陈独秀在安徽参加“二次革命”失败后，遭到通缉，逃往上海。1914年，在《甲寅》创办者章士钊邀请之下，赴日本协助编辑《甲寅》。陈独秀曾在《甲寅》上发表过一篇文章叫《爱国心与自觉心》，为国家就是要保障人民的权利，为人民谋幸福，如果国家做不到这两点，亡国也不足惜。在袁世凯称帝，国内思想界混乱的背景下，章士钊称赞陈独秀是“汝南晨鸡先登坛唤”。
这是陈独秀已经不满足于仅仅在《甲寅》上发表几篇文章，他曾对汪孟邹说：“让我办十年杂志，全国思想都全改观。"
1915年6月因夫人病重，陈独秀返国。陈独秀认为唯有在思想上改造国人，才能救国。所以在反袁的同时，筹划出版新的杂志。
1915年9月15日，陈独秀如愿以偿，《青年杂志》创刊，当时连陈独秀自己也想不到，这竟然拉开了新文化运动的序幕，直接影响到陈独秀一生命运，也强烈而深刻地影响到近代中国的格局。
创刊半年后到1916年2月15日，第一卷共六册已经出满，作者队伍也逐步扩大，在中国思想文化界小有名气。不过陈独秀不是很满意，他认为杂志的观点和当时社会的“主流”思想相左，却很少受到驳斥，说明杂志影响不够大，也是社会的不幸。
护法战争爆发后，《青年杂志》发行销售受到很大影响，不得不暂时停刊，但是陈独秀内心仍然有个宏大计划，争取复刊并扩大发行量。
可是，当时上海还有一本杂志叫做《上海青年》，这个杂志认为《青年期刊》容易混淆，要求后者尽快改名。陈独秀接受出版发行机构群益书社经理陈子寿的建议，改名《新青年》，并于1916年9月1日复刊，仍然承接《青年杂志》，出版第2卷第1号。
陈独秀本来承受资金压力和社会压力，这次易名复刊可谓排除万难，但是陈独秀能言善道，在《新青年》的第2卷第1号的通告中巧妙解释说：“本志自出版以来，颇蒙国人称许。第一卷六册已经完竣。自第二卷起，欲益加策励。勉副读者诸君属望，因更名为《新青年》。且得当代名流之助，如温宗尧、吴敬恒、张继、马君武、胡适、苏曼殊。诸君允许关于青年文字皆由本志发表。嗣后内容，当较前尤有精彩。此不独本志之私幸，亦读者诸君文字之缘也。”这个解释反而提高了《新青年》的声望。被迫改名变成了众望所归。
同时，这里面提及的人温宗尧、马君武、吴敬恒（吴稚晖）等人都是蔡元培事业上的同志，与蔡关系很好。所以，除了《新青年》自身的影响力之外，这些社会名流成为杂志作者，也是引起蔡元培关注的主要原因。
不过陈独秀不满足于仅仅发行1000册，打算扩大影响，以实现“办十年杂志，改变全国人民的思想”的目的。1917年，陈独秀写信给胡适，打算去北京招股，这样就有财产30万元，但要扩大发行，还需要忍耐二三年。陈独秀对《新青年》的未来充满信心。
年底，就在陈独秀在北京招股的时候，蔡元培也抵达北京。蔡元培是老革命家，曾留学德国并兼任北京医学专门学校校长，在教育界影响很大。蔡元培在拜访汤尔和时谈及北大文科学长人选，汤尔和推荐了陈独秀。陈独秀“主编《新青年》杂志，确可为青年的指导者”。还拿出十几本《新青年》给蔡元培看。蔡元培本来就知道陈独秀其名，听到汤尔和推荐之后，细读《新青年》，于是决定聘请陈独秀。并马上去拜访陈独秀所居住的旅馆，邀请他担任北大文科学长。
按照沈伊默的回忆，他有一天在琉璃厂偶遇陈独秀，非常惊喜，问他什么时候来北京。陈独秀说，因为办新青年以及出版一本辞典，所以来北京募款。沈伊默问清其所住旅馆，劝他先不要回去，改日拜访。
接着沈伊默马上去找蔡元培，推荐陈独秀担任文科学长，同时也和汤尔和说过陈独秀来北京的事，所以汤尔和也知道陈独秀住在哪里。蔡元培要沈伊默征求陈独秀意见，被一口回绝。陈独秀说自己要回上海办《新青年》，沈伊默回报蔡元培，蔡元培说叫陈独秀把《新青年》搬到北京办，就可以担任北大文科学长了。而且只要专心办好杂志，不需要上课。
沈伊默和汤尔和都是陈独秀早年好友，钦佩陈独秀为人。所以同时向蔡元培推荐了陈独秀。但是对于陈独秀而言，这既是机会也是挑战。因为从没有在大学教学和管理的工作经验。即使是当年好友邀请，也暂时没有心动。
但是蔡元培已经认定了陈独秀，所以几乎天天去看陈独秀，甚至还没有起床，就座在门口等。最终功夫不负有心人，陈独秀终于被打动，决定把住所和《新青年》编辑部都搬到北京箭杆胡同9号。
看得出，蔡元培非常欣赏陈独秀的新思想和革新精神；另外，蔡元培曾经去过法国，看到陈独秀赞扬法兰西革命，加上封面上法文“LAJEUNESSE”，欢喜之情自然油然而生了。甚至十几年后两人在政治方面越走越远，但是蔡元培仍然为身陷囹圄的陈独秀的《独秀文存》写序言，给他很高的评价。
陈独秀把《新青年》搬到北京之后，果然没有辜负历史和时代，掀起了一番轰轰烈烈的思想革命，从而推动中国革命进入新民主主义革命阶段，为近代中国的进步，立下了不可磨灭的贡献。
