，未雨绸缪，注重后勤筹备和供应对战事的重要影响，开始积极筹备进剿军前所需兵饷、米折、应用器械及修理船只、预备物料。此后，清朝统一台湾，已可谓“万事俱备，只欠东风”了。而这个东风，便是海风，“夫南风之信，风轻浪平，将士无晕眩之患，且居上风上流，势如破竹，岂不一鼓而收全胜”，一旦风信适宜，清朝便可大军出动。
水师提督施琅深知“攻心为上”的策略，在主张武力统一台湾的同时，还提倡争取台湾民心，减少清军统一台湾的障碍，降低双方的战争伤亡。施琅治军严明、名声在外，在清政府出兵台湾之前，已有不少兵民逃离台湾回到福建，原因便是不少台湾兵民“私相偶语，提督不嗜杀人”。
清政府出兵台湾，战略目标十分明确，即并不打算直接派兵进攻台湾本岛，而是先取澎湖，再以澎湖为突破口，以战逼统：“先取澎湖以扼其吭，则形势可见，声息可通，其利在我。”此后，清军亦按照此策行事，先待风信，此后全力攻取澎湖，同刘国轩带领的郑氏军队在澎湖鏖战。最终刘国轩战败，清军占领澎湖，在战略和地形上掌握了主动。澎湖破时，台湾人心大震，清军占据了地理之利，也猛烈打击了郑氏军队士气，起到了攻心之效。清军攻克澎湖之后，虽然清军伤亡亦多，但并未虐待俘虏，而是“恤其被伤兵卒，予以医药，载其生还，此其恩威已遍洽于台湾”。此种行为，让台湾本岛兵民意识到，投降并无性命之忧，顽抗则凶多吉少，进一步瓦解了台湾士兵的抵抗欲望，“不敢复萌异志”。
在清政府的招谕下，康熙二十二年七月十五日，郑氏政权递交降表文稿，正式向清政府投降。在郑氏政权投降之后，康熙二十二年八月，施琅率清军进入台湾，台湾地区农业商业依然如旧，未受惊扰，民众扶老携幼欢迎施琅所率部众。
统一台湾后的策略
澎湖之战后，施琅驻扎澎湖期间，严格约束军队纪律，清军纪律严明、并不扰民，“王者之师”形象深入人心。同时，台湾的郑氏政权，虽然曾武力抗拒统一，但澎湖之战后他们能够顺应历史大势而归附清朝，使得双方避免了更多死伤，所以清政府对他们采取了宽容政策，甚至对于部分投降官员，给予信任而加以重用。此外，清政府统一台湾之后，通过采取轻徭薄赋、稳定台湾人民生产、生活秩序等方式，实现了统一之后台湾地区的稳定和安宁。
在施琅率军正式进入台湾本岛之前，康熙二十二年七月，施琅向台湾兵民发布了“安抚输诚示”，提到：“军纪素严，秋毫无犯……本提督言出金石，决不尔负。”施琅进入台湾后，践行了他的承诺。康熙二十二年八月，施琅在“谕台湾安民生示”中提到，此次清军入台，所有粮饷皆取自福建等内地，不用台湾百姓供应，只有日常食用的蔬菜需在台湾本地采购，但“照依民价无亏，断不许借称官办应用、一丝一毫侵取民间”。施琅还禁止台湾百姓为清军犒军，“诚恐乡社保甲沿袭故套，各自派办劳军之费，致扰民生”，并申明如有地方官员敢筹办犒军，将严惩不贷。此外，施琅还规定：“官兵不许占住民居，弁目不许包贌乡社……糖蔗民间物业，严禁兵丁混折。”确保了军队不扰民，与民相安，赢得了民心。
澎湖之战后，清军兵不血刃地进入台湾。算上招抚时间，清政府共计耗时两个月便统一了台湾。这一局面的实现，除采取了正确的军事和政治策略外，也同郑氏政权当权者能顺应形势、归附清朝有关。郑克塽、刘国轩、冯锡范等人没有选择在台湾本岛负隅顽抗，避免了更多的战争和牺牲，如刘国轩“决意倾心，以生死听命于朝廷，免贻害生灵”。也因此，清政府在统一台湾之后，对郑氏政权官兵采取了优容的政策。清政府一方面命郑氏家族和郑氏政权的权臣迁徙到北京，使他们安居;另一方面对于郑氏政权四万多普通士兵，施琅建议让他们愿入伍或归农，都各听其便。此外，对逃至台湾的明朝朱姓宗室人员，清政府也予以了安置，让他们在附近各省安插垦荒。此后，清政府授郑克塽公爵，授刘国轩、冯锡范伯爵，而力主降清的刘国轩“更叨天津总兵之任”，成为一方大员，可见清政府对他们的信任和宽容。
战后善后之策，重在安民和休养生息。早在清军攻克澎湖之时，施琅便出告示，规定澎湖地区百姓“蠲三年徭税、差役”，以恢复澎湖经济。施琅率领的清军入台之后，“其各乡社百姓以及土番，壸浆迎师，接踵而至”，之后，施琅赐给他们衣帽、布匹等物，台湾汉人和少数民族“咸皆欣欢踊跃”。此后，施琅规定：“樵苏采捕，载运米谷蔬菜，出入港澳，均听民便。”确保了台湾正常的生产、生活秩序。此外，清政府还免除了台湾地区的正赋和杂饷，有助于战后民生的改善。统一台湾之后，清政府在台湾设府、设县，并设一万绿营兵驻防台湾本岛和澎湖，标志着清政府在台湾行政和军事管理的体制化。在清政府的治理下，台湾地区经济继续发展、民生继续改善，即如乾隆、嘉庆时人所评价：“台湾雄峙东海，横亘千余里，土田膏腴，家多殷实。”可见彼时台湾地区已为清朝的富庶之区。到光绪朝日本侵占台湾之前，“台湾银米尚不缺。且多富户豪民”。
清朝统一台湾既是出于历史原因，也是源于现实需要，避免了台湾被进一步割据化，也换来了清代中国东南地区的安全稳定。同时，清前期国力强大、君臣团结以及台湾地区的内耗为统一台湾创造了条件和契机。清政府在统一台湾时，恩威并施、剿抚并用，善用人才，积极争取台湾民心，使得以较小代价实现了对台湾的快速统一。此外，清政府还十分重视统一台湾之后的善后工作，实现了驻军同台湾民众的和谐相处，妥善安置了台湾郑氏政权的投降势力，促进了台湾地区生产、生活秩序的较快恢复，为此后台湾地区的持续发展奠定了基础、创造了条件。
